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- PDB-6wqc: Crystal structure of VipF from Legionella hackeliae in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wqc
タイトルCrystal structure of VipF from Legionella hackeliae in complex with CoA
要素N-terminal acetyltransferase, GNAT family
キーワードTRANSFERASE / acetyltransferase / coenzyme A / CoA / legionella hackeliae / legionella pneumophila / effector / VipF
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能
: / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / N-terminal acetyltransferase, GNAT family
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella hackeliae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Skarina, T. / Wawrzak, Z. / Sandoval, J. / Di Leo, R. / Savchenko, A.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of VipF from Legionella hackeliae in complex with CoA
著者: Stogios, P.J.
履歴
登録2020年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-terminal acetyltransferase, GNAT family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6303
ポリマ－34,0951
非ポリマー1,5352
水2,036113
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)172.062, 36.659, 59.803
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 N-terminal acetyltransferase, GNAT family / vipF


分子量: 34095.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella hackeliae (バクテリア)
遺伝子: vipF, LHA_0223 / プラスミド: pMCSG68SBP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -Magic / 参照: UniProt: A0A0A8UKD4
#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.02 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1 M ammonium citrate pH 7.0, 0.1 M Bis-Tris pH 7, 0.2 M ammonium acetate, Cryo: paratone

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→30 Å / Num. obs: 15984 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 11.6 % / Biso Wilson estimate: 27.58 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 24.76
反射 シェル解像度: 2.34→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.689 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 660 / CC1/2: 0.822 / Rpim(I) all: 0.248

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15_3448精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.34→29.9 Å / SU ML: 0.2738 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.9547
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2332 1313 4.97 %RANDOM
Rwork0.1825 25083 --
obs0.1849 15241 85.34 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.34→29.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2363 0 96 113 2572
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072535
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.10383463
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1207383
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0073435
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.44432064
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.34-2.430.3371720.25741378X-RAY DIFFRACTION41.87
2.43-2.540.3707970.24511966X-RAY DIFFRACTION61.05
2.54-2.680.27921380.23222558X-RAY DIFFRACTION78.39
2.68-2.840.31551590.23983050X-RAY DIFFRACTION91.97
2.84-3.060.29631700.23173187X-RAY DIFFRACTION97.9
3.06-3.370.22081720.20553230X-RAY DIFFRACTION98.78
3.37-3.860.22031690.15433198X-RAY DIFFRACTION99.5
3.86-4.860.17431630.12873272X-RAY DIFFRACTION99.77
4.86-29.90.19181730.16693244X-RAY DIFFRACTION98.84
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.48592375048-0.7699197414031.219744820853.48106285411-0.1603016328932.324700940230.1768380341780.178483656889-0.154472579099-0.1612654702480.0313826356457-0.491991524710.0716941281750.132578238691-0.1704226008040.1395551940510.02326010039030.0362818404840.1770226516480.000607703712160.414915506546157.7242592271.9438517448639.1441079015
21.31284821120.170488860381-1.114257114162.374770938180.2114377287252.715676534970.04717349115820.01416245664010.06075974995960.108843041384-0.1679485566560.1252125067280.147400031631-0.07741677299940.115859710770.2039313239920.0220505666943-0.02954557479120.1782634440020.01592100890240.0920597577445127.023738086-4.811410529645.6834576645
32.00264940059-0.1853486827340.240626738562.357873319680.1758264343392.97587070161-0.04334228476450.113332900855-0.0286750004860.134495297897-0.0835187076552-0.04181158963880.2240640968040.1177372714960.1146126958490.2449977875880.003249273656630.0172826047450.1555228740790.008550530387130.0646581213358128.197677101-8.040188966546.3419460915
46.44578991527-0.774294679059-4.56158237952.738219676930.1339734046946.489221891780.1016603110250.388678766430.495961969871-0.2286895510670.0242661537043-0.4912925476930.1141623817210.0870081350752-0.2188942845250.2276206151170.0110960183903-0.02231231404670.1809521205220.04508926207970.166040527297143.3579245965.1185199865134.3233076987
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -2 through 123 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 124 through 167 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 168 through 256 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 257 through 290 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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