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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wue | ||||||
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タイトル | Tetragonal crystal form of SbtB from Synechocystis PCC6803 | ||||||
![]() | Membrane-associated protein slr1513 | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / Regulator of cyanobacterial bicarbonate transporter | ||||||
機能・相同性 | Nitrogen regulatory PII-like, alpha/beta / Nitrogen regulatory protein PII/ATP phosphoribosyltransferase, C-terminal / plasma membrane-derived thylakoid membrane / ISOPROPYL ALCOHOL / Membrane-associated protein slr1513![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bu, G. / Simmons, C.R. / Nielsen, D.R. / Nannenga, B.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Tetragonal crystal form of the cyanobacterial bicarbonate-transporter regulator SbtB from Synechocystis sp. PCC 6803. 著者: Bu, G. / Simmons, C.R. / Nielsen, D.R. / Nannenga, B.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 91.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 64.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3dfeS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12021.810 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.14 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M trisodium citrate, 0.1 M HEPES pH 7.2, 12% (v/v) isopropanol, 0.2 M nickel chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92009 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 20957 / % possible obs: 89.5 % / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 20.12 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 29.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.448 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique obs: 1851 / CC1/2: 0.92 / % possible all: 96.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3dfe 解像度: 1.8→33.75 Å / SU ML: 0.1964 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.3848 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.16 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→33.75 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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