PDB-6wnm: The structure of Pf4r from a superinfective isolate of the filame...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wnm

タイトル

The structure of Pf4r from a superinfective isolate of the filamentous phage Pf4 of Pseudomonas aeruginosa PA01

要素

Pf4r

キーワード

DNA BINDING PROTEIN

機能・相同性

Chem-U5J

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.58 Å

データ登録者

Michie, K.A. / Norrian, P. / Duggin, I.G. / McDougald, D. / Rice, S.A.

資金援助

シンガポール,

オーストラリア, 2件

引用

ジャーナル: Viruses / 年: 2021
タイトル: The Repressor C Protein, Pf4r, Controls Superinfection of Pseudomonas aeruginosa PAO1 by the Pf4 Filamentous Phage and Regulates Host Gene Expression.
著者: Ismail, M.H. / Michie, K.A. / Goh, Y.F. / Noorian, P. / Kjelleberg, S. / Duggin, I.G. / McDougald, D. / Rice, S.A.

履歴

登録	2020年4月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年4月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年8月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2021年9月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wnm.cif.gz	101.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wnm.ent.gz	79.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wnm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6wnm_validation.pdf.gz	837.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wnm_full_validation.pdf.gz	838.1 KB	表示
XML形式データ	6wnm_validation.xml.gz	8 KB	表示
CIF形式データ	6wnm_validation.cif.gz	10 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/6wnm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/6wnm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6wpzC 6x6fC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2zr5-d 1pin-d 6o34-d 3v1q-d 6uky-d 1wsf-3 2z1h-d 2zr6-d 1v3y-2 1wsf-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pf4r

B: Pf4r

ヘテロ分子

21.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pf4r

ヘテロ分子

A: Pf4r

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Sample in biological buffer gel filtrates as a monomer., light scattering, MALS gives a molecular mass of a monomer.
22 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Pf4r

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Sample in biological buffer gel filtrates as a monomer., light scattering, MALS gives a molecular mass of a monomer.
21 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.109, 47.477, 169.332
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Pf4r 分子量: 10496.806 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) プラスミド: pNC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta T1R
#2: 化合物	ChemComp-U5J / [(2R)-3-{[2-(carboxymethoxy)benzene-1-carbonyl]amino}-2-methoxypropyl](hydroxy)mercury 分子量: 483.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₃H₁₇HgNO₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.57 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 50 mg/ml protein, 37% PEG 3350, 50 mM Tris, 5% glycerol, 50 mM KCl. Crystals soaked with 1 mM mersalyl overnight for phasing.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 1.0055 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2019年2月23日
放射	モノクロメーター: silicon double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0055 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.58→42.333 Å / Num. obs: 5168 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.7 % / B_iso Wilson estimate: 18.79 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.172 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 16.5
反射シェル	解像度: 2.58→2.69 Å / 冗長度: 13.7 % / R_merge(I) obs: 0.834 / Num. unique obs: 607 / CC_1/2: 0.861 / R_pim(I) all: 0.331 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.58→42.333 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 17.45 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2424	282	5.49 %
R_work	0.2115	-	-
obs	0.2131	5135	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.58→42.333 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1201	0	21	6	1228

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	1247
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.804	1689
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.474	750
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	189
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	213

LS精密化シェル

解像度: 2.5802→3.2506 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2542	150	-
R_work	0.2107	2353	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8876	0.2435	0.4042	0.1487	0.0421	0.7858	0.1728	0.0456	-0.4902	-0.1986	0.1711	-0.3311	0.6174	-0.0213	0.7751	0.1587	0.0344	0.1435	0.0704	-0.0094	0.0054	14.1625	24.971	72.8299
2	0.6494	-0.3985	0.4759	0.4374	-0.4349	0.4633	0.1433	-0.3142	-0.3155	-0.1249	-0.0022	-0.0792	0.1297	0.2448	0.3387	0.1122	-0.0099	0.0859	0.2839	-0.0305	0.3416	21.4224	29.6863	73.3333
3	0.6839	-0.0143	0.2136	0.1413	0.0984	0.176	0.0611	-0.2891	-0.1662	0.0135	-0.1994	-0.0144	-0.0107	0.3031	-0.5914	0.1183	0.0434	0.0168	0.2135	0.0665	0.3256	17.2247	26.8312	79.0353
4	1.2906	0.2381	0.4764	0.3038	-0.1936	0.4023	-0.1052	-0.1704	-0.4584	-0.3966	0.3315	-0.1026	0.1728	-0.1021	0.3889	0.1293	0.0181	-0.0495	0.0678	-0.0368	0.1413	0.8122	22.0602	75.7857
5	0.0378	0.0548	-0.0198	0.0743	-0.0286	0.007	-0.044	-0.1805	-0.2137	-0.4019	-0.1195	-0.2091	0.358	0.1618	0.002	0.6706	0.2578	0.0221	0.6949	-0.0083	0.2862	9.2932	14.4317	49.4456
6	1.6536	1.2114	0.0576	0.9013	0.0372	0.0039	0.0413	-0.1695	0.8223	0.0153	0.0939	0.1653	-0.1342	0.3192	0.0003	0.2784	0.071	0.0179	0.4557	-0.019	0.1947	2.6039	14.3832	62.2153
7	0.7129	0.925	-0.0944	1.186	-0.1166	0.0047	0.0039	-0.2797	-0.4062	-0.0449	-0.4107	0.1072	0.6994	0.5967	-0.1123	0.7007	0.0413	-0.0422	0.3822	0.0451	0.2065	2.9327	6.2765	57.868
8	5.5646	-0.5911	2.4901	1.3245	-0.9558	1.5306	-0.4521	-0.0877	0.9414	0.4822	-0.0177	0.0387	-0.1079	-0.1658	-0.7168	0.3564	-0.066	0.1121	0.3678	-0.0503	0.0724	0.6288	16.7309	48.8236
9	2.016	0.504	1.0958	0.5708	1.2153	2.5622	-0.371	-0.021	0.1899	-0.4584	-0.3824	-0.1218	0.0542	0.0229	-0.5839	0.5022	-0.2148	-0.0197	0.6109	0.1074	0.2527	4.227	29.7006	46.0067
10	0.2255	0.0459	-0.0166	0.2434	-0.0913	0.0348	0.0337	0.6224	0.0108	0.0132	-0.3198	0.1371	-0.232	0.4042	-0.1854	0.6374	-0.1246	0.0496	0.6075	-0.0306	0.2347	11.4016	30.3793	55.1638

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 22 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 23 through 34 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 35 through 51 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 52 through 80 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 2 through 15 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 16 through 23 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 24 through 33 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 34 through 61 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 62 through 72 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 73 through 82 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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