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- PDB-6wjo: Crystal structure of wild-type Arginine Repressor from the pathog... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wjo
タイトルCrystal structure of wild-type Arginine Repressor from the pathogenic bacterium Corynebacterium pseudotuberculosis bound to tyrosine
要素Arginine repressor
キーワードDNA BINDING PROTEIN / enzyme specificity
機能・相同性
機能・相同性情報


arginine biosynthetic process / arginine binding / protein complex oligomerization / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Arginine repressor / Arginine repressor, C-terminal / Arginine repressor, DNA-binding domain / Arginine repressor, C-terminal domain superfamily / Arginine repressor, DNA binding domain / Arginine repressor, C-terminal domain / Gyrase A; domain 2 - #40 / Gyrase A; domain 2 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...Arginine repressor / Arginine repressor, C-terminal / Arginine repressor, DNA-binding domain / Arginine repressor, C-terminal domain superfamily / Arginine repressor, DNA binding domain / Arginine repressor, C-terminal domain / Gyrase A; domain 2 - #40 / Gyrase A; domain 2 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TYROSINE / Arginine repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium pseudotuberculosis (ヒツジ偽結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.693 Å
データ登録者Nascimento, A.F.Z. / Hernandez-Gonzalez, J.E. / de Morais, M.A.B. / Murakami, M.T. / Carareto, C.M.A. / Arni, R.K. / Mariutti, R.B.
資金援助 ブラジル, 9件
組織認可番号国
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)307338/2014-2 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)309940/2019-2 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)303455/2017-9 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2016/19995-0 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2018/10736-8 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2018/07977-3 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2015/13765-0 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2015/18868-2 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2016/24587-9 ブラジル
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2020
タイトル: A single P115Q mutation modulates specificity in the Corynebacterium pseudotuberculosis arginine repressor.
著者: Mariutti, R.B. / Hernandez-Gonzalez, J.E. / Nascimento, A.F.Z. / de Morais, M.A.B. / Murakami, M.T. / Carareto, C.M.A. / Arni, R.K.
履歴
登録2020年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arginine repressor
B: Arginine repressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1827
ポリマ－17,6782
非ポリマー5045
水1,54986
1
A: Arginine repressor
B: Arginine repressor
ヘテロ分子

A: Arginine repressor
B: Arginine repressor
ヘテロ分子

A: Arginine repressor
B: Arginine repressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,54721
ポリマ－53,0346
非ポリマー1,51315
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-z,x+1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation11_455y-1/2,-z+1/2,-x1
Buried area9950 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area18710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.990, 82.990, 82.990
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-204-

NA

21A-318-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Arginine repressor


分子量: 8839.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium pseudotuberculosis (strain C231) (ヒツジ偽結核菌)
株: C231 / 遺伝子: argR, CpC231_0953 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D9QA55
#2: 化合物 ChemComp-TYR / TYROSINE / チロシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 181.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.35 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 2.0 M Sodium Formate, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.4586 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月17日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.4586 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: l,-k,h / Fraction: 0.46
反射解像度: 1.69→48.22 Å / Num. obs: 21903 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 11.8 % / Biso Wilson estimate: 32.54 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rrim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 22.97
反射 シェル解像度: 1.69→1.8 Å / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 1.131 / Mean I/σ(I) obs: 1.74 / Num. unique obs: 3488 / CC1/2: 0.583 / Rrim(I) all: 1.089 / % possible all: 97.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JVO

5jvo


解像度: 1.693→20.748 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.54 / 位相誤差: 22.3
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2115 1083 5.07 %
Rwork0.1813 --
obs0.1859 21368 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 55.67 Å2 / Biso mean: 22.1861 Å2 / Biso min: 7.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.693→20.748 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1178 0 33 86 1297
Biso mean--18.46 30.38 -
残基数----155
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071224
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9011651
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051189
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006218
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.813739
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6961-1.77310.41211580.38042464262293
1.7731-1.86620.31811480.29242461260994
1.8662-1.98260.24021120.20422532264496
1.9826-2.13490.19691320.15672525265795
2.1349-2.34820.21081470.15972501264894
2.3482-2.68440.2131030.15972547265096
2.6844-3.36870.20491430.16272546268995
3.3687-11.73680.16121350.16682639277495
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.643-1.13360.43944.6368-0.08953.17680.01820.1084-0.4949-0.168-0.22-0.15480.5101-0.06830.24190.27690.00590.07640.1871-0.06480.2804-2.23518.723-8.76
23.63022.92770.49685.36950.09972.3226-0.15590.04440.0413-0.06050.10370.2527-0.031-0.13990.06480.09480.01410.01190.1213-0.01770.1714-3.55536.07-8.942
31.5350.0885-0.53460.9384-0.03480.8157-0.06170.0737-0.04860.00670.085-0.11260.21620.0563-0.00680.11710.02490.0030.0944-0.02150.0912-1.17229.448-1.482
44.2334-2.60584.14251.6791-2.48964.102-0.02450.0665-0.0644-0.14480.0883-0.22180.04290.2951-0.08660.1514-0.0372-0.00050.38550.08440.304611.27837.561-8.052
50.7658-0.4520.1464.41510.07940.77440.00270.11840.0831-0.39730.0744-0.00490.04390.1817-0.05070.15330.06610.01730.2243-0.01830.14032.63330.114-13.93
61.38990.1163-0.7991.218-0.16511.99860.07660.4296-0.1651-0.40810.03080.2050.03520.062-0.10010.53-0.0711-0.03180.3535-0.09340.2769-17.37413.814-3.147
71.81830.5554-0.4891.1914-0.29990.9453-0.01140.0522-0.2153-0.11720.0138-0.00210.1836-0.1418-0.01290.1311-0.0233-0.00680.1089-0.00690.1148-17.59718.9838.876
83.1761-1.15740.23443.59480.39712.23620.13450.0655-0.2479-0.2056-0.0317-0.09750.3114-0.1492-0.10520.2136-0.06250.00490.1471-0.00190.2603-25.29910.81410.813
92.51582.4955-1.85993.84341.25218.398-0.0568-0.0685-0.048-0.12630.1318-0.02070.00050.0587-0.07490.1703-0.0298-0.01260.1753-0.0310.0836-1.47828.5325.501
101.3068-0.14440.14560.8990.55180.3814-0.0149-0.00170.0177-0.01320.01220.025-0.0113-0.0275-0.03730.1903-0.03950.07280.18730.07660.1107-17.86228.1846.205
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 82:94 )A82 - 94
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 95:108 )A95 - 108
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 109:143 )A109 - 143
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 144:148 )A144 - 148
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 149:160 )A149 - 160
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 84:94 )B84 - 94
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 95:143 )B95 - 143
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 144:159 )B144 - 159
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 201:201 )A201
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 201:201 )B201

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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