PDB-6wr1: Human steroidogenic cytochrome P450 17A1 mutant N52Y with inhibit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wr1

タイトル

Human steroidogenic cytochrome P450 17A1 mutant N52Y with inhibitor abiraterone

要素

Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 / P450 / 17A1

機能・相同性

機能・相同性情報

Defective CYP17A1 causes AH5 / steroid 17alpha-monooxygenase / 17alpha-hydroxyprogesterone deacetylase / steroid 17-alpha-monooxygenase activity / glucocorticoid biosynthetic process / Androgen biosynthesis / hormone biosynthetic process / Glucocorticoid biosynthesis / androgen biosynthetic process / sex differentiation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Petrunak, E.M. / Bart, A.G. / Scott, E.E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Human cytochrome P450 17A1 structures with metabolites of prostate cancer drug abiraterone reveal substrate-binding plasticity and a second binding site.
著者: Petrunak, E.M. / Bart, A.G. / Peng, H.M. / Auchus, R.J. / Scott, E.E.

履歴

登録	2020年4月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年5月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月26日	Group: Database references / Refinement description カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wr1.cif.gz	406.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wr1.ent.gz	310.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wr1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6wr1_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wr1_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	6wr1_validation.xml.gz	39.8 KB	表示
CIF形式データ	6wr1_validation.cif.gz	57.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/6wr1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/6wr1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5uysC 6wr0C 6ww0C 17a1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5em4-2 5tfu-1 4hgg-1 3qz1-1 5tfu-3 5vbu-1 4xrz-1 4uhl-7 2w09-d 4rui-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

B: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

ヘテロ分子

114 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.056, 105.004, 108.544
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.023, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	LYS	LYS	(chain 'A' and (resid 29 through 136 or resid 142 through 501 or resid 600 through 601))	A	A	29 - 136	11 - 118
1	2	LEU	LEU	SER	SER	(chain 'A' and (resid 29 through 136 or resid 142 through 501 or resid 600 through 601))	A	A	142 - 273	124 - 255
1	3	ASP	ASP	GLU	GLU	(chain 'A' and (resid 29 through 136 or resid 142 through 501 or resid 600 through 601))	A	A	283 - 501	265 - 483
1	4	HEM	HEM	AER	AER	(chain 'A' and (resid 29 through 136 or resid 142 through 501 or resid 600 through 601))	A	C - D	600 - 601
2	5	LYS	LYS	PHE	PHE	(chain 'B' and (resid 29 through 274 or resid 284 through 501 or resid 600 through 601))	B	B	29 - 135	11 - 117
2	6	LYS	LYS	ASP	ASP	(chain 'B' and (resid 29 through 274 or resid 284 through 501 or resid 600 through 601))	B	B	141 - 274	123 - 256
2	7	SER	SER	GLU	GLU	(chain 'B' and (resid 29 through 274 or resid 284 through 501 or resid 600 through 601))	B	B	284 - 501	266 - 483
2	8	HEM	HEM	AER	AER	(chain 'B' and (resid 29 through 274 or resid 284 through 501 or resid 600 through 601))	B	E - F	600 - 601

#1: タンパク質	Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase / 17-alpha-hydroxyprogesterone aldolase / CYPXVII / Cytochrome P450 17A1 / Cytochrome P450-C17 / ...17-alpha-hydroxyprogesterone aldolase / CYPXVII / Cytochrome P450 17A1 / Cytochrome P450-C17 / Cytochrome P450c17 / Steroid 17-alpha-monooxygenase 分子量: 55789.211 Da / 分子数: 2 / 変異: N52Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP17A1, CYP17, S17AH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P05093, steroid 17alpha-monooxygenase, 17alpha-hydroxyprogesterone deacetylase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-AER / Abiraterone / (3S,8R,9S,10R,13S,14S)-10,13-dimethyl-17-pyridin-3-yl-2,3,4,7,8,9,11,12,14,15-decahydro-1H-cyclopenta[a]phenanthren-3-ol / アビラテロン分子量: 349.509 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₃₁NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 494 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.81 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100 mM Tris HCl, pH 8.5, 30% PEG 3350, 250 mM Li2SO4, 3% glycerol, covered with Al's oil

