PDB-6wn9: Structure of Staphylococcus aureus peptidoglycan O-acetyltransfer...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wn9

タイトル

Structure of Staphylococcus aureus peptidoglycan O-acetyltransferase A (OatA) C-terminal catalytic domain, Zn-bound

要素

Acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / O-acetyltransferase / peptidoglycan / SGNH hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

: / lipopolysaccharide biosynthetic process / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / membrane => GO:0016020 / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Jones, C.J. / Sychantha, D. / Howell, P.L. / Clarke, A.J.

資金援助

カナダ, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structural basis for theO-acetyltransferase function of the extracytoplasmic domain of OatA fromStaphylococcus aureus.
著者: Jones, C.S. / Sychantha, D. / Howell, P.L. / Clarke, A.J.

履歴

登録	2020年4月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年5月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2020年6月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wn9.cif.gz	144.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wn9.ent.gz	113.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wn9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6wn9_validation.pdf.gz	429 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wn9_full_validation.pdf.gz	429.7 KB	表示
XML形式データ	6wn9_validation.xml.gz	17.5 KB	表示
CIF形式データ	6wn9_validation.cif.gz	26.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/6wn9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/6wn9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6vjpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3bdc-d 3tp8-d 4wrd-d 6xsg-d 4zui-d 3s9w-d 5i9p-d 3ruz-d 3zfk-1 6i75-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Acetyltransferase

B: Acetyltransferase

ヘテロ分子

35.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
17.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.510, 78.860, 106.590
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Acetyltransferase 分子量: 17469.838 Da / 分子数: 2 / 変異: E551A, K552A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: E5491_14435 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A4P7P982, UniProt: Q2FV54*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 389 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.008 M zinc acetate, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.28167 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.28167 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→44.16 Å / Num. obs: 46179 / % possible obs: 93.85 % / 冗長度: 1.9 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.09615 / Net I/σ(I): 17.53
反射シェル	解像度: 1.55→1.605 Å / R_merge(I) obs: 0.3412 / Num. unique obs: 2983 / CC_1/2: 0.97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.55→44.157 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 19.27

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1923	2309	5 %
R_work	0.172	-	-
obs	0.173	46165	93.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 63.67 Å² / B_iso mean: 24.7862 Å² / B_iso min: 9.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.55→44.157 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2415	0	3	389	2807
B_iso mean	-	-	18.55	33.73	-
残基数	-	-	-	-	310

