PDB-6won: Crystal structure of acetoin dehydrogenase YohF from Salmonella t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6won

タイトル

Crystal structure of acetoin dehydrogenase YohF from Salmonella typhimurium

要素

YohF

キーワード

OXIDOREDUCTASE / dehydrogenase / acetoin / CSGID / STRUCTURAL GENOMICS / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素 / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.13 Å

データ登録者

Stogios, P.J. / Skarina, T. / Mesa, N. / Endres, M. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of acetoin dehydrogenase YohF from Salmonella typhimurium
著者: Stogios, P.J.

履歴

登録	2020年4月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年5月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6won.cif.gz	840.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6won.ent.gz	622.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6won.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6won_validation.pdf.gz	497.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6won_full_validation.pdf.gz	510.5 KB	表示
XML形式データ	6won_validation.xml.gz	78.3 KB	表示
CIF形式データ	6won_validation.cif.gz	111.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wo/6won ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wo/6won	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6ux3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6oz7-1 6oz7-2 6nrp-d 6tbb-2 4cv1-1 6tbb-1 2qio-d 1x1t-1 3gaf-2 6tbc-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: IDP96708

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

A: YohF

B: YohF

C: YohF

D: YohF

E: YohF

F: YohF

G: YohF

H: YohF

ヘテロ分子

217 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: YohF

B: YohF

E: YohF

F: YohF

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
108 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: YohF

H: YohF

ヘテロ分子

C: YohF

D: YohF

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
108 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	72.549, 114.171, 219.342
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	YohF 分子量: 27042.711 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌) 株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: yohF, STM2171 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -Magic / 参照: UniProt: Q8ZNM5, 酸化還元酵素
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.71 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M lithium sulfate monohydrate, 25% (w/v) PEG3350, 0.1 M bis-Tris pH 6.5, cryoprotectant: paratone

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データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年12月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.12→30 Å / Num. obs: 103094 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.8 % / B_iso Wilson estimate: 28.58 Å² / R_merge(I) obs: 0.061 / R_pim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 17.35
反射シェル	解像度: 2.12→2.16 Å / R_merge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / Num. unique obs: 5055 / CC_1/2: 0.865 / R_pim(I) all: 0.244 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15_3448	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6UX3

6ux3

解像度: 2.13→29.49 Å / SU ML: 0.194 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.3491

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2066	1883	1.92 %	RANDOM
R_work	0.1601	-	-	-
obs	0.161	98156	95.04 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.13→29.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14450	0	11	1228	15689

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0066	14734
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7953	20011
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0597	2330
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0058	2603
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.4255	5217

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.13-2.18	0.246	126	0.1895	6547	X-RAY DIFFRACTION	85.17
2.18-2.25	0.2382	132	0.1905	6938	X-RAY DIFFRACTION	90.1
2.25-2.32	0.2838	138	0.1808	7093	X-RAY DIFFRACTION	91.95
2.32-2.4	0.2693	134	0.1777	7147	X-RAY DIFFRACTION	92.63
2.4-2.5	0.2225	144	0.1771	7213	X-RAY DIFFRACTION	93.17
2.5-2.61	0.2471	140	0.1756	7293	X-RAY DIFFRACTION	94.53
2.61-2.75	0.2461	146	0.1815	7397	X-RAY DIFFRACTION	95.72
2.75-2.92	0.2191	148	0.1773	7520	X-RAY DIFFRACTION	96.57
2.92-3.15	0.2234	152	0.1726	7596	X-RAY DIFFRACTION	97.82
3.15-3.46	0.1999	152	0.1619	7716	X-RAY DIFFRACTION	98.72
3.46-3.96	0.1836	153	0.1433	7781	X-RAY DIFFRACTION	99.45
3.96-4.99	0.1636	156	0.128	7889	X-RAY DIFFRACTION	99.65
4.99-29.49	0.1894	162	0.1544	8143	X-RAY DIFFRACTION	99.43

