+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6wpu | |||||||||
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Title | Structure of S-allyl-L-cysteine S-oxygenase from Allium sativum | |||||||||
Components | Flavin-containing monooxygenase | |||||||||
Keywords | FLAVOPROTEIN / OXIDOREDUCTASE / FLAVIN-CONTAINING MONOOXYGENASE | |||||||||
Function / homology | Function and homology information N,N-dimethylaniline monooxygenase activity / Oxidoreductases / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Allium sativum (garlic) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.084 Å | |||||||||
Authors | Tanner, J.J. / Campbell, A.C. / Schuermann, J.P. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2020 Title: Structure and function of a flavin-dependent S-monooxygenase from garlic (Allium sativum). Authors: Valentino, H. / Campbell, A.C. / Schuermann, J.P. / Sultana, N. / Nam, H.G. / LeBlanc, S. / Tanner, J.J. / Sobrado, P. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6wpu.cif.gz | 193.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6wpu.ent.gz | 153.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6wpu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6wpu_validation.pdf.gz | 725.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6wpu_full_validation.pdf.gz | 728.8 KB | Display | |
Data in XML | 6wpu_validation.xml.gz | 18.9 KB | Display | |
Data in CIF | 6wpu_validation.cif.gz | 27.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/6wpu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/6wpu | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 51816.516 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Allium sativum (garlic) / Gene: AsFMO1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A0M4U3V7, Oxidoreductases | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-FAD / | ||||
#3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.23 Å3/Da / Density % sol: 70.95 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion Details: 1.7 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, and 0.0025 M NaCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.9791 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 2, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9791 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.08→121 Å / Num. obs: 101059 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 11.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.132 / Net I/σ(I): 15.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.084→120.998 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0.31 / Phase error: 22.32
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 104.6 Å2 / Biso mean: 47.4604 Å2 / Biso min: 21.87 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.084→120.998 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -48.7978 Å / Origin y: 48.8023 Å / Origin z: 30.7476 Å
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Refinement TLS group | Selection details: chain 'A' |