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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wjd | ||||||||||||
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タイトル | SA-like state of human 26S Proteasome with non-cleavable M1-linked hexaubiquitin and E3 ubiquitin ligase E6AP/UBE3A | ||||||||||||
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![]() | HYDROLASE/PROTEIN BINDING / 26S protease / ubiquitin / complex / subunit / HYDROLASE-PROTEIN BINDING complex | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() Impaired BRCA2 translocation to the nucleus / Impaired BRCA2 binding to SEM1 (DSS1) / thyrotropin-releasing hormone receptor binding / modulation by host of viral transcription / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; オメガペプチターゼ / integrator complex / proteasome accessory complex / purine ribonucleoside triphosphate binding / meiosis I / positive regulation of proteasomal protein catabolic process ...Impaired BRCA2 translocation to the nucleus / Impaired BRCA2 binding to SEM1 (DSS1) / thyrotropin-releasing hormone receptor binding / modulation by host of viral transcription / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; オメガペプチターゼ / integrator complex / proteasome accessory complex / purine ribonucleoside triphosphate binding / meiosis I / positive regulation of proteasomal protein catabolic process / proteasome regulatory particle / cytosolic proteasome complex / proteasome regulatory particle, lid subcomplex / proteasome-activating activity / metal-dependent deubiquitinase activity / protein K63-linked deubiquitination / proteasome regulatory particle, base subcomplex / regulation of endopeptidase activity / negative regulation of programmed cell death / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / proteasome core complex / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / Somitogenesis / K63-linked deubiquitinase activity / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / immune system process / myofibril / proteasome binding / regulation of protein catabolic process / proteasome storage granule / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / blastocyst development / transcription factor binding / general transcription initiation factor binding / NF-kappaB binding / endopeptidase activator activity / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / polyubiquitin modification-dependent protein binding / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / mRNA export from nucleus / regulation of proteasomal protein catabolic process / enzyme regulator activity / Maturation of protein E / inclusion body / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / : / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Negative regulation of FLT3 / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / Regulation of FZD by ubiquitination / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / p75NTR recruits signalling complexes / Downregulation of ERBB4 signaling / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / Pexophagy / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / VLDLR internalisation and degradation / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / NF-kB is activated and signals survival / NRIF signals cell death from the nucleus / Regulation of PTEN localization / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / sarcomere / Regulation of BACH1 activity / Translesion synthesis by REV1 / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Translesion synthesis by POLK / proteasome complex / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å | ||||||||||||
![]() | Chen, X. / Walters, K.J. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM Reveals Unanchored M1-Ubiquitin Chain Binding at hRpn11 of the 26S Proteasome. 著者: Xiang Chen / Zachary Dorris / Dan Shi / Rick K Huang / Htet Khant / Tara Fox / Natalia de Val / Dewight Williams / Ping Zhang / Kylie J Walters / ![]() 要旨: The 26S proteasome is specialized for regulated protein degradation and formed by a dynamic regulatory particle (RP) that caps a hollow cylindrical core particle (CP) where substrates are proteolyzed. ...The 26S proteasome is specialized for regulated protein degradation and formed by a dynamic regulatory particle (RP) that caps a hollow cylindrical core particle (CP) where substrates are proteolyzed. Its diverse substrates unify as proteasome targets by ubiquitination. We used cryogenic electron microscopy (cryo-EM) to study how human 26S proteasome interacts with M1-linked hexaubiquitin (M1-Ub) unanchored to a substrate and E3 ubiquitin ligase E6AP/UBE3A. Proteasome structures are available with model substrates extending through the RP ATPase ring and substrate-conjugated K63-linked ubiquitin chains present at inhibited deubiquitinating enzyme hRpn11 and the nearby ATPase hRpt4/hRpt5 coiled coil. In this study, we find M1-Ub at the hRpn11 site despite the absence of conjugated substrate, indicating that ubiquitin binding at this location does not require substrate interaction with the RP. Moreover, unanchored M1-Ub binds to this hRpn11 site of the proteasome with the CP gating residues in both the closed and opened conformational states. | ||||||||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 295.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 478.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 21691MC ![]() 6wjnC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 330.3 Data #1: Motion-corrected single frame micrographs of human 26S Proteasome with non-cleavable M1-linked hexaubiquitin and E3 ubiquitin ligase E6AP/UBE3A [micrographs - single frame]) |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-26S proteasome non-ATPase regulatory subunit ... , 11種, 11分子 UVWXYZabcdf
#1: タンパク質 | 分子量: 105958.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 61066.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 52979.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 47526.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 45592.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#6: タンパク質 | 分子量: 37086.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#7: タンパク質 | 分子量: 42995.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#8: タンパク質 | 分子量: 40781.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#9: タンパク質 | 分子量: 34488.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: O00487, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; オメガペプチターゼ |
#10: タンパク質 | 分子量: 39536.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#12: タンパク質 | 分子量: 100313.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-タンパク質 , 2種, 2分子 eu
#11: タンパク質 | 分子量: 8284.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#19: タンパク質 | 分子量: 8576.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-26S proteasome regulatory subunit ... , 6種, 6分子 ABCDEF
#13: タンパク質 | 分子量: 48700.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#14: タンパク質 | 分子量: 49260.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#15: タンパク質 | 分子量: 44852.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#16: タンパク質 | 分子量: 47426.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#17: タンパク質 | 分子量: 45867.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#18: タンパク質 | 分子量: 49266.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-Proteasome subunit alpha type- ... , 7種, 14分子 GgHhIiJjKkLlMm
#20: タンパク質 | 分子量: 27301.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #21: タンパク質 | 分子量: 25796.338 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #22: タンパク質 | 分子量: 29394.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #23: タンパク質 | 分子量: 27798.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #24: タンパク質 | 分子量: 26304.779 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #25: タンパク質 | 分子量: 30150.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #26: タンパク質 | 分子量: 28338.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-Proteasome subunit beta type- ... , 7種, 14分子 NnOoPpQqRrSsTt
#27: タンパク質 | 分子量: 25246.455 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #28: タンパク質 | 分子量: 29869.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #29: タンパク質 | 分子量: 22841.701 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #30: タンパク質 | 分子量: 22864.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #31: タンパク質 | 分子量: 28379.053 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #32: タンパク質 | 分子量: 26391.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #33: タンパク質 | 分子量: 29099.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-非ポリマー , 4種, 12分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/AGS.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/AGS.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
#34: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||
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#35: 化合物 | ChemComp-AGS / #36: 化合物 | ChemComp-MG / #37: 化合物 | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Human 26S Proteasome with non-cleavable M1-linked hexaubiquitin and E3 ubiquitin ligase E6AP/UBE3A タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#33 / 由来: NATURAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 50 mM Tris, pH 7.5, 50 mM NaCl, 1.5 mM ATP-gamma-S, 5 mM MgCl2, 2 mM DTT, 10 uM zinc sulfate | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 291.15 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 0.2 sec. / 電子線照射量: 36.64 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6216 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1050369 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 37698 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6MSD Accession code: 6MSD / Source name: PDB / タイプ: experimental model |