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- PDB-6whe: Structure of phosphomimetic Rab8a GTPase (T72E) in the GTP-bound state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6whe
タイトルStructure of phosphomimetic Rab8a GTPase (T72E) in the GTP-bound state
要素Ras-related protein Rab-8A
キーワードSIGNALING PROTEIN / HYDROLASE / Rab GTPase / membrane trafficking / Leucine-rich repeat kinase 2 (LRRK2) / switch 2 phosphorylation / effector recruitment / Golgi membranes / ciliogenesis / Parkinson's disease / Rab-interacting lysosomal protein-like 2 (RILPL2)
機能・相同性
機能・相同性情報


neurotransmitter receptor transport to postsynaptic membrane / Golgi vesicle fusion to target membrane / regulation of protein transport / vesicle-mediated transport in synapse / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / VxPx cargo-targeting to cilium / myosin V binding / RAB geranylgeranylation / trans-Golgi network transport vesicle / protein localization to cilium ...neurotransmitter receptor transport to postsynaptic membrane / Golgi vesicle fusion to target membrane / regulation of protein transport / vesicle-mediated transport in synapse / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / VxPx cargo-targeting to cilium / myosin V binding / RAB geranylgeranylation / trans-Golgi network transport vesicle / protein localization to cilium / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / endocytic recycling / non-motile cilium / vesicle docking involved in exocytosis / TBC/RABGAPs / ciliary membrane / ciliary base / Golgi organization / exocytosis / cilium assembly / phagocytic vesicle / centriole / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / axonogenesis / protein tyrosine kinase binding / small monomeric GTPase / trans-Golgi network membrane / protein localization to plasma membrane / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / small GTPase binding / autophagy / centriolar satellite / cellular response to insulin stimulus / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / GDP binding / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / synaptic vesicle / actin cytoskeleton / midbody / lysosome / endosome / regulation of autophagy / endosome membrane / ciliary basal body / cilium / Golgi membrane / neuronal cell body / GTPase activity / centrosome / dendrite / GTP binding / nucleolus / glutamatergic synapse / Golgi apparatus / extracellular exosome / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Ras-related protein Rab-8A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Waschbusch, D. / Khan, A.R.
引用ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2021
タイトル: Dual arginine recognition of LRRK2 phosphorylated Rab GTPases.
著者: Waschbusch, D. / Purlyte, E. / Khan, A.R.
履歴
登録2020年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年5月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月18日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rab-8A
B: Ras-related protein Rab-8A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3417
ポリマ－42,1542
非ポリマー1,1875
水5,693316
1
A: Ras-related protein Rab-8A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6253
ポリマ－21,0771
非ポリマー5472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ras-related protein Rab-8A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7174
ポリマ－21,0771
非ポリマー6403
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.092, 118.377, 39.603
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.960, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Ras-related protein Rab-8A / Oncogene c-mel


分子量: 21077.191 Da / 分子数: 2 / 変異: Q67L/T72E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB8A, MEL, RAB8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61006, small monomeric GTPase
#2: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.35 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 20% PEG3350, 0.1M Hepes pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.979279 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979279 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→29.29 Å / Num. obs: 144140 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.154 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 1.72→1.76 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.441 / Num. unique obs: 1551 / CC1/2: 0.806 / Rpim(I) all: 0.25 / Rrim(I) all: 0.51 / % possible all: 85.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4lhw

4lhw


解像度: 1.73→29.29 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.04 / 位相誤差: 23.77
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2304 1632 4.99 %
Rwork0.1866 --
obs0.1888 32684 96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 67.05 Å2 / Biso mean: 19.8405 Å2 / Biso min: 7.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.73→29.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2810 0 72 316 3198
Biso mean--14.64 29.12 -
残基数----347
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062939
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8593959
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.581114
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056436
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004489
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.73-1.750.28961030.2378218281
1.75-1.780.26471490.2147278598
1.78-1.810.27691370.2114276298
1.81-1.840.25151780.2028267098
1.84-1.870.22571290.2109270397
1.87-1.910.31161560.2192279898
1.91-1.950.2631460.2113263497
1.95-1.990.23421560.1954277497
1.99-2.040.24761260.1864266297
2.04-2.090.20751450.192268095
2.09-2.140.2371320.1935265896
2.14-2.210.23841480.1944267796
2.21-2.280.26291330.2156270796
2.28-2.360.25441160.202264594
2.36-2.450.23861410.192256793
2.45-2.560.22061350.1949263094
2.56-2.70.27691290.1904256893
2.7-2.870.28541270.19258492
2.87-3.090.21921240.1853253490
3.09-3.40.17981200.1687247989
3.4-3.890.2161580.1649252091
3.89-4.90.18631270.1476245788
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -12.2038 Å / Origin y: -30.4102 Å / Origin z: 1.4229 Å
111213212223313233
T0.0765 Å2-0.0095 Å2-0.0133 Å2-0.1062 Å2-0.0032 Å2--0.0998 Å2
L0.1683 °20.0292 °2-0.1317 °2-0.6047 °2-0.2037 °2--0.6621 °2
S-0.0001 Å °-0.0049 Å °0.0094 Å °0.0286 Å °0.0075 Å °-0.0034 Å °0.0297 Å °-0.0265 Å °-0.0028 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA4 - 175
2X-RAY DIFFRACTION1allX900 - 901
3X-RAY DIFFRACTION1allB4 - 178
4X-RAY DIFFRACTION1allC900 - 901
5X-RAY DIFFRACTION1allG401
6X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 319

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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