[日本語] English
万見
- PDB-6wct: Crystal structure of a guanylate kinase from Stenotrophomonas mal... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wct
タイトルCrystal structure of a guanylate kinase from Stenotrophomonas maltophilia K279a bound to guanosine-5'-monophosphate
要素Guanylate kinase
キーワードTRANSFERASE / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / NIAID / structural genomics / gram-negative bacterium / multi-drug resistant / kinase / ATP / GMP / ADP / GDP / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


guanylate kinase / guanylate kinase activity / phosphorylation / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Guanylate kinase / Guanylate Kinase phosphate binding domain / Guanylate Kinase phosphate binding domain / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. ...Guanylate kinase / Guanylate Kinase phosphate binding domain / Guanylate Kinase phosphate binding domain / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Guanylate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a guanylate kinase from Stenotrophomonas maltophilia K279a bound to guanosine-5'-monophosphate
著者: Edwards, T.E. / Abendroth, J. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D.
履歴
登録2020年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Guanylate kinase
B: Guanylate kinase
C: Guanylate kinase
D: Guanylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,46010
ポリマ－100,8504
非ポリマー1,6106
水5,152286
1
A: Guanylate kinase
C: Guanylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2465
ポリマ－50,4252
非ポリマー8213
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4730 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area18160 Å2
手法PISA
2
B: Guanylate kinase
D: Guanylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2135
ポリマ－50,4252
非ポリマー7893
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4710 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area18550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.660, 101.420, 70.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.030, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 12 through 39 or (resid 40...
21(chain B and (resid 12 through 120 or (resid 121...
31(chain C and (resid 12 through 39 or (resid 40...
41(chain D and (resid 12 through 39 or (resid 40...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAPROPRO(chain A and (resid 12 through 39 or (resid 40...AA12 - 3920 - 47
12GLNGLNGLNGLN(chain A and (resid 12 through 39 or (resid 40...AA4048
13ALAALA5GP5GP(chain A and (resid 12 through 39 or (resid 40...AA - E12 - 30120
14ALAALA5GP5GP(chain A and (resid 12 through 39 or (resid 40...AA - E12 - 30120
15ALAALA5GP5GP(chain A and (resid 12 through 39 or (resid 40...AA - E12 - 30120
16ALAALA5GP5GP(chain A and (resid 12 through 39 or (resid 40...AA - E12 - 30120
21ALAALAARGARG(chain B and (resid 12 through 120 or (resid 121...BB12 - 12020 - 128
22GLNGLNGLNGLN(chain B and (resid 12 through 120 or (resid 121...BB121129
23VALVAL5GP5GP(chain B and (resid 12 through 120 or (resid 121...BB - G11 - 30119
24VALVAL5GP5GP(chain B and (resid 12 through 120 or (resid 121...BB - G11 - 30119
25VALVAL5GP5GP(chain B and (resid 12 through 120 or (resid 121...BB - G11 - 30119
26VALVAL5GP5GP(chain B and (resid 12 through 120 or (resid 121...BB - G11 - 30119
31ALAALAPROPRO(chain C and (resid 12 through 39 or (resid 40...CC12 - 3920 - 47
32GLNGLNGLNGLN(chain C and (resid 12 through 39 or (resid 40...CC4048
33ALAALA5GP5GP(chain C and (resid 12 through 39 or (resid 40...CC - H12 - 30120
34ALAALA5GP5GP(chain C and (resid 12 through 39 or (resid 40...CC - H12 - 30120
35ALAALA5GP5GP(chain C and (resid 12 through 39 or (resid 40...CC - H12 - 30120
36ALAALA5GP5GP(chain C and (resid 12 through 39 or (resid 40...CC - H12 - 30120
41ALAALAPROPRO(chain D and (resid 12 through 39 or (resid 40...DD12 - 3920 - 47
42GLNGLNGLNGLN(chain D and (resid 12 through 39 or (resid 40...DD4048
43ALAALA5GP5GP(chain D and (resid 12 through 39 or (resid 40...DD - I10 - 30118
44ALAALA5GP5GP(chain D and (resid 12 through 39 or (resid 40...DD - I10 - 30118
45ALAALA5GP5GP(chain D and (resid 12 through 39 or (resid 40...DD - I10 - 30118
46ALAALA5GP5GP(chain D and (resid 12 through 39 or (resid 40...DD - I10 - 30118

-
要素

#1: タンパク質
Guanylate kinase / GMP kinase


分子量: 25212.443 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia (strain K279a) (バクテリア)
株: K279a / 遺伝子: gmk, Smlt3842 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2FT06, guanylate kinase
#2: 化合物
ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP


分子量: 363.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.3 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 33 mg/mL StmaA.01463.a.B1.PW38755 in 7 mM magnesium chloride, 7 mM ATP, 7 mM GMP (5GP) against MCSG1 screen condition B1 (0.6 M sodium chloride, 0.1 M MES, pH 6.5, 20% PEG4000), supplemented ...詳細: 33 mg/mL StmaA.01463.a.B1.PW38755 in 7 mM magnesium chloride, 7 mM ATP, 7 mM GMP (5GP) against MCSG1 screen condition B1 (0.6 M sodium chloride, 0.1 M MES, pH 6.5, 20% PEG4000), supplemented with 20% ethylene glycol as cryoprotectant, unique puck ID pfi1-7, crystal tracking ID 314557b1

