PDB-6wsk: Crystal Structure of the Cannabinoid Receptor 1 Interacting Prote...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wsk

タイトル

Crystal Structure of the Cannabinoid Receptor 1 Interacting Protein 1a (CRIP1a)

要素

Endolysin,CB1 cannabinoid receptor-interacting protein 1 fusion

キーワード

SIGNALING PROTEIN / beta barrel / cargo carrier

機能・相同性

機能・相同性情報

type 1 cannabinoid receptor binding / regulation of trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / GABA-ergic synapse / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / presynapse / host cell cytoplasm ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacteria phage T4 (ファージ)

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Booth, W.T. / Howlett, A.C. / Lowther, W.T.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Cannabinoid receptor interacting protein 1a interacts with myristoylated G alpha i N terminus via a unique gapped beta-barrel structure.
著者: Booth, W.T. / Clodfelter, J.E. / Leone-Kabler, S. / Hughes, E.K. / Eldeeb, K. / Howlett, A.C. / Lowther, W.T.

履歴

登録	2020年5月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年9月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年9月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wsk.cif.gz	194.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wsk.ent.gz	128.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wsk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6wsk_validation.pdf.gz	420.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wsk_full_validation.pdf.gz	423.8 KB	表示
XML形式データ	6wsk_validation.xml.gz	14.5 KB	表示
CIF形式データ	6wsk_validation.cif.gz	21.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/6wsk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/6wsk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3fa0S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ktc-d 4rta-1 4lzi-d 3tw5-1 2grp-d 4qpc-d 6n9t-2 2q6d-2 1vmo-d 3aqx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (6) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (6) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (6) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (6) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Endolysin,CB1 cannabinoid receptor-interacting protein 1 fusion

39.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, This protein purifies as a monomer on a Superdex 75 column

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.177, 68.177, 146.648
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	Endolysin,CB1 cannabinoid receptor-interacting protein 1 fusion / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase / CRIP-1 分子量: 39214.863 Da / 分子数: 1 / 変異: E11Q, D20N, C54T, C97A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ), (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) 遺伝子: Cnrip1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: P00720, UniProt: Q5M7A7, lysozyme
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Endolysin,CB1 cannabinoid receptor-interacting protein 1 fusion / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase / CRIP-1

分子量: 39214.863 Da / 分子数: 1 / 変異: E11Q, D20N, C54T, C97A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Enterobacteria phage T4 (ファージ), (組換発現)

Rattus norvegicus (ドブネズミ)
遺伝子: Cnrip1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: P00720, UniProt: Q5M7A7, lysozyme

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 30 mg/mL, 0.1 M sodium citrate (pH 4-5.5), and 0.3-0.6 ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→19.86 Å / Num. obs: 50935 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 20.1 % / B_iso Wilson estimate: 21.1 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.059 / R_pim(I) all: 0.01 / R_rim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 28.4
反射シェル	解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 11.6 % / R_merge(I) obs: 1.25 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4957 / CC_1/2: 0.75 / R_pim(I) all: 0.37 / R_rim(I) all: 1.31 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Coot		モデル構築
PHENIX	1.14_3260	精密化
CrysalisPro		データ削減
CrysalisPro		データスケーリング
PHENIX	1.14_3260	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3fa0

3fa0

解像度: 1.55→19.86 Å / SU ML: 0.1649 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.3983

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2245	1689	3.32 %
R_work	0.2064	-	-
obs	0.207	50933	99.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→19.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2308	0	0	217	2525

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0099	2386
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0971	3232
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0604	363
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0076	408
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	2.5785	2004

