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- PDB-6wer: DENV2 NS1 in complex with neutralizing 2B7 Fab fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wer
タイトルDENV2 NS1 in complex with neutralizing 2B7 Fab fragment
要素
  • 2B7 Fab heavy chain
  • 2B7 Fab light chain
  • Non-structural protein 1
キーワードVIRAL PROTEIN / Flavivirus NS1 / Antibody / Fab fragment
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / virion membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A ...: / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Dengue virus 2 (デング熱ウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.96 Å
データ登録者Akey, D.L. / Smith, J.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Structural basis for antibody inhibition of flavivirus NS1-triggered endothelial dysfunction.
著者: Biering, S.B. / Akey, D.L. / Wong, M.P. / Brown, W.C. / Lo, N.T.N. / Puerta-Guardo, H. / Tramontini Gomes de Sousa, F. / Wang, C. / Konwerski, J.R. / Espinosa, D.A. / Bockhaus, N.J. / ...著者: Biering, S.B. / Akey, D.L. / Wong, M.P. / Brown, W.C. / Lo, N.T.N. / Puerta-Guardo, H. / Tramontini Gomes de Sousa, F. / Wang, C. / Konwerski, J.R. / Espinosa, D.A. / Bockhaus, N.J. / Glasner, D.R. / Li, J. / Blanc, S.F. / Juan, E.Y. / Elledge, S.J. / Mina, M.J. / Beatty, P.R. / Smith, J.L. / Harris, E.
履歴
登録2020年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-structural protein 1
B: Non-structural protein 1
C: 2B7 Fab heavy chain
D: 2B7 Fab light chain
E: 2B7 Fab heavy chain
F: 2B7 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,5028
ポリマ－195,0596
非ポリマー4422
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14550 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area65750 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)148.465, 148.465, 517.050
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Space group name HallI4bw2bw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x,z+3/4
#3: y+1/2,-x,z+3/4
#4: x+1/2,-y,-z+3/4
#5: -x+1/2,y,-z+3/4
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1,x+1/2,z+5/4
#11: y+1,-x+1/2,z+5/4
#12: x+1,-y+1/2,-z+5/4
#13: -x+1,y+1/2,-z+5/4
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ASPASPASNASN(chain 'A' and (resid 1 through 82 or resid 84...AA1 - 8225 - 106
121VALVALPROPRO(chain 'A' and (resid 1 through 82 or resid 84...AA84 - 106108 - 130
131ASNASNTYRTYR(chain 'A' and (resid 1 through 82 or resid 84...AA130 - 158154 - 182
141THRTHRLYSLYS(chain 'A' and (resid 1 through 82 or resid 84...AA164 - 172188 - 196
151LYSLYSLYSLYS(chain 'A' and (resid 1 through 82 or resid 84...AA174198
161ASPASPASNASN(chain 'A' and (resid 1 through 82 or resid 84...AA176 - 255200 - 279
171ARGARGTHRTHR(chain 'A' and (resid 1 through 82 or resid 84...AA257 - 288281 - 312
181ASPASPLEULEU(chain 'A' and (resid 1 through 82 or resid 84...AA290 - 349314 - 373
291ASPASPASNASN(chain 'B' and (resid 1 through 82 or resid 84...BB1 - 8225 - 106
2101VALVALPROPRO(chain 'B' and (resid 1 through 82 or resid 84...BB84 - 106108 - 130
2111ASNASNTYRTYR(chain 'B' and (resid 1 through 82 or resid 84...BB130 - 158154 - 182
2121THRTHRLYSLYS(chain 'B' and (resid 1 through 82 or resid 84...BB164 - 172188 - 196
2131LYSLYSLYSLYS(chain 'B' and (resid 1 through 82 or resid 84...BB174198
2141ASPASPASNASN(chain 'B' and (resid 1 through 82 or resid 84...BB176 - 255200 - 279
2151ARGARGTHRTHR(chain 'B' and (resid 1 through 82 or resid 84...BB257 - 288281 - 312
2161ASPASPLEULEU(chain 'B' and (resid 1 through 82 or resid 84...BB290 - 349314 - 373
1172GLUGLUPROPROchain 'C'CC1 - 13220 - 152
1182GLYGLYSERSERchain 'C'CC135 - 162155 - 182
1192SERSERSERSERchain 'C'CC167 - 219187 - 239
2202GLUGLUPROPROchain 'E'EE1 - 13220 - 152
2212GLYGLYSERSERchain 'E'EE135 - 162155 - 182
2222SERSERSERSERchain 'E'EE167 - 219187 - 239
1233ASNASNARGARGchain 'D'DD1 - 21521 - 235
2243ASNASNARGARGchain 'F'FF1 - 21521 - 235