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.36312417429	0.213929571715	1.26456221424	7.91532240954	-0.301846844937	6.48776710119	-0.103448460342	0.241784940041	-0.0609728557054	-0.545270449418	-0.0195289008534	0.578290405377	-0.14621184982	-0.300596765455	0.0734959573887	0.195262956444	0.0158661786525	-0.0413205054712	0.182445869347	-0.0481681821297	0.266389239121	-4.98097016886	69.6227001961	117.37035554
2	1.75790989549	0.193112120428	-0.0217936055634	1.37935249607	0.139538318833	0.423298791227	0.0132912935371	0.109703045783	0.143755183587	0.0499018481281	-0.059323508936	0.153919533811	-0.0877154844289	-0.0403440231961	0.0414036760565	0.244689104077	0.020933103277	-0.0289533001609	0.220123458104	-0.0164654971013	0.22524502658	9.98816638736	73.4490873981	124.855226374
3	2.26918560061	-0.960982947279	-1.76402195989	2.89304973354	2.43396357334	2.47755644285	0.158675652928	0.460740013542	0.056021032841	-0.471083148269	0.188194791391	0.180870362777	-0.429680109553	-0.553370675111	-0.294910460754	0.291040374907	-0.0475175169171	-0.0517035251281	0.265307328913	-0.00923766853509	0.230843438587	9.31515490097	61.8412125275	115.485157855
4	1.69818317999	0.0252271697412	-1.30353421995	2.27924101471	0.205439372474	4.28838181718	0.0390249672285	0.204606571996	-0.0594521881634	-0.0960890475965	-0.0485184997688	-0.032344520311	-0.0121239938798	0.104656546264	0.0136152223713	0.194378460626	-0.000659799932977	-0.0415565959453	0.215710247307	-0.0508208771069	0.217947978832	12.6376566206	56.7505773173	115.086950485
5	4.78670313083	-0.988451315619	1.4159459042	4.7221376915	-0.271462868662	3.39807627953	-0.0327345928656	-0.17332621987	0.265766498522	0.246170685991	0.0322994308963	-0.135531492518	-0.167265917513	0.0630890274745	0.00180174210519	0.20719454447	-0.025790147376	0.00937773579552	0.16909359239	-0.0524701983819	0.251112851233	45.4447948858	83.151322926	130.288576345
6	1.20838606319	0.00871934531572	0.130990384325	0.923184919507	0.149466186297	0.0740342134207	0.0372409412821	-0.0630607122035	0.0749337533321	0.124871658181	-0.0059320459624	-0.075998137704	-0.0197911149212	0.0229299459839	-0.0283896189409	0.225534111533	-0.00340112846259	-0.0255835399619	0.194397724736	-0.0288716736944	0.197549660072	32.1920323927	72.0445030163	129.146719329
7	2.76104301216	0.337717649722	-2.1011568264	2.82580188445	-0.853241251763	3.61520654838	0.0497901113712	-0.20714018509	-0.0514004499641	0.224895656841	-0.0636011892548	-0.00878465029648	-0.0279952585673	0.0347221831798	0.138399426827	0.20220201785	-0.00436951925776	-0.0615867038227	0.203573762788	-0.0321074968414	0.241057202746	34.5014810109	58.4133111859	129.961069676
8	3.69925116325	0.103607975844	-1.36037507655	4.36868448072	0.679338349129	3.24395109671	-0.083634189358	0.0465210912614	-0.265786933117	0.0380058921986	-0.0888681573114	0.266138859151	0.228254267177	-0.157738325968	0.170268968426	0.252065589449	-0.0172978538179	-0.0403669400307	0.233884796953	-0.0805403436502	0.308706072548	3.28505310855	97.0734962353	137.258955835
9	1.33919840053	-0.182162413298	0.283578843004	1.22367203367	0.536416096541	0.84763547388	-0.0139073920362	-0.0702387293084	-0.0933552112912	0.023965885781	-0.0119109401215	0.116382870022	0.13392305386	-0.0296712617458	-0.00139615048856	0.230527532743	-0.0332555276978	0.0176513876968	0.173776581749	-0.00273606593873	0.204354056607	18.4160869802	105.044395249	142.618162027
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36	6.22253824043	3.23897614838	-4.28365904824	7.45184516222	3.22981824427	8.15398238685	0.269988913601	0.945622983865	0.246281987594	-1.03930616989	-0.192956116019	0.687427092579	0.154496870502	-0.484264570479	-0.137770254542	0.456133031025	0.00341213059849	-0.104034218671	0.403316528514	0.0063327018744	0.223645516086	31.2578866344	54.323559807	158.074427637
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39	3.65050797389	-0.396215015174	1.23923733279	0.0787307848092	-0.469739796458	3.95611011578	-0.375637860386	0.443518057199	0.53380067119	0.00989863615683	-0.633620337611	-0.866395764431	-0.373646605981	1.21201784752	0.0885205426224	0.282548606363	-0.0100885013487	0.0958389659429	0.865557254347	0.517547207019	0.793468982731	79.6546973301	72.6997943836	167.125859167
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41	2.16579604845	-0.448098529381	-0.0205775651703	3.6260656606	0.270455308625	2.93317529142	-0.0422604245341	0.0390307237868	0.173617671016	0.0285857377736	-0.17796003828	-0.231189833799	-0.0609546136563	0.303435332225	0.189157395347	0.172787104811	0.00334173460369	-0.0145542009068	0.214067594058	0.106705890126	0.256786693177	63.8201765013	64.3983680482	181.467720085

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 50 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 51 through 174 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 175 through 202 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 203 through 250 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid -1 through 86 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 87 through 225 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 226 through 252 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid -1 through 86 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 87 through 203 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 204 through 252 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 2 through 50 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 51 through 86 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 87 through 112 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 113 through 174 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 175 through 200 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 201 through 235 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 236 through 250 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 2 through 50 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 51 through 65 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 66 through 129 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 130 through 150 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 151 through 174 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 175 through 203 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid 204 through 225 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'E' and (resid 226 through 250 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'F' and (resid 1 through 36 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'F' and (resid 37 through 86 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 87 through 129 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'F' and (resid 130 through 202 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'F' and (resid 203 through 224 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'F' and (resid 225 through 252 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'G' and (resid 1 through 65 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'G' and (resid 66 through 112 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'G' and (resid 113 through 174 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'G' and (resid 175 through 193 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'G' and (resid 194 through 213 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'G' and (resid 214 through 235 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'G' and (resid 236 through 253 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'H' and (resid 1 through 65 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'H' and (resid 66 through 203 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'H' and (resid 204 through 251 )

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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