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- PDB-6wce: Structure of the periplasmic binding protein P5PA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wce
タイトルStructure of the periplasmic binding protein P5PA
要素Pyridoxal-5-phosphate binding protein A (P5PA)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / type-II periplasmic binding protein / VitaminB6 / nutrition
機能・相同性PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE
機能・相同性情報
生物種Actinobacillus pleuropneumoniae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.754 Å
データ登録者Pan, C. / Zimmer, A. / Shah, M. / Huynh, M. / Lai, C.C.L. / Sit, B. / Hooda, Y. / Moraes, T.F.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2018-06546 カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Actinobacillus utilizes a binding protein-dependent ABC transporter to acquire the active form of vitamin B 6 .
著者: Pan, C. / Zimmer, A. / Shah, M. / Huynh, M.S. / Lai, C.C. / Sit, B. / Hooda, Y. / Curran, D.M. / Moraes, T.F.
履歴
登録2020年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyridoxal-5-phosphate binding protein A (P5PA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4062
ポリマ－39,1591
非ポリマー2471
水4,342241
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, Size-exclusion chromatography with multi-angle light scattering (SEC-MAL) for its homologue AfuA (PDB:4R73)
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.468, 42.273, 69.601
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.818, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb

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要素

#1: タンパク質 Pyridoxal-5-phosphate binding protein A (P5PA)


分子量: 39158.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Actinobacillus pleuropneumoniae (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.54 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.05M potassium thiocyanate, 27.5% PEG MME 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→66.624 Å / Num. obs: 28927 / % possible obs: 92.82 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 7.94 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 24.68
反射 シェル解像度: 1.754→1.817 Å / Num. unique obs: 2856 / CC1/2: 0.985

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4R73

4r73


解像度: 1.754→66.62 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 18.8515 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1949 1353 5.03 %
Rwork0.1606 25553 -
obs0.1623 26906 92.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 9.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.754→66.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2454 0 16 241 2711
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00662519
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.78653403
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.2724372
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0048438
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7322952
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.754-1.820.2817840.21121591X-RAY DIFFRACTION58.96
1.82-1.890.23821360.17362529X-RAY DIFFRACTION91.99
1.89-1.980.19971320.15832633X-RAY DIFFRACTION96.24
1.98-2.080.22251450.15622644X-RAY DIFFRACTION96.71
2.08-2.210.19341280.15032647X-RAY DIFFRACTION96.89
2.21-2.380.19371390.16132696X-RAY DIFFRACTION97.16
2.38-2.620.1981530.16932648X-RAY DIFFRACTION97.7
2.62-30.20141390.17772716X-RAY DIFFRACTION97.67
3-3.780.18561510.16252683X-RAY DIFFRACTION97.59
3.78-66.620.15561460.13732766X-RAY DIFFRACTION96.55

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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