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Non-structural protein 1


分子量: 42674.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dengue virus 2 (デング熱ウイルス)
発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: D0EPS0, UniProt: P29990*PLUS
#2: 抗体 2B7 Fab heavy chain


分子量: 28651.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 2B7 Fab light chain


分子量: 26204.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 23% PEG 3350, 0.25 M MgCl2, 0.1 M sodium acetate pH 5.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.96→29.8 Å / Num. obs: 25742 / % possible obs: 98.81 % / 冗長度: 26.6 % / Biso Wilson estimate: 194.67 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.2152 / Rpim(I) all: 0.04245 / Rrim(I) all: 0.2194 / Net I/σ(I): 13.77
反射 シェル解像度: 3.96→4.01 Å / 冗長度: 24.5 % / Rmerge(I) obs: 4.703 / Mean I/σ(I) obs: 0.92 / Num. unique obs: 2415 / CC1/2: 0.703 / CC star: 0.909 / Rpim(I) all: 0.9601 / Rrim(I) all: 4.803 / % possible all: 95.34

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
JBluIce-EPICSデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4o6b

4o6b


解像度: 3.96→29.8 Å / SU ML: 0.7552 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 39.2483
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3113 1276 5 %
Rwork0.2756 24266 -
obs0.2773 25542 99.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 252.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.96→29.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11710 0 0 0 11710
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002911987
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.658116286
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04381816
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00452074
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.91834351
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.96-4.110.47271320.43592547X-RAY DIFFRACTION95.13
4.12-4.30.39351400.38282639X-RAY DIFFRACTION99.11
4.3-4.530.33631410.33952648X-RAY DIFFRACTION99.36
4.53-4.810.33451400.32632676X-RAY DIFFRACTION99.29
4.81-5.180.33771400.31992660X-RAY DIFFRACTION99.29
5.18-5.70.33951430.31262712X-RAY DIFFRACTION99.76
5.7-6.510.2961420.31032719X-RAY DIFFRACTION99.76
6.52-8.180.30641460.26992761X-RAY DIFFRACTION100
8.18-29.80.27891520.21582904X-RAY DIFFRACTION99.87
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.888764303441.8791205911-0.89822618810.64153098108-0.1255110694176.20226431274-0.3710918155320.05604943212890.8463328280190.948596557462-0.955083909672-0.466471625314-4.14120340433.72406739044-0.06895173427372.339335580050.06159036376920.02486541823054.412159436810.2147526062412.905552467124.8912260105837.1128447389-52.2349174789
23.196162839270.489320903467-5.048014485822.58592502267-1.470143328891.832241476030.243008129775-0.287655528338-0.04033170288210.2799482448650.09713098144660.02259068299080.415144584071-1.440994243290.0002541989441342.74745691557-0.143618841670.05915888884962.798286312430.08171717970452.1471900044812.58759166237.47843017816-36.7753747964
3-0.7246695317210.7364230731130.5672242169241.845265074480.303628696166-0.301608858470.74927676359-2.58949354905-2.50617686249-0.9823243006851.19875073851-2.50130145755-2.887337265581.345861658650.007536956171952.311099883080.2109041393040.05154931464492.397891354270.1840192812352.2538472767318.65437678236.3944548396-29.7391167751
42.789908619713.47110759793-1.951238311283.15214663438-2.418266749481.25691484172.066562887153.677258134361.069289897320.507749794877-1.317265168890.1974960537783.894947381840.09718268836840.01126201969143.46631350515-0.1141837279230.1147875301713.43476018749-0.1876962984572.1553863694313.398186017512.8265427764-45.0370264258
51.568473176731.622757760450.2655154342264.39648675281.140918978686.98376395469-0.2885785417450.3055867168760.5353774267580.0149771659450.424780628896-0.0490886055264-0.3555354911250.0443882630070.0007045027391342.32779026093-0.01481397070520.2177420500742.9968991381-0.004770343223062.3519373985625.071207565136.3388247532-37.73942209
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 31 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 32 through 105 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 106 through 144 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 145 through 171 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 172 through 349 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1 through 32 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 33 through 81 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 82 through 144 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 145 through 349 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 1 through 125 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 126 through 219 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 1 through 117 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 118 through 215 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 1 through 125 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 126 through 219 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'F' and (resid 1 through 117 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'F' and (resid 118 through 215 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る