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- PDB-6wl3: preTCRbeta-pMHC complex crystal structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wl3
タイトルpreTCRbeta-pMHC complex crystal structure
要素
  • ARG-GLY-TYR-LEU-TYR-GLN-GLY-LEU
  • H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
  • N15 preTCR beta
キーワードIMMUNE SYSTEM / preTCR / H-2Kb / T cell development / beta selection
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA replication / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / helical viral capsid / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / inner ear development / viral transcription ...RNA replication / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / helical viral capsid / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / inner ear development / viral transcription / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / Neutrophil degranulation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / T cell mediated cytotoxicity / MHC class I protein complex / peptide antigen binding / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / negative regulation of neuron projection development / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / ribonucleoprotein complex / external side of plasma membrane / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Rhabdovirus nucleocapsid / Rhabdovirus nucleocapsid, N-terminal / Rhabdovirus nucleocapsid, C-terminal / Rhabdovirus nucleoprotein-like / Rhabdovirus nucleocapsid protein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : ...Rhabdovirus nucleocapsid / Rhabdovirus nucleocapsid, N-terminal / Rhabdovirus nucleocapsid, C-terminal / Rhabdovirus nucleoprotein-like / Rhabdovirus nucleocapsid protein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Vesicular stomatitis virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Li, X. / Mallis, R.J. / Mizsei, R. / Tan, K. / Reinherz, E.L. / Wang, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)R01AI136301 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Pre-T cell receptors topologically sample self-ligands during thymocyte beta-selection.
著者: Li, X. / Mizsei, R. / Tan, K. / Mallis, R.J. / Duke-Cohan, J.S. / Akitsu, A. / Tetteh, P.W. / Dubey, A. / Hwang, W. / Wagner, G. / Lang, M.J. / Arthanari, H. / Wang, J.H. / Reinherz, E.L.
履歴
登録2020年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
B: ARG-GLY-TYR-LEU-TYR-GLN-GLY-LEU
C: N15 preTCR beta
D: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
E: ARG-GLY-TYR-LEU-TYR-GLN-GLY-LEU
F: N15 preTCR beta
G: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
H: ARG-GLY-TYR-LEU-TYR-GLN-GLY-LEU
I: N15 preTCR beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,2219
ポリマ－149,2219
非ポリマー00
水00
1
A: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
B: ARG-GLY-TYR-LEU-TYR-GLN-GLY-LEU
C: N15 preTCR beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7403
ポリマ－49,7403
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
E: ARG-GLY-TYR-LEU-TYR-GLN-GLY-LEU
F: N15 preTCR beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7403
ポリマ－49,7403
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
H: ARG-GLY-TYR-LEU-TYR-GLN-GLY-LEU
I: N15 preTCR beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7403
ポリマ－49,7403
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)109.430, 109.430, 316.464
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain / H-2K(B)


分子量: 21419.732 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-K1, H2-K / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P01901
#2: タンパク質・ペプチド ARG-GLY-TYR-LEU-TYR-GLN-GLY-LEU


分子量: 970.105 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Vesicular stomatitis virus (ウイルス) / 参照: UniProt: P03521*PLUS
#3: タンパク質 N15 preTCR beta


分子量: 27350.561 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.25 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.100 M Bicine pH 9.0, 15% (w/v)PEG 20000 / PH範囲: 6.5-9.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2019年8月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.45→50 Å / Num. obs: 25989 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.216 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.228 / Χ2: 0.63 / Net I/σ(I): 3 / Num. measured all: 262230
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.45-3.529.61.14314190.6870.3831.2080.59199.6
3.52-3.599.41.17313370.7240.3931.240.61195.3
3.59-3.6710.51.01914390.8370.321.070.60599
3.67-3.7510.70.81614220.890.2530.8560.61599.5
3.75-3.8510.60.77314160.8940.2420.8110.60299.6
3.85-3.9510.50.62814260.920.1970.6590.61699.4
3.95-4.0710.60.51714430.9570.1620.5430.61199.7
4.07-4.210.40.39514330.9690.1250.4150.60399.8
4.2-4.3510.20.28214430.9840.090.2970.61499.5
4.35-4.52100.22914420.9880.0740.2410.63799.7
4.52-4.739.30.1813610.9880.0610.1910.63694.2
4.73-4.9710.40.17914570.9920.0560.1880.62999.5
4.97-5.2910.50.16914400.9940.0530.1770.6399.7
5.29-5.6910.40.17114830.9920.0540.180.63599.5
5.69-6.2710.20.16514640.9920.0530.1740.62299.3
6.27-7.179.30.13414330.9910.0450.1410.67195.7
7.17-9.0210.10.07615360.9980.0240.080.69199.4
9.02-508.90.045159510.0160.0480.73296.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-3000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PKU, 1NFD

1pku

1nfd


解像度: 3.45→48.94 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.56
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2559 1307 5.05 %
Rwork0.2196 --
obs0.2214 25874 98.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 228.28 Å2 / Biso mean: 96.8528 Å2 / Biso min: 36.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.45→48.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10292 0 0 0 10292
残基数----1267
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00210562
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56514288
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.7931423
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041434
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031881
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.45-3.590.37251520.31362596274897
3.59-3.750.32211640.27962690285499
3.75-3.950.30841220.257627192841100
3.95-4.190.26951730.233126932866100
4.19-4.520.24611430.199627362879100
4.52-4.970.23781430.18162670281397
4.97-5.690.21911320.19792780291299
5.69-7.170.23741410.22282752289398
7.17-48.940.22831370.2042931306897

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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