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- PDB-6wpg: Structural Basis of Salicylic Acid Perception by Arabidopsis NPR ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wpg
タイトルStructural Basis of Salicylic Acid Perception by Arabidopsis NPR Proteins
要素Regulatory protein NPR4
キーワードPLANT PROTEIN / NPR4 / Arabidopsis / Salicylic acid / SA / receptor / plant immunity
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of salicylic acid mediated signaling pathway / regulation of systemic acquired resistance / regulation of jasmonic acid mediated signaling pathway / systemic acquired resistance, salicylic acid mediated signaling pathway / systemic acquired resistance / salicylic acid binding / plant-type hypersensitive response / response to salicylic acid / response to fungus / defense response to fungus ...regulation of salicylic acid mediated signaling pathway / regulation of systemic acquired resistance / regulation of jasmonic acid mediated signaling pathway / systemic acquired resistance, salicylic acid mediated signaling pathway / systemic acquired resistance / salicylic acid binding / plant-type hypersensitive response / response to salicylic acid / response to fungus / defense response to fungus / response to bacterium / protein ubiquitination / defense response to bacterium / identical protein binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
NPR1/NIM1-like, C-terminal / Regulatory protein NPR, central domain / Regulatory protein NPR / Domain of unknown function (DUF3420) / NPR1/NIM1 like defence protein C terminal / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily ...NPR1/NIM1-like, C-terminal / Regulatory protein NPR, central domain / Regulatory protein NPR / Domain of unknown function (DUF3420) / NPR1/NIM1 like defence protein C terminal / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2-HYDROXYBENZOIC ACID / Regulatory protein NPR4
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.283 Å
データ登録者Wang, W. / Withers, J. / Li, H. / Zwack, P.J. / Rusnac, D.V. / Shi, H. / Liu, L. / Yan, S. / Hinds, T.R. / Guttman, M. ...Wang, W. / Withers, J. / Li, H. / Zwack, P.J. / Rusnac, D.V. / Shi, H. / Liu, L. / Yan, S. / Hinds, T.R. / Guttman, M. / Dong, X. / Zheng, N.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: Structural basis of salicylic acid perception by Arabidopsis NPR proteins.
著者: Wang, W. / Withers, J. / Li, H. / Zwack, P.J. / Rusnac, D.V. / Shi, H. / Liu, L. / Yan, S. / Hinds, T.R. / Guttman, M. / Dong, X. / Zheng, N.
履歴
登録2020年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年10月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulatory protein NPR4
B: Regulatory protein NPR4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3294
ポリマ－41,0532
非ポリマー2762
水1,36976
1
A: Regulatory protein NPR4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6652
ポリマ－20,5261
非ポリマー1381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Regulatory protein NPR4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6652
ポリマ－20,5261
非ポリマー1381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.293, 88.293, 138.003
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 Regulatory protein NPR4 / BTB/POZ domain-containing protein NPR4


分子量: 20526.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: NPR4, At4g19660, T16H5.20 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ICL9
#2: 化合物 ChemComp-SAL / 2-HYDROXYBENZOIC ACID / SALICYLIC ACID / サリチル酸


分子量: 138.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.48 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.25 M potassium phosphate dibasic, 23% PEG 3350, pH 9.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.283→50 Å / Num. obs: 28861 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.067 / Χ2: 0.906 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.29-2.378.40.77128280.9510.2740.820.893100
2.37-2.479.80.50528630.9810.1660.5320.992100
2.47-2.5810.50.34228090.9890.1090.360.939100
2.58-2.7210.60.30728650.9860.0980.3230.844100
2.72-2.8910.70.19228520.9960.0610.2021.023100
2.89-3.1110.80.11928530.9980.0380.1251.024100
3.11-3.42110.07128930.9990.0220.0750.938100
3.42-3.9211.30.0728950.9980.0220.0730.548100
3.92-4.9311.60.06229450.9980.0190.0650.963100
4.93-5011.10.033305810.010.0350.92199.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.283→39.418 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.07
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2238 1428 4.97 %
Rwork0.2051 --
obs0.2061 28714 99.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 203.58 Å2 / Biso mean: 79.6069 Å2 / Biso min: 41.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.283→39.418 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1855 0 30 76 1961
Biso mean--58.37 82.16 -
残基数----225
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.283-2.36460.31671460.2696258796
2.3646-2.45920.23191350.2337270699
2.4592-2.57120.24341340.21922672100
2.5712-2.70670.24761480.23252721100
2.7067-2.87620.3061500.24492694100
2.8762-3.09820.28871390.23922719100
3.0982-3.40980.27551440.21292746100
3.4098-3.90290.22881190.18532768100
3.9029-4.91570.16971530.17712783100
4.9157-39.4180.21191600.2095289099
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 40.3332 Å / Origin y: 34.0584 Å / Origin z: 44.7081 Å
111213212223313233
T0.5208 Å20.0117 Å20.0716 Å2-0.4591 Å20.0228 Å2--0.441 Å2
L1.49 °2-0.5978 °21.8778 °2-1.4735 °2-1.5738 °2--4.2282 °2
S0.0513 Å °0.2082 Å °0.1105 Å °0.0702 Å °-0.1357 Å °-0.1234 Å °-0.1967 Å °0.3101 Å °0.143 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA-7 - 512
2X-RAY DIFFRACTION1allB371 - 512
3X-RAY DIFFRACTION1allS1
4X-RAY DIFFRACTION1allS2
5X-RAY DIFFRACTION1allW1 - 76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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