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.6	0.2887	136	0.2661	3985	X-RAY DIFFRACTION	99.21
1.6-1.65	0.256	138	0.2434	4028	X-RAY DIFFRACTION	99.57
1.65-1.71	0.2854	139	0.2337	4040	X-RAY DIFFRACTION	99.67
1.71-1.77	0.2564	138	0.2325	4022	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.77-1.85	0.2524	140	0.2244	4077	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.95	0.2536	139	0.2206	4064	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2.07	0.2286	139	0.2129	4065	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.23	0.2367	141	0.2005	4087	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.46	0.2096	140	0.2009	4122	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.81	0.2514	142	0.2058	4138	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-3.54	0.2046	144	0.2034	4198	X-RAY DIFFRACTION	100
3.54-19.73	0.2036	153	0.1938	4418	X-RAY DIFFRACTION	99.98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.27639340577	-0.429946169091	-0.452575187646	5.77862419451	-0.14719094215	3.35416874098	0.0777498866555	-0.0342838029396	0.00248133434157	0.0790201161541	0.0439988873357	0.0718847160595	-0.16446269796	0.0172065375346	-0.153060987206	0.109314973799	-0.0572835758931	0.0284912102587	0.219653024207	-0.000992293433854	0.126956509833	39.025320265	17.4447964753	67.7050928703
2	1.97859840886	-1.16189873467	0.9527759893	4.0797292159	-2.60942408641	4.24543188876	0.0802461823686	-0.072404148163	-0.104937918459	-0.0192585861777	-0.106622514068	0.0690106115824	0.107525688392	0.198709155277	0.0721885031078	0.105385533084	0.00770439346406	0.0429794924999	0.209473174366	-0.00478495283919	0.136818443552	43.0308721206	16.7692950711	59.3422407966
3	0.133891371056	0.083256083264	0.0734436968363	0.312585726579	-0.173937910903	0.221067563776	0.0409848158537	-0.102593720849	0.00713818793956	-0.106004968389	-0.063617657406	0.00564806658795	0.0261940634601	0.0524887516112	0.0262799179871	0.245193860822	-0.00220338017053	0.00524322429685	0.253745176779	0.0403356224482	0.268962898491	47.4281108132	21.7291864119	51.5547373701
4	0.231500173276	-0.0219388039734	0.235575192087	0.294208755788	0.0772187490276	0.54765780048	0.0876250007376	-0.0267333992523	0.00805653714109	0.0441733313216	-0.0728067115125	-0.0176921856842	-0.0161748780843	-0.0885866691116	-0.0165987921357	0.27933319665	0.00897415898446	-0.00544391705386	0.281323248482	-0.00677717572562	0.299038794918	45.8534357682	25.5368364611	48.0704688232
5	0.328440564567	0.0464137104691	0.194935606805	0.570905063492	-0.00742954982054	0.115224441849	0.0854261819742	-0.0331416180825	-0.0895972479795	-0.00512651245182	-0.0277705503582	-0.0298963419593	-0.0032479099496	-0.0350325957234	-0.067161317728	0.328819836487	0.0201625828117	0.00801049493889	0.330797855741	0.00944011810724	0.298439915357	50.0096281269	27.8814608105	47.671155986
6	0.715363604158	-0.454107862839	0.109788702839	0.460584060856	0.218056107868	0.487911157941	-0.0490340633419	-0.133177360539	-0.000278042973204	0.149172974079	0.0528990090468	-0.0169965800009	0.100815898135	-0.109445861466	0.0352716039553	0.335432045621	-0.075092228679	-0.00670238269486	0.297769441721	-0.0146349933357	0.281587020199	45.6126457448	24.1481042591	56.9154078834
7	0.18059109308	-0.261445629741	0.0780580169815	0.616208835329	0.15931505175	0.718437122946	0.0409765188307	0.0313960195557	0.00606837167305	-0.0426627470355	-0.156846806824	0.00954263470672	-0.065809130309	-0.115931507559	0.140092271577	0.355125692221	-0.0681785713741	0.0374430305139	0.343678420805	-0.00986895534409	0.356403182747	48.481637268	26.2036242861	49.4846060988

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -165 through -85 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid -84 through -1 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 1 through 16 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 17 through 53 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 54 through 115 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 116 through 134 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 135 through 164 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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