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- PDB-6wf2: Crystal structure of mouse SCD1 with a diiron center -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wf2
タイトルCrystal structure of mouse SCD1 with a diiron center
要素Acyl-CoA desaturase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / SCD1 / membrane enzyme / diiron center / electron transfer / double bond formation / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


stearoyl-CoA 9-desaturase / palmitoyl-CoA 9-desaturase activity / Fatty acyl-CoA biosynthesis / stearoyl-CoA 9-desaturase activity / tarsal gland development / unsaturated fatty acid biosynthetic process / sebaceous gland development / monounsaturated fatty acid biosynthetic process / sterol homeostasis / response to fatty acid ...stearoyl-CoA 9-desaturase / palmitoyl-CoA 9-desaturase activity / Fatty acyl-CoA biosynthesis / stearoyl-CoA 9-desaturase activity / tarsal gland development / unsaturated fatty acid biosynthetic process / sebaceous gland development / monounsaturated fatty acid biosynthetic process / sterol homeostasis / response to fatty acid / lipid biosynthetic process / triglyceride metabolic process / lipid homeostasis / white fat cell differentiation / brown fat cell differentiation / cholesterol homeostasis / response to bacterium / fatty acid biosynthetic process / positive regulation of cold-induced thermogenesis / oxidoreductase activity / defense response to Gram-positive bacterium / iron ion binding / endoplasmic reticulum membrane / nucleolus / endoplasmic reticulum / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Fatty acid desaturase type 1, conserved site / Acyl-CoA desaturase / Fatty acid desaturases family 1 signature. / Fatty acid desaturase domain / Fatty acid desaturase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3VV / : / Acyl-CoA desaturase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.51 Å
データ登録者Shen, J. / Zhou, M.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK122784 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL086392 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)R1223 米国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structure and Mechanism of a Unique Diiron Center in Mammalian Stearoyl-CoA Desaturase.
著者: Shen, J. / Wu, G. / Tsai, A.L. / Zhou, M.
履歴
登録2020年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyl-CoA desaturase 1
B: Acyl-CoA desaturase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,4298
ポリマ－79,1412
非ポリマー2,2876
水00
1
A: Acyl-CoA desaturase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7144
ポリマ－39,5711
非ポリマー1,1443
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Acyl-CoA desaturase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7144
ポリマ－39,5711
非ポリマー1,1443
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.647, 113.981, 140.971
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Acyl-CoA desaturase 1 / Delta(9)-desaturase 1 / Delta-9 desaturase 1 / Fatty acid desaturase 1 / Stearoyl-CoA desaturase 1


分子量: 39570.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Scd1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P13516, stearoyl-CoA 9-desaturase
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-3VV / S-{(3R,5R,9R)-1-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)tetrahydrofuran-2-yl]-3,5,9-trihydroxy-8,8-dimethyl-3,5-dioxido-10,14-dioxo-2,4,6-trioxa-11,15-diaza-3lambda~5~,5lambda~5~-diphosphaheptadecan-17-yl} (9Z)-octadec-9-enethioate (non-preferred name) / oleoyl-CoA / オレオイルCoA


分子量: 1031.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H68N7O17P3S
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 100 mM Tris, pH7.8-8.2, PEG400 37-42%, 20 mM Mg(Ace)2, and 50 mM MgCl2
PH範囲: 7.8 - 8.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.51→88.63 Å / Num. obs: 16020 / % possible obs: 99.73 % / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 75.72 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 3.51→3.636 Å / Num. unique obs: 1582 / CC1/2: 0.619

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.17.1_3660: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YMK

4ymk


解像度: 3.51→88.63 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.79
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2766 1598 10 %
Rwork0.2187 --
obs0.2244 15985 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.51→88.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5222 0 138 0 5360
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045530
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.687503
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.696868
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04766
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004924
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.51-3.620.36971440.28221288X-RAY DIFFRACTION100
3.62-3.750.28931390.25411268X-RAY DIFFRACTION100
3.75-3.90.28151450.26061293X-RAY DIFFRACTION100
3.9-4.080.31151430.22631297X-RAY DIFFRACTION100
4.08-4.30.28481440.22171297X-RAY DIFFRACTION100
4.3-4.570.35791430.26411286X-RAY DIFFRACTION99
4.57-4.920.26261420.21051291X-RAY DIFFRACTION100
4.92-5.410.251450.19581306X-RAY DIFFRACTION100
5.41-6.20.27551470.20461317X-RAY DIFFRACTION100
6.2-7.80.2371480.19041336X-RAY DIFFRACTION100
7.81-88.630.22131580.18391408X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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