PDB-6wcs: Crystal structure of Arabidopsis thaliana isochorismoyl-glutamate...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wcs

タイトル

Crystal structure of Arabidopsis thaliana isochorismoyl-glutamate A pyruvoyl-glutamate lyase in complex with tartrate

要素

Protein ENHANCED PSEUDOMONAS SUSCEPTIBILITY 1

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / salicylic acid / BAHD acyltransferase / plant defense metabolism

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of defense response to bacterium / regulation of defense response to fungus / salicylic acid biosynthetic process / response to jasmonic acid / acyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / response to bacterium / defense response
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.87 Å

データ登録者

Torrens-Spence, M.P. / Weng, J.K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structural basis of the isochorismoyl-glutamate pyruvoyl-glutamate lyase activity of Arabidopsis EPS1 in salicylic acid biosynthesis
著者: Torrens-Spence, M.P. / Weng, J.K.

履歴

登録	2020年3月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年8月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wcs.cif.gz	354.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wcs.ent.gz	288 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wcs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6wcs_validation.pdf.gz	453.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wcs_full_validation.pdf.gz	467.3 KB	表示
XML形式データ	6wcs_validation.xml.gz	35.1 KB	表示
CIF形式データ	6wcs_validation.cif.gz	48.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/6wcs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/6wcs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6waoC 6dd2S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6wao-d 6ges-d 3gj2-d 5hjp-d 6hpu-d 3sci-1 7mhz-d 3sck-2 4nxv-6 5ydj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein ENHANCED PSEUDOMONAS SUSCEPTIBILITY 1

B: Protein ENHANCED PSEUDOMONAS SUSCEPTIBILITY 1

ヘテロ分子

98.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.352, 79.432, 194.214
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 4 through 214 or resid 225 through 298 or resid 300 through 434))
2	1	(chain B and (resid 4 through 298 or resid 300 through 434))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLU	THR	THR	(chain A and (resid 4 through 214 or resid 225 through 298 or resid 300 through 434))	A	A	4 - 214	8 - 218
1	2	ASN	ASN	GLU	GLU	(chain A and (resid 4 through 214 or resid 225 through 298 or resid 300 through 434))	A	A	225 - 298	229 - 302
1	3	PHE	PHE	VAL	VAL	(chain A and (resid 4 through 214 or resid 225 through 298 or resid 300 through 434))	A	A	300 - 434	304 - 438
2	1	GLU	GLU	GLU	GLU	(chain B and (resid 4 through 298 or resid 300 through 434))	B	B	4 - 298	8 - 302
2	2	PHE	PHE	VAL	VAL	(chain B and (resid 4 through 298 or resid 300 through 434))	B	B	300 - 434	304 - 438

#1: タンパク質	Protein ENHANCED PSEUDOMONAS SUSCEPTIBILITY 1 分子量: 49030.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: EPS1, At5g67160, K21H1.12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9FH97, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.4 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Potassium Sodium Tartrate 20 % (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.87→73.52 Å / Num. obs: 69622 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.089 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 16.9
反射シェル	解像度: 1.87→8.94 Å / 冗長度: 12.6 % / R_merge(I) obs: 1.785 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4240 / CC_1/2: 0.661 / R_pim(I) all: 0.507 / R_rim(I) all: 0.032 / % possible all: 95.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6DD2

6dd2

解像度: 1.87→73.52 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.29

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2256	3416	4.92 %
R_work	0.2025	-	-
obs	0.2036	69495	99.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 141.91 Å² / B_iso mean: 48.6745 Å² / B_iso min: 21.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.87→73.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6776	0	14	304	7094
B_iso mean	-	-	71.31	47.86	-
残基数	-	-	-	-	859

