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万見
- PDB-6wig: Structure of STENOFOLIA Protein HD domain bound with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wig
タイトルStructure of STENOFOLIA Protein HD domain bound with DNA
要素
  • DNA (5'-D(P*CP*TP*TP*GP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*GP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*CP*AP*AP*G)-3')
  • STENOFOLIA
キーワードPLANT PROTEIN/DNA / STF / HD domain / WOX / transcriptional factor / PLANT PROTEIN / PLANT PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


plant organ development / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Protein WUSCHEL-like / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / STENOFOLIA
類似検索 - 構成要素
生物種Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Deng, J. / Peng, S. / Pathak, P.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Structure of the unique tetrameric STENOFOLIA homeodomain bound with target promoter DNA.
著者: Pathak, P.K. / Zhang, F. / Peng, S. / Niu, L. / Chaturvedi, J. / Elliott, J. / Xiang, Y. / Tadege, M. / Deng, J.
履歴
登録2020年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: STENOFOLIA
B: STENOFOLIA
C: DNA (5'-D(P*GP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*GP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*CP*AP*AP*G)-3')
D: DNA (5'-D(P*CP*TP*TP*GP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2344
ポリマ－38,2344
非ポリマー00
水79344
1
B: STENOFOLIA
C: DNA (5'-D(P*GP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*GP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*CP*AP*AP*G)-3')
D: DNA (5'-D(P*CP*TP*TP*GP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*C)-3')

A: STENOFOLIA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2344
ポリマ－38,2344
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_846-x+3,y-1/2,-z+11
Buried area5670 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area17150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.061, 49.489, 69.810
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.460, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 STENOFOLIA


分子量: 12367.872 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)
遺伝子: STF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0ZGT3
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*GP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*CP*AP*AP*G)-3')


分子量: 6773.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*TP*TP*GP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*C)-3')


分子量: 6724.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: .15 M sodium chloride 28 % v/v PEG Smear Medium

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97935 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 17541 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 4.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.662 / Num. unique obs: 1431 / CC1/2: 0.814 / % possible all: 77.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→50 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.06
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2498 1731 9.9 %
Rwork0.1943 --
obs0.1997 17488 94.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 125.87 Å2 / Biso mean: 59.9257 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1285 902 0 44 2231
Biso mean---46.51 -
残基数----194
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012322
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2143313
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066353
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007277
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d29.8791246
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.105-2.16680.41471040.3077106276
2.1668-2.23670.35071380.3031115885
2.2367-2.31670.33931390.2803126692
2.3167-2.40940.32131450.2668131295
2.4094-2.51910.31471490.2433134698
2.5191-2.65190.29291490.24641381100
2.6519-2.8180.26921580.2404135699
2.818-3.03550.2891570.2379135898
3.0355-3.34090.28681340.2211134697
3.3409-3.82420.25071540.1693138098
3.8242-4.81730.22291480.1539136799
4.8173-46.10.18571560.1587142599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.12510.31375.24570.13690.28984.9810.12390.1347-0.6414-0.18920.57960.32810.7440.5226-0.5260.540.0724-0.09430.7099-0.03060.530683.53538.70538.1273
28.4938-3.19192.04424.5155-3.27557.2306-0.202-0.3981.71590.850.1765-0.3364-0.81940.10920.13920.5087-0.11630.02770.3427-0.0770.594475.99355.545733.3328
37.74771.64991.33933.72981.41235.3312-0.1251.36180.5464-0.77480.2801-0.4553-0.70030.7029-0.00910.4546-0.14440.00240.4620.08660.478978.447752.204222.9925
45.84930.8294-6.07480.2678-1.12576.7848-1.0899-0.45160.4070.1528-0.7696-0.5183-0.1611-0.3426-0.05590.382-0.1426-0.23560.66390.0820.755884.803246.259230.8592
59.3849-3.1583-4.75266.21471.58793.84950.174-0.61230.01570.40140.03850.3499-0.4932-0.0067-0.15890.4126-0.0208-0.01530.3770.00690.304364.51747.855331.9255
69.2796-2.8565-2.74892.66032.67032.78270.68940.7117-0.0861-0.5169-0.04940.43550.1566-0.1787-1.02381.09470.1876-0.06750.8120.05950.760949.07161.608547.873
78.99171.38990.38594.8389-0.89547.8597-0.18670.6945-0.1612-1.63270.58990.97030.7725-0.2911-0.0650.6811-0.03430.0180.5075-0.11890.45566.930228.42852.995
86.424-0.5257-0.57316.5935-0.37412.53460.0563-0.574-0.55740.06940.4034-1.44370.87480.6561-0.19920.51710.00660.04470.5123-0.06660.81575.004325.630512.2211
91.8858-1.0081.34672.5368-2.59742.7198-0.64390.90540.3845-1.2725-0.2571-0.9602-0.08140.9462-0.22190.9876-0.0630.2150.8183-0.2440.695775.24531.11961.3769
104.24544.7065-3.59085.1824-4.13017.6827-0.2399-0.53240.5583-0.42340.28550.57860.3967-0.0009-0.18060.47460.034-0.05410.3532-0.02730.383160.191728.225414.4974
119.1286-3.19626.25063.9641-3.52444.9158-0.2162-0.0758-0.47520.64150.3379-0.2334-0.9335-0.1814-0.2930.6378-0.0028-0.13080.4441-0.01390.432849.844538.9691-6.2986
121.4922-0.67882.26853.2341-1.42739.4757-0.18310.14940.05060.17470.23930.0568-0.69370.1153-0.06480.2656-0.04360.00850.3209-0.02380.377264.7437.957527.0028
137.7209-2.51634.1623.29330.81344.2208-0.2823-0.29250.17170.3489-0.34640.0512-0.7431-0.10890.71940.2995-0.0246-0.01910.3545-0.01370.381169.256941.150838.3835
145.87741.22552.21465.96060.68642.57740.46110.0273-0.0215-0.61960.35480.6613-0.17980.0873-0.69580.51050.02-0.09070.43490.02550.415859.786438.749315.9533
156.03381.96021.47394.4160.99996.06170.0291-0.2012-0.73630.30620.2713-0.13250.4530.1476-0.17030.57310.0365-0.1060.4279-0.05230.435746.798637.2723-8.8384
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 89 through 100 )A89 - 100
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 101 through 112 )A101 - 112
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 113 through 132 )A113 - 132
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 133 through 137 )A133 - 137
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 138 through 161 )A138 - 161
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 162 through 172 )A162 - 172
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 92 through 112 )B92 - 112
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 113 through 131 )B113 - 131
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 132 through 137 )B132 - 137
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 138 through 159 )B138 - 159
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 1 through 10 )C1 - 10
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 11 through 22 )C11 - 22
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 1 through 5 )D1 - 5
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 6 through 15 )D6 - 15
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 16 through 22 )D16 - 22

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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