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万見
- PDB-6wt9: Structure of STING-associated CdnE c-di-GMP synthase from Capnocy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wt9
タイトルStructure of STING-associated CdnE c-di-GMP synthase from Capnocytophaga granulosa
要素NTP_transf_2 domain-containing protein
キーワードTRANSFERASE / CBASS / CD-NTase / c-di-GMP / STING
機能・相同性diguanylate cyclase / diguanylate cyclase activity / Polymerase, nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyltransferase domain / Nucleotidyltransferase superfamily / defense response to virus / GTP binding / c-di-GMP synthase
機能・相同性情報
生物種Capnocytophaga granulosa (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Morehouse, B.R. / Govande, A.A. / Millman, A. / Keszei, A.F.A. / Lowey, B. / Ofir, G. / Shao, S. / Sorek, R. / Kranzusch, P.J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: STING cyclic dinucleotide sensing originated in bacteria.
著者: Morehouse, B.R. / Govande, A.A. / Millman, A. / Keszei, A.F.A. / Lowey, B. / Ofir, G. / Shao, S. / Sorek, R. / Kranzusch, P.J.
履歴
登録2020年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NTP_transf_2 domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3781
ポリマ－41,3781
非ポリマー00
水3,045169
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)112.998, 48.879, 59.704
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.506, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 NTP_transf_2 domain-containing protein / CgCdnE


分子量: 41378.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Capnocytophaga granulosa (バクテリア)
遺伝子: NCTC12948_02564 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A381HBN1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.2 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M sodium thiocyanate, 20% PEG-3350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→44.85 Å / Num. obs: 14608 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 18.54 Å2 / CC1/2: 0.961 / Rpim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Num. unique obs: 1408 / CC1/2: 0.769 / Rpim(I) all: 0.457

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→44.85 Å / SU ML: 0.2445 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.6953
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2396 1462 10.08 %
Rwork0.1859 --
obs0.1915 14499 98.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 28.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→44.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2475 0 0 169 2644
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00172510
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.41053374
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0376378
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0018431
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9257975
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.380.28681490.20911224X-RAY DIFFRACTION95.08
2.38-2.480.30921340.19851303X-RAY DIFFRACTION97.62
2.48-2.590.25891470.19981300X-RAY DIFFRACTION99.04
2.59-2.730.2671440.19841298X-RAY DIFFRACTION99.31
2.73-2.90.27611470.21091297X-RAY DIFFRACTION99.45
2.9-3.120.22771480.20011306X-RAY DIFFRACTION99.38
3.12-3.440.23971440.18861309X-RAY DIFFRACTION99.38
3.44-3.930.22531420.17131310X-RAY DIFFRACTION98.78
3.93-4.950.1881500.14951323X-RAY DIFFRACTION99.19
4.95-44.850.23541570.19241367X-RAY DIFFRACTION99.87
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1235827746270.0137585518212-0.09361836367280.129007981264-0.1522225226840.237785821090.0478183082343-0.06641248357580.03532430155010.0314347722750.1332982011720.0769280205735-0.0427044085169-0.198019119340.2598351159950.128005328232-0.0798264843410.009933339986240.1655139080650.0360775864072-0.016612971044331.110120990428.105604247768.4949447939
20.007782507100610.03784065295160.04187641919320.2100956495730.2468088541490.314218227018-0.102407144497-0.0291202371861-0.06251447168590.00681754474128-0.194766430656-0.008167509196260.07310138892760.0294376372753-0.07435132784960.255601045584-0.001601909474550.05667249822020.1523533902820.02605756758350.21390857333340.412662828813.372916967365.2114057632
30.1971190894160.08255194910760.01831327851910.1345735613220.129943999750.3222964287070.003980564796080.1628386426280.01576409306380.07990155328630.02398328944840.04049715855650.378359602727-0.1515272970990.03115348635450.0264346670877-0.0692690094556-0.02271949300950.0358868198593-0.01262720922230.065662524885142.774877496823.204469282739.1226253761
40.1287464643120.02488532194280.08993350738670.02774936659540.05156694587680.0925369947607-0.01447286268890.1284826807660.1163185898940.008747173449250.0226077621460.135848376542-0.173506003848-0.015017292785-0.00390017779170.1121624339870.0334515543720.02072047283770.08571907093750.02804137694680.17389151653439.482086581644.063075616738.3883052244
50.132458425762-0.083671605650.05666245237160.0404119488819-0.04010620780610.0406190734170.0722600310150.0447009844560.09607303802060.0656756895358-0.0874977291681-0.0365139504133-0.0004567181189940.0826270977317-0.01135796134130.133415325925-0.04403018508730.01651023057980.121972674394-0.01971448138250.14840730156639.346658053234.391007696262.7615269355
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 98 through 194 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 195 through 227 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 228 through 351 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 4 through 53 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 54 through 97 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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