PDB-6wo0: human Artemis/SNM1C catalytic domain, crystal form 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wo0

タイトル

human Artemis/SNM1C catalytic domain, crystal form 1

要素

Protein artemis

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Artemis / SNM1C / endonuclease / nuclease

機能・相同性

機能・相同性情報

single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / nonhomologous end joining complex / V(D)J recombination / 5'-3' exonuclease activity / 5'-3' DNA exonuclease activity / response to ionizing radiation / interstrand cross-link repair / telomere maintenance / B cell differentiation / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.97 Å

データ登録者

Karim, F. / Liu, S. / Laciak, A.R. / Volk, L. / Rosenblum, M. / Curtis, R. / Huang, N. / Carr, G. / Zhu, G.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structural analysis of the catalytic domain of Artemis endonuclease/SNM1C reveals distinct structural features.
著者: Karim, M.F. / Liu, S. / Laciak, A.R. / Volk, L. / Koszelak-Rosenblum, M. / Lieber, M.R. / Wu, M. / Curtis, R. / Huang, N.N. / Carr, G. / Zhu, G.

履歴

登録	2020年4月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2020年9月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wo0.cif.gz	151.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wo0.ent.gz	115.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wo0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6wo0_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wo0_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	6wo0_validation.xml.gz	15.8 KB	表示
CIF形式データ	6wo0_validation.cif.gz	21.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wo/6wo0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wo/6wo0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6wnlC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6wnl-2 2ghb-1 7af1-d 2aeh-2 7afs-d 5omg-d 7apv-d 2xrw-d 2ghb-2 1kv1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein artemis

ヘテロ分子

43.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.690, 111.010, 55.160
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Protein artemis / DNA cross-link repair 1C protein / Protein A-SCID / SNM1 homolog C / hSNM1C / SNM1-like protein 分子量: 43294.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCLRE1C, ARTEMIS, ASCID, SCIDA, SNM1C 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q96SD1, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.14 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 50 mM MES pH 6.5, 0.1 M LiCl, 0.01 M MgCl2, 12% PEG 4000 (w/v)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.97→35 Å / Num. obs: 32168 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 16
反射シェル	解像度: 1.97→2.02 Å / R_merge(I) obs: 0.828 / Num. unique obs: 2318

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Model from a SAD data

解像度: 1.97→34.541 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 11.305 / SU ML: 0.162 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.171 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2695	1560	4.856 %
R_work	0.2177	-	-
all	0.22	-	-
obs	-	32125	99.526 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.457 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.872 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.993 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.97→34.541 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2911	0	14	105	3030

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	3008
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2789
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.499	1.648	4073
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.241	1.569	6468
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.286	5	362
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.598	20.429	163
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.477	15	526
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.918	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	387
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3313
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	677
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	565
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	2627
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	1395
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	1381
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	127
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.153	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.2	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.222	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.006	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.825	3.363	1439
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.814	3.361	1438
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.846	5.033	1798
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.847	5.035	1799
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.17	3.709	1569
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.17	3.711	1570
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.521	5.42	2273
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.521	5.422	2274
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.098	39.204	3305
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.068	39.113	3296

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.97-2.021	0.37	118	0.336	2189	0.338	2317	0.78	0.784	99.5684	0.284
2.021-2.076	0.303	112	0.299	2160	0.299	2297	0.821	0.835	98.9116	0.242
2.076-2.136	0.316	124	0.264	2078	0.267	2219	0.843	0.867	99.2339	0.216
2.136-2.202	0.274	104	0.245	2050	0.247	2165	0.883	0.892	99.4919	0.202
2.202-2.274	0.284	111	0.235	1976	0.238	2095	0.91	0.907	99.6181	0.194
2.274-2.353	0.282	102	0.225	1911	0.228	2019	0.896	0.916	99.7028	0.187
2.353-2.441	0.34	102	0.237	1853	0.242	1961	0.87	0.913	99.694	0.207
2.441-2.541	0.291	85	0.208	1798	0.211	1892	0.913	0.941	99.5243	0.18
2.541-2.653	0.263	69	0.22	1758	0.222	1834	0.918	0.934	99.6183	0.197
2.653-2.781	0.273	68	0.227	1664	0.229	1744	0.918	0.927	99.3119	0.206
2.781-2.931	0.248	81	0.232	1582	0.232	1664	0.92	0.92	99.9399	0.222
2.931-3.107	0.283	83	0.24	1475	0.243	1565	0.9	0.913	99.5527	0.233
3.107-3.32	0.318	80	0.251	1417	0.254	1499	0.875	0.906	99.8666	0.253
3.32-3.583	0.317	65	0.253	1315	0.256	1390	0.839	0.904	99.2806	0.259
3.583-3.921	0.273	54	0.206	1238	0.208	1293	0.919	0.953	99.9227	0.221
3.921-4.377	0.203	39	0.173	1127	0.174	1167	0.956	0.965	99.9143	0.198
4.377-5.04	0.222	59	0.155	1002	0.159	1067	0.947	0.97	99.4377	0.186
5.04-6.14	0.183	44	0.209	859	0.207	904	0.953	0.949	99.8894	0.253
6.14-8.55	0.266	37	0.212	674	0.215	715	0.932	0.95	99.4406	0.273
8.55-34.541	0.302	23	0.21	439	0.215	462	0.93	0.938	100	0.289

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 19.874 Å / Origin y: 12.27 Å / Origin z: 15.065 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.5252 Å²	0.0382 Å²	-0.0776 Å²	-	0.0733 Å²	-0.0009 Å²	-	-	0.0204 Å²
L	0.3552 °²	-0.4366 °²	-0.3034 °²	-	1.7765 °²	0.4861 °²	-	-	0.6487 °²
S	-0.1113 Å °	0.0133 Å °	-0.0232 Å °	0.0267 Å °	0.0698 Å °	0.1188 Å °	-0.0221 Å °	-0.1626 Å °	0.0414 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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関連情報:EMDBヘッダ

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