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2020年3月19日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→47.51 Å / Num. obs: 51005 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.665 % / Biso Wilson estimate: 48.413 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rrim(I) all: 0.05 / Χ2: 1.013 / Net I/σ(I): 18.97 / Num. measured all: 237940 / Scaling rejects: 7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.1-2.154.6880.5782.9817625376037600.9030.652100
2.15-2.214.6820.4713.5517142366336610.9270.53199.9
2.21-2.284.670.4064.0216622356135590.9510.45899.9
2.28-2.354.6920.3194.9916214345734560.9640.36100
2.35-2.424.7020.2526.2615882337833780.9790.284100
2.42-2.514.6950.1857.8115293326132570.9890.20999.9
2.51-2.64.7070.1639.0514758313631350.9880.184100
2.6-2.714.6970.12811.3514129301130080.9920.14599.9
2.71-2.834.6960.09714.2613596289528950.9950.109100
2.83-2.974.6880.07218.6313033278327800.9970.08199.9
2.97-3.134.6790.05623.6512259262226200.9980.06399.9
3.13-3.324.6580.04528.511677251025070.9980.0599.9
3.32-3.554.6280.03634.3210849234623440.9990.04199.9
3.55-3.834.6560.03139.0910141218221780.9990.03599.8
3.83-4.24.6090.02745.039305202520190.9990.03199.7
4.2-4.74.6120.02448.488366181518140.9990.02799.9
4.7-5.424.6010.02448.127486162716270.9990.027100
5.42-6.644.5810.02448.466198135613530.9990.02799.8
6.64-9.394.5410.02152.234850106910680.9990.02499.9
9.39-47.514.2920.02154.4625156045860.9990.02497

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXphenix1.17.1-3660精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3TR0