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2530	X-RAY DIFFRACTION	10.867	TORSIONAL
1	2	B	2530	X-RAY DIFFRACTION	10.867	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.87-1.89	0.393	122	0.3166	2500	2622	91
1.89-1.92	0.3575	136	0.2922	2737	2873	100
1.92-1.95	0.2847	149	0.2713	2714	2863	100
1.95-1.98	0.2976	129	0.2554	2755	2884	100
1.98-2.02	0.2704	129	0.2588	2687	2816	100
2.02-2.05	0.2761	133	0.2552	2792	2925	100
2.05-2.09	0.2643	136	0.2454	2702	2838	100
2.09-2.14	0.2757	147	0.2381	2740	2887	100
2.14-2.18	0.2692	144	0.2301	2724	2868	100
2.18-2.23	0.2488	128	0.2312	2767	2895	100
2.23-2.29	0.2535	138	0.2344	2711	2849	100
2.29-2.35	0.2831	152	0.23	2735	2887	100
2.35-2.42	0.241	140	0.2368	2760	2900	100
2.42-2.5	0.2642	155	0.2352	2699	2854	100
2.5-2.59	0.2337	143	0.2254	2782	2925	100
2.59-2.69	0.227	157	0.2263	2726	2883	100
2.69-2.81	0.2738	156	0.2332	2775	2931	100
2.81-2.96	0.2377	159	0.2154	2749	2908	100
2.96-3.15	0.2219	138	0.205	2772	2910	100
3.15-3.39	0.2358	127	0.2112	2785	2912	100
3.39-3.73	0.2079	142	0.181	2798	2940	100
3.73-4.27	0.1905	153	0.1621	2810	2963	100
4.27-5.38	0.1944	145	0.1579	2867	3012	100
5.38-73.52	0.1895	158	0.1928	2992	3150	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4627	0.1637	0.3305	1.0185	0.7338	0.777	0.0648	0.0058	-0.1676	-0.0117	0.0409	-0.1323	0.0329	0.099	-0.0021	0.3228	-0.0013	-0.0201	0.3576	0.0204	0.3918	-4.5967	-29.4591	17.9222
2	0.9564	0.273	-0.0927	1.2898	-0.2854	0.6694	0.0235	-0.0622	0.0077	-0.0098	0.0002	0.069	-0.0019	-0.0411	-0.0012	0.2446	-0.0077	-0.0112	0.2992	-0.0057	0.2543	-13.5778	-16.8254	16.9866
3	1.202	0.2805	-0.3641	1.2864	0.0104	0.9545	-0.0326	-0.1136	0.0727	0.4338	-0.125	-0.2779	-0.1285	0.2495	-0.0081	0.3769	-0.0859	-0.1065	0.4358	0.0133	0.3403	12.9597	11.337	51.5975
4	1.8125	0.6367	0.2378	1.8915	0.3484	1.6463	0.0625	-0.1235	0.0799	-0.0675	-0.0651	-0.0235	-0.066	0.0095	0.0029	0.3525	-0.0502	0.0037	0.3142	-0.0233	0.3089	11.5373	13.7885	40.0854
5	1.0718	0.2972	-0.1041	0.7378	0.0199	0.9166	-0.2295	0.206	0.3516	-0.6287	0.1525	0.165	-0.3277	-0.0535	-0.011	0.7297	-0.1096	-0.0458	0.4447	0.0649	0.432	9.3556	20.7662	16.0047
6	0.1362	0.0357	-0.5856	0.4306	-0.1925	2.6233	-0.0328	0.3447	0.1767	-0.5668	0.0361	-0.102	0.2225	0.7131	0.4868	0.7906	-0.2237	0.0131	0.5643	0.097	0.5075	18.8995	20.8137	16.819
7	0.0575	0.0907	0.0307	0.4494	0.3034	0.3373	-0.2833	0.1096	0.1766	-0.06	0.0645	0.4908	-0.5161	-0.1821	-0.0159	1.0567	-0.1726	-0.1166	0.6518	0.048	0.7482	20.5454	31.3197	25.4034
8	0.7491	0.6705	0.3519	0.6877	0.0313	0.8821	-0.1105	0.2449	0.0642	-0.503	0.1102	0.2113	0.0035	-0.1783	-0.0014	0.5321	-0.0357	-0.0544	0.411	0.0147	0.3942	2.4281	11.6698	21.581

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -3 through 41 )	A	-3 - 41
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 42 through 434 )	A	42 - 434
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 4 through 25 )	B	4 - 25
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 26 through 201 )	B	26 - 201
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 202 through 286 )	B	202 - 286
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 287 through 333 )	B	287 - 333
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 334 through 361 )	B	334 - 361
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 362 through 434 )	B	362 - 434

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