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- PDB-6wi4: Caspases from Scleractinian Coral -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wi4
タイトルCaspases from Scleractinian Coral
要素
  • (Caspase-3) x 2
  • ACE-DEVD inhibitor
キーワードCELL CYCLE / caspase / coral apoptosis / functional divergence / substrate selection / card-caspase
生物種Porites astreoides (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Clark, A.C. / Swartz, P.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM127654 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Caspases from scleractinian coral show unique regulatory features.
著者: Shrestha, S. / Tung, J. / Grinshpon, R.D. / Swartz, P. / Hamilton, P.T. / Dimos, B. / Mydlarz, L. / Clark, A.C.
履歴
登録2020年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Caspase-3
B: Caspase-3
C: Caspase-3
D: ACE-DEVD inhibitor
E: ACE-DEVD inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4645
ポリマ－55,4645
非ポリマー00
水9,530529
1
A: Caspase-3
D: ACE-DEVD inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3542
ポリマ－27,3542
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Caspase-3
C: Caspase-3
E: ACE-DEVD inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1103
ポリマ－28,1103
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.416, 86.848, 93.666
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Caspase-3


分子量: 26851.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Porites astreoides (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質・ペプチド Caspase-3


分子量: 755.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Porites astreoides (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質・ペプチド ACE-DEVD inhibitor


分子量: 502.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Porites astreoides (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 529 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.92 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: Protein crystalized in a solution of 0.1 M sodium malonate pH 5.0, 12% w/v polyethylene glycol (PEG) 3350, and conditions were optimized such that the best diffracting crystals of PaCasp7a ...詳細: Protein crystalized in a solution of 0.1 M sodium malonate pH 5.0, 12% w/v polyethylene glycol (PEG) 3350, and conditions were optimized such that the best diffracting crystals of PaCasp7a were obtained at 18 C in a solution of 0.1 M sodium malonate, pH 4.9-5.1, 15-17% PEG 3350 (w/v), 10 mM DTT, and 3 mM NaN3. Crystals for PaCasp7a appeared within 3 to 5 days and were briefly immersed in a cryogenic solution containing 20% PEG 4000, 80% reservoir solution
PH範囲: 4.9 - 5.1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
Ambient temp details: Temperature control: Constant temperature
Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月16日
放射モノクロメーター: Insertion Device / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→50 Å / Num. obs: 84182 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.218 / Rpim(I) all: 0.117 / Rrim(I) all: 0.249 / Χ2: 1.484 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 415894
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.57-1.651.46141760.2550.7331.6420.59299.5
1.6-1.6351.18841930.2510.6111.3410.58199.5
1.63-1.664.90.95542070.2760.5021.0840.61999.5
1.66-1.694.90.90141830.270.4781.0250.63999.3
1.69-1.734.80.76641840.2710.4180.8780.73799.3
1.73-1.774.70.66141910.4270.3630.7590.74399.5
1.77-1.814.50.5542180.3050.3080.6340.82799.5
1.81-1.864.40.45940720.5050.2630.5320.91397.3
1.86-1.924.90.52441940.4560.2810.5981.13399.3
1.92-1.985.10.43542010.6810.2290.4941.23499.6
1.98-2.055.20.3442250.7740.1780.3851.26899.6
2.05-2.135.10.34842280.7340.1880.3971.55399.4
2.13-2.235.10.26742020.6640.1450.3061.58399.4
2.23-2.354.60.27842350.680.1540.321.94198.8
2.35-2.494.90.20642040.7990.1120.2371.88798.6
2.49-2.684.70.20841040.8170.1140.2382.3496.3
2.68-2.955.40.18342770.9120.0980.2092.07499.6
2.95-3.385.40.14842850.880.0780.1692.44399
3.38-4.2650.12942290.9650.0690.1473.04297.2
4.26-505.20.11243740.9770.0590.1272.98895.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DENZOデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2J30

2j30


解像度: 1.57→39.4 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 18.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.209 1990 2.37 %
Rwork0.1772 81920 -
obs0.178 83910 98.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 58.52 Å2 / Biso mean: 17.6375 Å2 / Biso min: 6.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.57→39.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3843 0 1547 529 5919
Biso mean--15 27.6 -
残基数----293
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.57-1.610.24161490.20485739588898
1.61-1.650.25111380.19415835597399
1.65-1.70.21051350.18415846598199
1.7-1.760.1991410.17995827596899
1.76-1.820.19941370.17685793593098
1.82-1.890.18721460.17535759590598
1.89-1.980.241420.1845850599299
1.98-2.080.19621540.17425879603399
2.08-2.210.18351370.17145873601099
2.21-2.380.17931470.17235880602799
2.38-2.620.20551380.1845754589297
2.62-30.22931420.18715954609699
3-3.780.21771390.16795935607498
3.78-39.40.21251450.17215996614196

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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