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.55-1.5837	0.219	88	0.2005	1649	57
1.5837-1.6205	0.2144	105	0.1981	2020	71
1.6205-1.661	0.2484	123	0.1918	2339	80
1.661-1.7059	0.2112	138	0.1923	2618	92
1.7059-1.7561	0.2385	150	0.1946	2854	99
1.7561-1.8128	0.2106	153	0.1817	2894	100
1.8128-1.8776	0.2175	153	0.1753	2910	100
1.8776-1.9528	0.1925	152	0.1707	2894	100
1.9528-2.0417	0.189	152	0.1736	2889	100
2.0417-2.1493	0.1949	153	0.1698	2904	100
2.1493-2.284	0.1943	154	0.1623	2918	100
2.284-2.4603	0.1904	155	0.1683	2946	100
2.4603-2.7078	0.2182	154	0.1793	2933	100
2.7078-3.0996	0.1892	155	0.1775	2943	100
3.0996-3.9048	0.1855	158	0.1694	3003	100
3.9048-44.157	0.1672	166	0.1615	3142	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9934	0.0012	0.2474	4.8352	0.4588	3.3604	-0.0604	0.0135	-0.0053	-0.0575	-0.0156	0.328	0.0309	-0.3604	0.088	0.0834	-0.042	0.0056	0.1908	0.0142	0.1546	16.86	50.24	38.262
2	1.6748	-0.393	0.613	1.8232	-0.1358	2.2733	-0.0114	0.1375	-0.0505	-0.1732	0.0216	0.1145	0.1151	-0.1058	0.0061	0.1123	-0.0419	-0.0125	0.1318	-0.0089	0.1406	22.441	46.551	29.631
3	0.5057	0.1787	0.3155	1.6357	0.9688	4.1079	0.0296	0.0618	-0.0642	0.083	0.043	-0.1465	0.17	0.3097	-0.0745	0.0696	0.0001	-0.0081	0.164	-0.0233	0.1475	34.105	49.209	38.336
4	1.8918	-0.1782	0.2009	1.3735	0.0357	3.3294	-0.0612	0.0205	0.1008	0.1107	0.1175	0.1121	-0.4116	-0.0531	-0.0424	0.0723	-0.034	0.0054	0.1085	-0.0081	0.1336	26.722	57.468	43.246
5	2.1908	0.5852	0.4726	4.4836	-0.1458	4.1239	0.0495	-0.2117	0.171	-0.0173	-0.1798	-0.786	0.1044	0.4705	0.0021	0.2348	0.0792	0.0574	0.2091	0.0442	0.2181	25.726	38.069	63.281
6	2.4986	0.3366	1.3481	3.0297	-0.5813	3.3317	-0.0257	0.1639	-0.21	-0.3983	0.1236	-0.5988	0.5267	0.4998	-0.0951	0.2651	0.1134	0.0878	0.2565	-0.0169	0.3164	26.156	34.254	59.671
7	4.5401	-4.7946	1.2727	9.2085	-1.5197	2.1923	-0.0132	0.5825	-0.6133	-0.3377	-0.0254	-0.5187	1.4289	0.6311	0.037	0.6659	0.0546	0.0922	0.3256	-0.077	0.3234	19.497	25.166	53.566
8	1.2886	0.4069	-0.3434	2.3246	-0.6567	2.2204	-0.0597	0.1579	-0.3235	-0.4616	-0.1654	-0.3873	0.9785	0.0836	-0.0312	0.4137	0.0468	0.0846	0.1378	-0.0002	0.2317	18.878	28.402	61.743
9	6.1625	-2.3017	2.4961	3.5151	-1.2013	6.1937	0.0284	0.1554	-0.8358	-0.5685	0.1376	0.1183	1.3494	-0.4241	-0.1208	0.5846	-0.1214	0.0203	0.2593	-0.0308	0.2651	10.805	24.964	58.234
10	4.2229	-0.7657	0.1922	3.5587	0.3721	2.193	-0.0927	0.1652	-0.0655	-0.5002	0.1148	0.2698	0.3967	-0.3637	-0.0285	0.1777	-0.0316	-0.012	0.1494	-0.0001	0.096	12.062	36.556	61.69
11	1.8534	-0.8595	1.299	8.2716	-4.2175	5.0578	-0.0015	0.2678	-0.1314	-0.3144	0.2044	0.7269	0.5503	-0.7039	-0.2669	0.203	-0.0844	-0.0022	0.3828	-0.0324	0.22	4.235	35.208	62.257
12	1.4107	2.067	-0.2883	6.0653	-0.6264	2.1071	0.0762	-0.1095	-0.0584	0.1785	-0.1701	0.0635	0.0704	-0.2501	0.0466	0.0852	0.0277	0.0089	0.1621	0.0078	0.1181	12.167	41.307	67.99
13	0.0921	0.148	0.3967	2.4203	-2.413	5.7925	-0.1362	0.0005	0.0387	-0.027	0.0061	-0.0927	-0.1417	0.234	0.0671	0.1616	0.0718	0.0428	0.1424	0.0159	0.1516	19.173	51.208	56.821
14	2.8142	0.4443	-2.0321	4.6819	-5.4197	7.9122	0.0584	-0.3484	-0.0695	0.1596	-0.2214	-0.1355	-0.0881	0.0689	0.2012	0.0754	0.0316	-0.0078	0.1781	0.0056	0.1281	19.641	38.811	72.487

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 445:489 )	A	445 - 489
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 490:530 )	A	490 - 530
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 531:571 )	A	531 - 571
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 572:599 )	A	572 - 599
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 447:465 )	B	447 - 465
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 466:478 )	B	466 - 478
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 479:489 )	B	479 - 489
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 490:511 )	B	490 - 511
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 512:522 )	B	512 - 522
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 523:538 )	B	523 - 538
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 539:552 )	B	539 - 552
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 553:571 )	B	553 - 571
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN B AND RESID 572:580 )	B	572 - 580
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN B AND RESID 581:601 )	B	581 - 601

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関連情報:EMDBヘッダ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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万見 (Yorodumi)