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万見
- PDB-6wdo: Cryo-EM structure of mitochondrial calcium uniporter holocomplex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wdo
タイトルCryo-EM structure of mitochondrial calcium uniporter holocomplex in high Ca2+
要素
  • (Calcium uniporter protein, ...) x 2
  • (Calcium uptake protein ...) x 2
  • Essential MCU regulator, mitochondrial
キーワードMEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial crista junction / negative regulation of mitochondrial calcium ion concentration / regulation of cellular hyperosmotic salinity response / positive regulation of cristae formation / mitochondrial calcium ion transmembrane transport / uniporter activity / Processing of SMDT1 / uniplex complex / positive regulation of mitochondrial calcium ion concentration / Mitochondrial calcium ion transport ...mitochondrial crista junction / negative regulation of mitochondrial calcium ion concentration / regulation of cellular hyperosmotic salinity response / positive regulation of cristae formation / mitochondrial calcium ion transmembrane transport / uniporter activity / Processing of SMDT1 / uniplex complex / positive regulation of mitochondrial calcium ion concentration / Mitochondrial calcium ion transport / mitochondrial calcium ion homeostasis / calcium import into the mitochondrion / calcium ion sensor activity / channel activator activity / cellular response to calcium ion starvation / calcium ion import / positive regulation of neutrophil chemotaxis / positive regulation of mitochondrial fission / protein complex oligomerization / calcium channel inhibitor activity / calcium channel complex / Mitochondrial protein degradation / cellular response to calcium ion / calcium channel regulator activity / calcium-mediated signaling / defense response / mitochondrial membrane / protein homooligomerization / positive regulation of insulin secretion / calcium channel activity / mitochondrial intermembrane space / glucose homeostasis / protein-macromolecule adaptor activity / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / protein heterodimerization activity / calcium ion binding / mitochondrion / nucleoplasm / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Essential MCU regulator, mitochondrial / Putative mitochondrial precursor protein / Calcium uptake protein 1/2/3 / Calcium uniporter protein, C-terminal / MCU family / Mitochondrial calcium uniporter / EF hand / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site ...Essential MCU regulator, mitochondrial / Putative mitochondrial precursor protein / Calcium uptake protein 1/2/3 / Calcium uniporter protein, C-terminal / MCU family / Mitochondrial calcium uniporter / EF hand / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium uptake protein 2, mitochondrial / Calcium uniporter protein, mitochondrial / Calcium uptake protein 1, mitochondrial / Essential MCU regulator, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Feng, L. / Zhang, J. / Fan, M.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: Structure and mechanism of the mitochondrial Ca uniporter holocomplex.
著者: Minrui Fan / Jinru Zhang / Chen-Wei Tsai / Benjamin J Orlando / Madison Rodriguez / Yan Xu / Maofu Liao / Ming-Feng Tsai / Liang Feng /
要旨: Mitochondria take up Ca through the mitochondrial calcium uniporter complex to regulate energy production, cytosolic Ca signalling and cell death. In mammals, the uniporter complex (uniplex) contains ...Mitochondria take up Ca through the mitochondrial calcium uniporter complex to regulate energy production, cytosolic Ca signalling and cell death. In mammals, the uniporter complex (uniplex) contains four core components: the pore-forming MCU protein, the gatekeepers MICU1 and MICU2, and an auxiliary subunit, EMRE, essential for Ca transport. To prevent detrimental Ca overload, the activity of MCU must be tightly regulated by MICUs, which sense changes in cytosolic Ca concentrations to switch MCU on and off. Here we report cryo-electron microscopic structures of the human mitochondrial calcium uniporter holocomplex in inhibited and Ca-activated states. These structures define the architecture of this multicomponent Ca-uptake machinery and reveal the gating mechanism by which MICUs control uniporter activity. Our work provides a framework for understanding regulated Ca uptake in mitochondria, and could suggest ways of modulating uniporter activity to treat diseases related to mitochondrial Ca overload.
履歴
登録2020年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21643
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Calcium uniporter protein, mitochondrial
H: Essential MCU regulator, mitochondrial
C: Calcium uniporter protein, mitochondrial
D: Essential MCU regulator, mitochondrial
A: Calcium uniporter protein, mitochondrial
B: Essential MCU regulator, mitochondrial
E: Calcium uniporter protein, mitochondrial
F: Essential MCU regulator, mitochondrial
I: Calcium uniporter protein, mitochondrial
J: Essential MCU regulator, mitochondrial
K: Calcium uniporter protein, mitochondrial
L: Essential MCU regulator, mitochondrial
O: Calcium uniporter protein, mitochondrial
P: Essential MCU regulator, mitochondrial
M: Calcium uniporter protein, mitochondrial
N: Essential MCU regulator, mitochondrial
Q: Calcium uptake protein 1, mitochondrial
R: Calcium uptake protein 2, mitochondrial
S: Calcium uptake protein 1, mitochondrial
T: Calcium uptake protein 2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)453,37622
ポリマ－453,29520
非ポリマー802
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area77190 Å2
ΔGint-565 kcal/mol
Surface area180040 Å2

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要素

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Calcium uniporter protein, ... , 2種, 8分子 GAEIOMCK

#1: タンパク質
Calcium uniporter protein, mitochondrial / HsMCU / Coiled-coil domain-containing protein 109A


分子量: 32014.904 Da / 分子数: 6 / 断片: residues 25-297 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCU, C10orf42, CCDC109A / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NE86
#3: タンパク質 Calcium uniporter protein, mitochondrial / HsMCU / Coiled-coil domain-containing protein 109A


分子量: 31406.152 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 74-341 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCU, C10orf42, CCDC109A / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NE86

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Calcium uptake protein ... , 2種, 4分子 QSRT

#4: タンパク質 Calcium uptake protein 1, mitochondrial / Atopy-related autoantigen CALC / ara CALC / Calcium-binding atopy-related autoantigen 1


分子量: 39058.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MICU1, CALC, CBARA1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BPX6
#5: タンパク質 Calcium uptake protein 2, mitochondrial / EF-hand domain-containing family member A1


分子量: 36682.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MICU2, EFHA1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8IYU8

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 10分子 HDBFJLPN

#2: タンパク質
Essential MCU regulator, mitochondrial / Single-pass membrane protein with aspartate-rich tail 1 / mitochondrial


分子量: 5864.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMDT1, C22orf32, EMRE / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H4I9
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Calcium uniporter protein, mitochondrial, Essential MCU regulator, mitochondrial, Calcium uptake protein 1, mitochondrial, Calcium uptake protein 2, mitochondrial complex
タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 7.9 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: SerialEM / カテゴリ: 画像取得
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 128221 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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