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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wjm | ||||||
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タイトル | The crystal structure beta-lactamase from Desulfarculus baarsii DSM 2075 | ||||||
要素 | Beta-lactamase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / beta-lactamase / structural genomic / CSGID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Desulfarculus baarsii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1 Å | ||||||
データ登録者 | Chang, C. / Welk, L. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The crystal structure beta-lactamase from Desulfarculus baarsii DSM 2075 著者: Chang, C. / Welk, L. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6wjm.cif.gz | 137.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6wjm.ent.gz | 105.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6wjm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6wjm_validation.pdf.gz | 459.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6wjm_full_validation.pdf.gz | 460.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6wjm_validation.xml.gz | 16 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6wjm_validation.cif.gz | 24.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/6wjm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/6wjm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3w4qS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30814.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Desulfarculus baarsii (strain ATCC 33931 / DSM 2075 / VKM B-1802 / 2st14) (バクテリア) 株: ATCC 33931 / DSM 2075 / VKM B-1802 / 2st14 / 遺伝子: Deba_2488 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E1QJV5, beta-lactamase | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-ALA / | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.47 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 0.1M Sodium citrate, 20% 2-propanol, 20% PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月25日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1→50 Å / Num. obs: 109222 / % possible obs: 88 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.067 / Χ2: 0.924 / Net I/σ(I): 13.4 / Num. measured all: 589969 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3w4q 解像度: 1→27.13 Å / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 13.33 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 69.75 Å2 / Biso mean: 21.6493 Å2 / Biso min: 11.39 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1→27.13 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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