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→39.23 Å / Num. obs: 88757 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 30.25 Å² / R_pim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 14.1
反射シェル	解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 12773 / R_pim(I) all: 0.465 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Unpublished 17A1 model

17a1

解像度: 1.85→39.23 Å / SU ML: 0.2278 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.3461
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2179	4450	5.02 %
R_work	0.1897	84134	-
obs	0.1911	88584	98.09 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→39.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7436	0	138	494	8068

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0102	7760
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0126	10543
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0664	1185
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0066	1318
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.62	2871

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.87	0.3525	149	0.3404	2542	X-RAY DIFFRACTION	90.85
1.87-1.89	0.3627	151	0.3072	2797	X-RAY DIFFRACTION	98.53
1.89-1.91	0.3339	149	0.3055	2805	X-RAY DIFFRACTION	98.04
1.91-1.94	0.3146	158	0.288	2778	X-RAY DIFFRACTION	98.03
1.94-1.96	0.3103	133	0.275	2814	X-RAY DIFFRACTION	98.96
1.96-1.99	0.3051	143	0.2562	2844	X-RAY DIFFRACTION	98.81
1.99-2.02	0.2655	146	0.2594	2802	X-RAY DIFFRACTION	98.37
2.02-2.05	0.2615	152	0.2442	2765	X-RAY DIFFRACTION	98.18
2.05-2.08	0.2772	161	0.2458	2804	X-RAY DIFFRACTION	97.37
2.08-2.12	0.294	152	0.2283	2765	X-RAY DIFFRACTION	98.08
2.12-2.15	0.2629	143	0.2364	2782	X-RAY DIFFRACTION	97.21
2.15-2.19	0.2867	140	0.2243	2747	X-RAY DIFFRACTION	95.53
2.19-2.23	0.2466	146	0.2157	2808	X-RAY DIFFRACTION	99.13
2.23-2.28	0.2583	149	0.2064	2821	X-RAY DIFFRACTION	98.84
2.28-2.33	0.2191	136	0.1949	2825	X-RAY DIFFRACTION	99.06
2.33-2.38	0.2158	145	0.1983	2855	X-RAY DIFFRACTION	99.08
2.38-2.44	0.2193	159	0.2034	2818	X-RAY DIFFRACTION	99.07
2.44-2.51	0.2787	161	0.2056	2846	X-RAY DIFFRACTION	99.24
2.51-2.58	0.2274	147	0.1974	2803	X-RAY DIFFRACTION	98.76
2.58-2.67	0.2272	146	0.2025	2823	X-RAY DIFFRACTION	98.18
2.67-2.76	0.2057	149	0.2038	2774	X-RAY DIFFRACTION	97.69
2.76-2.87	0.2157	137	0.1905	2746	X-RAY DIFFRACTION	95.75
2.87-3	0.2885	140	0.2	2871	X-RAY DIFFRACTION	99.18
3-3.16	0.2219	145	0.2003	2840	X-RAY DIFFRACTION	99.3
3.16-3.36	0.2398	145	0.1889	2836	X-RAY DIFFRACTION	99.3
3.36-3.62	0.2183	150	0.1797	2879	X-RAY DIFFRACTION	99.74
3.62-3.98	0.1681	140	0.1568	2827	X-RAY DIFFRACTION	97.7
3.98-4.56	0.1549	134	0.1431	2806	X-RAY DIFFRACTION	97.58
4.56-5.74	0.1683	174	0.1463	2848	X-RAY DIFFRACTION	99.54
5.74-39.23	0.1883	170	0.1695	2863	X-RAY DIFFRACTION	97.78

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関連情報:EMDBヘッダ

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