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- PDB-6wju: Fab Fragment of Anti-human LAG3 antibody (4A10) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wju
タイトルFab Fragment of Anti-human LAG3 antibody (4A10)
要素
  • 4A10 Fab Heavy Chain
  • 4A10 Fab Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Anti Human LAG3
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Agnihotri, P. / Mishra, A.K. / Mariuzza, R.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R01AI144422-01 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Fab Fragment of Anti-human LAG3 antibody
著者: Agnihotri, P. / Mishra, A.K. / Mariuzza, R.A.
履歴
登録2020年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: 4A10 Fab Light Chain
H: 4A10 Fab Heavy Chain
A: 4A10 Fab Light Chain
B: 4A10 Fab Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,5444
ポリマ－98,5444
非ポリマー00
水19811
1
L: 4A10 Fab Light Chain
H: 4A10 Fab Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2722
ポリマ－49,2722
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3500 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19520 Å2
手法PISA
2
A: 4A10 Fab Light Chain
B: 4A10 Fab Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2722
ポリマ－49,2722
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3460 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area20040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)258.050, 258.050, 258.050
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number214
Space group name H-MI4132
Space group name HallI4bd2c3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/4,-z+1/4,y+3/4
#3: x+1/4,z+3/4,-y+3/4
#4: z+1/4,y+3/4,-x+3/4
#5: -z+1/4,y+3/4,x+1/4
#6: -y+1/4,x+3/4,z+1/4
#7: y+1/4,-x+1/4,z+3/4
#8: z,x,y
#9: y,z,x
#10: -y,-z+1/2,x
#11: z,-x,-y+1/2
#12: -y+1/2,z,-x
#13: -z,-x+1/2,y
#14: -z+1/2,x,-y
#15: y,-z,-x+1/2
#16: x,-y,-z+1/2
#17: -x+1/2,y,-z
#18: -x,-y+1/2,z
#19: y+1/4,x+3/4,-z+3/4
#20: -y+1/4,-x+1/4,-z+1/4
#21: z+1/4,-y+1/4,x+3/4
#22: -z+1/4,-y+1/4,-x+1/4
#23: -x+1/4,z+3/4,y+1/4
#24: -x+1/4,-z+1/4,-y+1/4
#25: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#26: x+3/4,-z+3/4,y+5/4
#27: x+3/4,z+5/4,-y+5/4
#28: z+3/4,y+5/4,-x+5/4
#29: -z+3/4,y+5/4,x+3/4
#30: -y+3/4,x+5/4,z+3/4
#31: y+3/4,-x+3/4,z+5/4
#32: z+1/2,x+1/2,y+1/2
#33: y+1/2,z+1/2,x+1/2
#34: -y+1/2,-z+1,x+1/2
#35: z+1/2,-x+1/2,-y+1
#36: -y+1,z+1/2,-x+1/2
#37: -z+1/2,-x+1,y+1/2
#38: -z+1,x+1/2,-y+1/2
#39: y+1/2,-z+1/2,-x+1
#40: x+1/2,-y+1/2,-z+1
#41: -x+1,y+1/2,-z+1/2
#42: -x+1/2,-y+1,z+1/2
#43: y+3/4,x+5/4,-z+5/4
#44: -y+3/4,-x+3/4,-z+3/4
#45: z+3/4,-y+3/4,x+5/4
#46: -z+3/4,-y+3/4,-x+3/4
#47: -x+3/4,z+5/4,y+3/4
#48: -x+3/4,-z+3/4,-y+3/4
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ASPASPGLNGLN(chain 'A' and (resid 1 through 23 or (resid 24...AC1 - 61 - 6
121PROPROSERSER(chain 'A' and (resid 1 through 23 or (resid 24...AC9 - 329 - 32
131LEULEUGLUGLU(chain 'A' and (resid 1 through 23 or (resid 24...AC38 - 21838 - 218
211ASPASPGLNGLN(chain 'L' and (resid 1 through 7 or resid 9...LA1 - 61 - 6
221PROPROSERSER(chain 'L' and (resid 1 through 7 or resid 9...LA9 - 329 - 32
231LEULEUGLUGLU(chain 'L' and (resid 1 through 7 or resid 9...LA38 - 21838 - 218
112GLNGLNGLUGLU(chain 'B' and (resid 3 through 30 or resid 34...BD3 - 303 - 30
122METMETTHRTHR(chain 'B' and (resid 3 through 30 or resid 34...BD34 - 7134 - 71
132ASNASNLYSLYS(chain 'B' and (resid 3 through 30 or resid 34...BD77 - 13377 - 133
142SERSERPROPRO(chain 'B' and (resid 3 through 30 or resid 34...BD136 - 217136 - 217
212GLNGLNGLUGLU(chain 'H' and ((resid 3 and (name N or name...HB3 - 303 - 30
222METMETTHRTHR(chain 'H' and ((resid 3 and (name N or name...HB35 - 7234 - 71
232ASNASNSERSER(chain 'H' and ((resid 3 and (name N or name...HB78 - 13577 - 134
242GLYGLYPROPRO(chain 'H' and ((resid 3 and (name N or name...HB138 - 218137 - 217

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: 抗体 4A10 Fab Light Chain


分子量: 24095.967 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 expi / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 4A10 Fab Heavy Chain


分子量: 25176.029 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 expi / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.62 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG 4000, Lithium sulphate, Tris-HCl / PH範囲: 8-8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→44.26 Å / Num. obs: 26760 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 77.41 Å2 / CC1/2: 0.8 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Rpim(I) all: 0.09 / Rrim(I) all: 0.2 / Χ2: 7.5 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 3.1→3.31 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 4760 / CC1/2: 0.36 / Rpim(I) all: 0.33 / Rrim(I) all: 0.68 / Χ2: 1.03 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5e2t

5e2t


解像度: 3.1→44.26 Å / SU ML: 0.4463 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.8187
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2871 1305 4.88 %
Rwork0.2283 25452 -
obs0.2312 26757 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 76.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→44.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6397 0 0 11 6408
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00356543
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84168923
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05051026
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00521143
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.55262279
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.220.36791370.30132783X-RAY DIFFRACTION99.86
3.22-3.370.33471310.2742786X-RAY DIFFRACTION99.9
3.37-3.550.33561560.26022780X-RAY DIFFRACTION99.97
3.55-3.770.3191410.2512778X-RAY DIFFRACTION99.93
3.77-4.060.30341560.2422807X-RAY DIFFRACTION99.9
4.06-4.470.23611270.20242822X-RAY DIFFRACTION100
4.47-5.110.23591480.18542832X-RAY DIFFRACTION99.83
5.12-6.440.26131410.21992864X-RAY DIFFRACTION99.73
6.44-44.260.30281680.22693000X-RAY DIFFRACTION99.69

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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