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- PDB-6we4: Human PARP14 (ARTD8), catalytic fragment in complex with compound 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6we4
タイトルHuman PARP14 (ARTD8), catalytic fragment in complex with compound 2
要素Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP14
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE Inhibitor / PARP14 / ARTD8 / monoPARP / ADP ribosylation / inhibitor complex / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / negative regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / Nicotinamide salvaging / Maturation of nucleoprotein / Maturation of nucleoprotein / protein poly-ADP-ribosylation / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity ...positive regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / negative regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / Nicotinamide salvaging / Maturation of nucleoprotein / Maturation of nucleoprotein / protein poly-ADP-ribosylation / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / NAD+ binding / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / nucleotidyltransferase activity / transcription corepressor activity / negative regulation of gene expression / innate immune response / enzyme binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
PARP-14, RNA recognition motif 2 / WWE domain / WWE domain superfamily / WWE domain / WWE domain profile. / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / Macro domain / Appr-1"-p processing enzyme ...PARP-14, RNA recognition motif 2 / WWE domain / WWE domain superfamily / WWE domain / WWE domain profile. / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / Macro domain / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain-like / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FDR / Chem-TYG / Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Swinger, K.S. / Schenkel, L.B. / Kuntz, K.W.
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2021
タイトル: A potent and selective PARP14 inhibitor decreases protumor macrophage gene expression and elicits inflammatory responses in tumor explants.
著者: Schenkel, L.B. / Molina, J.R. / Swinger, K.K. / Abo, R. / Blackwell, D.J. / Lu, A.Z. / Cheung, A.E. / Church, W.D. / Kunii, K. / Kuplast-Barr, K.G. / Majer, C.R. / Minissale, E. / Mo, J.R. / ...著者: Schenkel, L.B. / Molina, J.R. / Swinger, K.K. / Abo, R. / Blackwell, D.J. / Lu, A.Z. / Cheung, A.E. / Church, W.D. / Kunii, K. / Kuplast-Barr, K.G. / Majer, C.R. / Minissale, E. / Mo, J.R. / Niepel, M. / Reik, C. / Ren, Y. / Vasbinder, M.M. / Wigle, T.J. / Richon, V.M. / Keilhack, H. / Kuntz, K.W.
履歴
登録2020年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP14
B: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,64016
ポリマ－44,3452
非ポリマー1,29414
水3,567198
1
A: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7518
ポリマ－22,1731
非ポリマー5797
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8888
ポリマ－22,1731
非ポリマー7167
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.107, 67.109, 144.832
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP14 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 8 / ARTD8 / B aggressive lymphoma protein 2 / Poly ...ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 8 / ARTD8 / B aggressive lymphoma protein 2 / Poly [ADP-ribose] polymerase 14 / PARP-14


分子量: 22172.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARP14, BAL2, KIAA1268 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q460N5, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの

-
非ポリマー , 5種, 212分子

#2: 化合物 ChemComp-FDR / 2-methyl-3,5,6,7-tetrahydro-4H-cyclopenta[4,5]thieno[2,3-d]pyrimidin-4-one / 2-メチル-5,6-プロパノ-3,4-ジヒドロチエノ[2,3-d]ピリミジン-4-オン


分子量: 206.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H10N2OS
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-TYG / 8-methyl-2-{[(pyridin-4-yl)sulfanyl]methyl}quinazolin-4(3H)-one


分子量: 283.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H13N3OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.03 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Lithium nitrate, 14% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.0782 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0782 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→72.42 Å / Num. obs: 52466 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 1.026 / Num. unique obs: 3801 / CC1/2: 0.971 / Rpim(I) all: 0.287 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.31データスケーリング
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3smj

3smj


解像度: 1.6→72.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 4.755 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.117
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 2554 4.9 %RANDOM
Rwork0.2278 ---
obs0.2301 49116 98.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 98.39 Å2 / Biso mean: 36.118 Å2 / Biso min: 19.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.56 Å20 Å20 Å2
2---0.52 Å20 Å2
3----4.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→72.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2986 0 106 200 3292
Biso mean--46.8 43.57 -
残基数----369
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0193199
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022748
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4161.9494335
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93836393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.615372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.04424.192167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.4415475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1421516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2440
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213606
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02681
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.476 191 -
Rwork0.459 3538 -
obs--98.05 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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