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万見
- PDB-6wtr: Structure of Human pir-miRNA-300 Apical Loop Fused to the YdaO Ri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wtr
タイトルStructure of Human pir-miRNA-300 Apical Loop Fused to the YdaO Riboswitch Scaffold
要素RNA (125-MER)
キーワードRNA / microRNA / RNA processing / Protein-RNA interaction
機能・相同性Chem-2BA / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.082 Å
データ登録者Shoffner, G.M. / Peng, Z. / Guo, F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1616265 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structures of microRNA-precursor apical junctions and loops revealed by scaffold-directed crystallography: importance of non-canonical base pairs in processing
著者: Shoffner, G.M. / Peng, Z. / Guo, F.
履歴
登録2020年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2021年5月5日ID: 6N5R
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (125-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9388
ポリマ－40,4131
非ポリマー1,5257
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.070, 113.070, 114.050
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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RNA鎖 , 1種, 1分子 A

#1: RNA鎖 RNA (125-MER)


分子量: 40412.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: in vitro transcription vector pT7-Fluc(deltai) (その他)

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非ポリマー , 5種, 11分子

#2: 化合物 ChemComp-2BA / (2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-2,9-bis(6-amino-9H-purin-9-yl)octahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8 ]tetraoxadiphosphacyclododecine-3,5,10,12-tetrol 5,12-dioxide / bis-(3',5')-cyclic-dimeric-Adenosine-monophosphate / c-di-AMP


分子量: 658.412 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.38 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 1.90 M (NH4)2SO4, 0.158 M Li2SO4, and 0.1 M NaHEPES pH 7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.116 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.116 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.08→74.295 Å / Num. obs: 15789 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 18.8 % / Biso Wilson estimate: 100.53 Å2 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 3.08→3.19 Å / 冗長度: 15.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1297 / CC1/2: 0.903 / Rpim(I) all: 0.344 / Rrim(I) all: 1.43 / % possible all: 92.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QK8

4qk8


解像度: 3.082→74.295 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1922 1582 10.02 %Random selection
Rwork0.165 14207 --
obs0.1678 15789 98.8 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 484.75 Å2 / Biso mean: 128.3262 Å2 / Biso min: 31.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.082→74.295 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2676 97 4 2777
Biso mean--82.6 56.08 -
残基数----125
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033096
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7544823
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034640
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003129
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.1261541
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection Rfree: 10 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.0822-3.18170.45841290.4196116891
3.1817-3.29540.30111430.27571281100
3.2954-3.42740.28221440.2205128799
3.4274-3.58330.23031420.2072127699
3.5833-3.77230.24341420.1996127999
3.7723-4.00860.23841440.1864128399
4.0086-4.31810.21911430.1636128999
4.3181-4.75250.18521460.15291306100
4.7525-5.44010.1761460.14581316100
5.4401-6.85310.15191470.14111323100
6.8531-74.2950.14931560.13531399100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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