3tr0


解像度: 2.1→47.51 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2294 2890 6.04 %
Rwork0.1792 44956 -
obs0.1822 47846 93.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 141.13 Å2 / Biso mean: 57.0784 Å2 / Biso min: 22.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→47.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6125 0 105 286 6516
Biso mean--55.23 52.45 -
残基数----808
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3528X-RAY DIFFRACTION9.226TORSIONAL
12B3528X-RAY DIFFRACTION9.226TORSIONAL
13C3528X-RAY DIFFRACTION9.226TORSIONAL
14D3528X-RAY DIFFRACTION9.226TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.130.36861200.3071851197182
2.13-2.170.3471010.29031926202783
2.17-2.210.33831240.281944206885
2.21-2.250.34041310.26911976210786
2.25-2.30.30451370.2581937207488
2.3-2.350.30511370.24022029216689
2.35-2.40.32211420.22782077221990
2.4-2.460.27281440.22882064220892
2.46-2.530.28781170.22162165228294
2.53-2.60.32941250.2282184230995
2.61-2.690.29391440.2172144228895
2.69-2.790.25211400.20952192233296
2.79-2.90.24081440.20992239238398
2.9-3.030.24711480.19682219236798
3.03-3.190.2651490.19272283243299
3.19-3.390.23321590.19022241240099
3.39-3.650.2141410.17912277241899
3.65-4.020.20811510.149422762427100
4.02-4.60.18461590.125522852444100
4.6-5.790.17921450.142523132458100
5.79-47.510.18251320.15122334246699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.04260.66681.06655.43033.32935.5455-0.0912-0.0760.18310.5183-0.44520.7171-0.0512-0.45580.40750.3144-0.06630.0710.2874-0.0590.50942.48115.311836.7791
22.7847-0.70020.90460.2667-0.99886.88250.0541.0770.46120.02720.3225-1.0645-0.81121.5093-0.30910.4884-0.1147-0.10051.03650.09340.895322.5571-2.935536.8792
31.01590.02451.46393.61860.23755.2448-0.179-0.04320.1192-0.0718-0.0974-0.0569-0.3544-0.07880.25580.246-0.0598-0.00090.2517-0.03340.37572.1297-0.214922.973
45.4924-5.7126-5.09256.78465.09474.7688-0.2797-0.71860.77040.29450.6025-0.00890.0534-0.4548-0.42350.45770.0957-0.00490.917-0.03820.477529.4623-12.3297.9347
52.53461.5006-0.91781.94-0.91580.46560.099-0.6424-0.4908-0.0913-0.06720.60450.4114-0.95660.40150.146-0.73970.0971.63320.21660.515425.5176-26.02552.3985
60.2523-0.2728-0.68243.8589-1.77334.1341-0.2618-0.8561-0.3178-0.0532-0.0190.62460.0418-1.7134-0.44620.3798-0.10920.00591.1970.05180.618920.1001-15.8995-3.7433
72.88080.5628-3.49042.6333-1.56198.1778-0.4784-0.4795-0.8391-0.26140.17942.16390.6969-2.2824-0.06540.5325-0.1336-0.15141.24920.09520.945315.3696-16.3877-9.6658
87.9765-2.35970.25886.1687-1.38328.6464-0.65190.10640.5217-0.1914-0.07930.4083-0.6456-0.58150.5550.60170.0379-0.28960.62770.02220.462624.9374-5.4179-11.2859
95.2758-1.0829-2.60653.37781.64885.6978-0.5416-0.69720.38110.23770.1350.479-0.7228-0.88670.45580.44780.2104-0.10520.92840.00870.480724.5757-9.29040.7908
105.3111-2.13421.50072.6833-2.1597.7204-0.5758-0.30040.5232-0.0150.129-0.0427-0.5476-0.66930.32420.3051-0.0126-0.07320.45970.01630.33335.8264-13.2762-0.2514
112.4442-2.7052.88044.895-4.06826.66210.47950.2199-0.9762-0.33760.73620.44051.5629-1.3748-0.07361.1004-0.5029-0.05870.5953-0.00660.545132.9593-34.568-9.7292
122.9417-0.1326-0.30552.80.71372.3711-0.0333-0.0685-0.2695-0.17870.10940.1150.6304-1.4027-0.00980.3586-0.1897-0.01680.63560.05780.379434.8309-24.40460.5368
135.42823.09544.99722.23922.61784.7099-0.2144-0.6030.816-0.4324-0.56260.6923-1.1881-1.37490.77730.57130.2575-0.03480.5563-0.02230.489334.3931-6.89126.7909
148.9562-2.80922.31186.08611.78386.8554-0.22510.5460.5252-0.4269-0.0884-0.2525-0.86130.57320.36990.4981-0.1578-0.04120.53240.03580.3103-0.5927-1.82911.3871
155.32730.58360.9213.21170.47984.672-0.35450.65370.4374-0.54490.0551-0.4311-0.24360.82330.38390.4207-0.10950.08550.48670.05210.4124-6.4761-12.3379-10.5734
165.48911.79314.17175.22941.62979.2414-0.03020.3844-0.45410.34810.3775-0.59540.40550.7520.19530.3196-0.03540.07280.3629-0.04550.4808-4.1905-16.3456-3.0695
175.48222.21112.81665.38552.91056.5461-0.0710.01260.41470.3228-0.58520.2719-0.2596-0.00420.49070.3354-0.097-0.02030.37610.00790.3066-7.5276-8.07644.1146
183.97222.00910.75836.46650.90082.0523-0.2560.41031.2847-0.9184-0.33920.4887-0.6677-0.61340.4810.76530.1254-0.26290.8752-0.00360.935-17.10966.6664-4.3531
194.33250.52781.89872.1494-0.03974.9386-0.15770.3080.1352-0.42670.0499-0.1278-0.09440.30050.17460.2195-0.0430.02250.2633-0.05320.30963.6052-4.372715.3591
203.8475-0.5460.27648.40031.22250.22250.1417-0.15620.01450.5239-0.06820.1690.4587-0.1105-0.10720.5488-0.1221-0.10260.5060.18890.409942.7434-25.663225.5868
211.82760.2196-0.14243.6133-0.8883.0480.14030.0132-0.06770.354-0.04680.03310.1588-0.0115-0.08680.39410.0294-0.01310.22340.02090.4457.5796-25.45635.2722
224.4241.2361.25056.94031.49832.68330.16850.36240.2186-0.47510.1280.26650.327-0.3594-0.42010.4591-0.0324-0.01180.30410.08790.36255.1663-25.60225.6103
237.16050.095-0.083.13742.42496.5705-0.03960.34760.74290.15360.0778-0.074-0.0777-0.4712-0.11570.41520.0024-0.00440.28020.12570.341147.7745-15.124825.1475
242.04441.0458-3.12222.9906-4.53258.18310.0238-0.16760.13370.0367-0.1872-0.3220.5431-0.8346-0.03290.6422-0.0757-0.05310.677-0.03890.434639.0622-14.250841.213
251.310.64151.44352.5306-0.46661.98720.0479-0.2834-0.25090.1453-0.05450.21420.389-0.6232-0.00860.2536-0.08370.02610.40260.04040.318239.8468-24.32712.2832
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 12 through 135 )A12 - 135
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 136 through 150 )A136 - 150
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 151 through 215 )A151 - 215
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 11 through 21 )B11 - 21
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 22 through 37 )B22 - 37
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 38 through 53 )B38 - 53
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 54 through 66 )B54 - 66
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 67 through 87 )B67 - 87
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 88 through 112 )B88 - 112
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 113 through 133 )B113 - 133
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 134 through 151 )B134 - 151
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 152 through 196 )B152 - 196
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 197 through 215 )B197 - 215
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 12 through 37 )C12 - 37
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 38 through 87 )C38 - 87
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 88 through 102 )C88 - 102
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 103 through 133 )C103 - 133
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 134 through 170 )C134 - 170
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 171 through 216 )C171 - 216
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 10 through 37 )D10 - 37
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 38 through 87 )D38 - 87
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 88 through 112 )D88 - 112
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 113 through 135 )D113 - 135
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 136 through 170 )D136 - 170
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 171 through 216 )D171 - 216

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る