[日本語] English
万見
- PDB-6wpu: Structure of S-allyl-L-cysteine S-oxygenase from Allium sativum -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wpu
タイトルStructure of S-allyl-L-cysteine S-oxygenase from Allium sativum
要素Flavin-containing monooxygenase
キーワードFLAVOPROTEIN / OXIDOREDUCTASE / FLAVIN-CONTAINING MONOOXYGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


N,N-dimethylaniline monooxygenase activity / 酸化還元酵素 / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Flavin monooxygenase FMO / Flavin monooxygenase-like / Flavin-binding monooxygenase-like / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Flavin-containing monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Allium sativum (ニンニク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.084 Å
データ登録者Tanner, J.J. / Campbell, A.C. / Schuermann, J.P.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-2003658 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-2003986 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structure and function of a flavin-dependent S-monooxygenase from garlic (Allium sativum).
著者: Valentino, H. / Campbell, A.C. / Schuermann, J.P. / Sultana, N. / Nam, H.G. / LeBlanc, S. / Tanner, J.J. / Sobrado, P.
履歴
登録2020年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年8月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Flavin-containing monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1788
ポリマ－51,8171
非ポリマー1,3627
水2,828157
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.717, 139.717, 77.873
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-728-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Flavin-containing monooxygenase / S-allyl-L-cysteine S-oxygenase


分子量: 51816.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Allium sativum (ニンニク) / 遺伝子: AsFMO1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0M4U3V7, 酸化還元酵素
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 1.7 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, and 0.0025 M NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→121 Å / Num. obs: 101059 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 11.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.132 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.08-2.149.81.6733845239050.6420.5551.7651.696.7
9.08-1219.70.0368687060.9990.010.03260.7100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
PHENIX1.14精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.084→120.998 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 22.32
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2037 5068 5.01 %
Rwork0.1782 --
obs0.1796 101059 99.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 104.6 Å2 / Biso mean: 47.4604 Å2 / Biso min: 21.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.084→120.998 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3473 0 83 157 3713
Biso mean--47.46 47.23 -
残基数----439
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.0842-2.10780.39191350.333278686
2.1078-2.13260.28991480.29453300100
2.1326-2.15870.33271680.28313188100
2.1587-2.1860.30161820.26793169100
2.186-2.21480.28151280.25693299100
2.2148-2.24510.28531780.25693166100
2.2451-2.27720.25871480.24193253100
2.2772-2.31120.28321480.24043210100
2.3112-2.34730.2311420.24213253100
2.3473-2.38580.3161700.2283187100
2.3858-2.42690.27032130.22813178100
2.4269-2.4710.23772120.21133153100
2.471-2.51860.25491720.21463237100
2.5186-2.570.24791900.21443230100
2.57-2.62590.28481160.21383224100
2.6259-2.6870.23791520.20413268100
2.687-2.75420.25661960.19383175100
2.7542-2.82860.21851500.19343206100
2.8286-2.91190.20221630.19463251100
2.9119-3.00590.26271300.19653211100
3.0059-3.11330.25621680.18863235100
3.1133-3.2380.22482080.1823185100
3.238-3.38540.19431780.17543206100
3.3854-3.56380.16271320.15913248100
3.5638-3.78710.16631700.14983228100
3.7871-4.07960.18492000.13643154100
4.0796-4.49010.14892030.12853188100
4.4901-5.13990.14442260.1363190100
5.1399-6.47570.18341700.16463198100
6.4757-120.9980.18681720.1643215100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -48.7978 Å / Origin y: 48.8023 Å / Origin z: 30.7476 Å
111213212223313233
T0.1924 Å2-0.0467 Å2-0.0036 Å2-0.3839 Å2-0.0306 Å2--0.326 Å2
L0.7157 °20.2325 °2-0.0217 °2-0.6816 °2-0.658 °2--2.9203 °2
S-0.038 Å °-0.0037 Å °0.0182 Å °-0.0266 Å °0.1189 Å °0.1049 Å °0.0652 Å °-0.5586 Å °-0.0584 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain 'A'

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る