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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wch | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Laccase from Thermus thermophilus HB27 with an open conformation of beta-hairpin (Average deposited dose 7.75 MGy) | ||||||
![]() | Laccase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / open conformation / multicopper oxidase / laccase | ||||||
機能・相同性 | ![]() hydroquinone:oxygen oxidoreductase activity / laccase / ferroxidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / copper ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Miranda-Blancas, R. / Rudino-Pinera, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Dynamic behavior of beta-hairpin loop at laccase of Thermus thermophilus at 1.7 angstroms resolution. 著者: Miranda-Blancas, R. / Rudino-Pinera, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 114.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 84.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 442.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 450.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2xu9S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48848.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 遺伝子: TT_C1370 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-PG4 / | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.58 % / 解説: triangular shaped sheets |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.5 / 詳細: 20% PEG 4000, 20% 2-propanol, 100 mM citrate buffer / PH範囲: 5.5-5.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月17日 / 詳細: Sagittal focusing 2nd crystal horizontal focusing |
放射 | モノクロメーター: Si (111) Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: liquid nitrogen cooled プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1949 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→39.36 Å / Num. obs: 51736 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 16.78 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.0833 / Net I/σ(I): 7.27 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.357 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 5145 / CC1/2: 0.695 / Rpim(I) all: 0.357 / Rrim(I) all: 0.505 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2XU9 解像度: 1.7→27.23 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.62
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 108.14 Å2 / Biso mean: 20.5196 Å2 / Biso min: 5.36 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.7→27.23 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19 / % reflection obs: 100 %
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