PDB-6wp5: Pyruvate Kinase M2 mutant-S37D

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wp5

タイトル

Pyruvate Kinase M2 mutant-S37D

要素

Pyruvate kinase PKM

キーワード

TRANSFERASE / GLYCOLYSIS / GENE REGULATION / PHOSPHOTRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / Pyruvate metabolism / positive regulation of cytoplasmic translation / histone H3T11 kinase activity / programmed cell death / canonical glycolysis / Glycolysis / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.17 Å

データ登録者

Nandi, S. / Razzaghi, M. / Srivastava, D. / Dey, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structural basis for allosteric regulation of pyruvate kinase M2 by phosphorylation and acetylation.
著者: Nandi, S. / Razzaghi, M. / Srivastava, D. / Dey, M.

履歴

登録	2020年4月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年9月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年10月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2021年2月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wp5.cif.gz	402.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wp5.ent.gz	294.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wp5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6wp5_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wp5_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	6wp5_validation.xml.gz	67.7 KB	表示
CIF形式データ	6wp5_validation.cif.gz	93 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/6wp5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/6wp5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6wp3C 6wp4C 6wp6C 6b6uS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6v74-1 6nu1-1 3g2g-d 6nn7-1 6v76-1 4ima-d 5x1w-d 6wp3-1 6nn7-2 3gr4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (15) #102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Pyruvate kinase PKM

A: Pyruvate kinase PKM

C: Pyruvate kinase PKM

D: Pyruvate kinase PKM

ヘテロ分子

243 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyruvate kinase PKM

C: Pyruvate kinase PKM

ヘテロ分子

B: Pyruvate kinase PKM

D: Pyruvate kinase PKM

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
243 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.625, 117.567, 109.965
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.627, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 7分子 BACD

#1: タンパク質

Pyruvate kinase PKM / Cytosolic thyroid hormone-binding protein / CTHBP / Opa-interacting protein 3 / OIP-3 / Pyruvate ...

分子量: 60078.109 Da / 分子数: 4 / 変異: S37D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PKM, OIP3, PK2, PK3, PKM2 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14618, pyruvate kinase

#6: 糖

ChemComp-FBP / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / BETA-FRUCTOSE-1,6-DIPHOSPHATE / FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス1,6-ビスりん酸

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₁₂P₂

-
非ポリマー , 5種, 229分子

#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-OXL / OXALATE ION / しゅう酸ジアニオン分子量: 88.019 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂O₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.64 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M NaBr, 0.1 M Bis-Tris Propane, 16-20% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786032 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9786032 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.17→19.84 Å / Num. obs: 116911 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 33.84 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.069 / R_pim(I) all: 0.047 / R_rim(I) all: 0.092 / R_sym value: 0.069 / Net I/av σ(I): 10 / Net I/σ(I): 13.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.17-2.29	3.8	0.581	1.3	65318	17088	0.391	0.767	0.581	2.2	99.9
2.29-2.43	3.8	0.387	1.9	61824	16162	0.261	0.511	0.387	3.4	99.9
2.43-2.59	3.8	0.274	2.7	58031	15181	0.184	0.361	0.274	4.9	99.9
2.59-2.8	3.8	0.177	4.2	53892	14114	0.119	0.232	0.177	7.4	99.9
2.8-3.07	3.8	0.111	6.6	49296	12984	0.075	0.146	0.111	11.4	99.8
3.07-3.43	3.8	0.066	10.9	44209	11765	0.045	0.087	0.066	17.9	99.7
3.43-3.96	3.7	0.041	16.8	38191	10384	0.028	0.054	0.041	26.4	99.7
3.96-4.85	3.6	0.029	22.2	31522	8762	0.02	0.038	0.029	34.5	99.7
4.85-6.86	3.6	0.028	23.1	24902	6849	0.019	0.037	0.028	35.3	99.7
6.86-19.84	3.6	0.02	28.5	13163	3622	0.014	0.027	0.02	45.2	95.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2	精密化
XDS		データ削減
SCALA	3.3.22	データスケーリング
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6B6U

6b6u

解像度: 2.17→19.84 Å / SU ML: 0.3002 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.6431
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2595	5771	4.94 %
R_work	0.2165	111075	-
obs	0.2186	116846	99.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.17→19.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14184	0	100	209	14493

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0084	14489
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9428	19658
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	2323
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0057	2566
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	24.0578	5217

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.17-2.19	0.3564	176	0.3	3724	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.19-2.22	0.3328	168	0.2922	3714	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.22-2.25	0.3421	181	0.2898	3728	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.25-2.28	0.3256	201	0.281	3678	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.28-2.31	0.3207	200	0.2758	3691	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.31-2.34	0.3582	184	0.2629	3689	X-RAY DIFFRACTION	99.77
2.34-2.37	0.2832	195	0.2617	3695	X-RAY DIFFRACTION	99.64
2.37-2.41	0.3447	184	0.2572	3683	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.41-2.44	0.3357	190	0.2554	3726	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.44-2.48	0.336	203	0.2537	3677	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.48-2.53	0.3109	195	0.2515	3663	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.53-2.57	0.3205	193	0.2417	3687	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.57-2.62	0.2836	201	0.2312	3713	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.62-2.67	0.2835	163	0.2307	3719	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.67-2.73	0.2934	199	0.2342	3721	X-RAY DIFFRACTION	99.77
2.73-2.8	0.3197	177	0.2326	3701	X-RAY DIFFRACTION	99.64
2.8-2.87	0.2861	188	0.2447	3704	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.87-2.94	0.3085	183	0.2485	3695	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.94-3.03	0.293	168	0.2323	3711	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.03-3.13	0.2778	203	0.2431	3671	X-RAY DIFFRACTION	99.54
3.13-3.24	0.3071	185	0.2401	3723	X-RAY DIFFRACTION	99.62
3.24-3.37	0.2565	176	0.2245	3714	X-RAY DIFFRACTION	99.74
3.37-3.52	0.2698	223	0.2134	3674	X-RAY DIFFRACTION	99.57
3.52-3.7	0.2264	199	0.2011	3689	X-RAY DIFFRACTION	99.59
3.7-3.93	0.2574	189	0.1921	3734	X-RAY DIFFRACTION	99.49
3.93-4.24	0.1964	212	0.1829	3678	X-RAY DIFFRACTION	99.59
4.24-4.66	0.1919	189	0.1636	3686	X-RAY DIFFRACTION	99.49
4.66-5.32	0.2172	214	0.1786	3715	X-RAY DIFFRACTION	99.42
5.32-6.66	0.2361	209	0.2179	3719	X-RAY DIFFRACTION	99.57
6.66-19.84	0.2112	223	0.174	3753	X-RAY DIFFRACTION	99.13

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