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- PDB-6wc1: Peptide-bound SARS-CoV-2 Nsp9 RNA-replicase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wc1
タイトルPeptide-bound SARS-CoV-2 Nsp9 RNA-replicase
要素SARS-coV-2 Non-structural protein 9
キーワードVIRAL PROTEIN / COVID-19 / SARS-CoV-2 / Nsp9 / RNA replicase
機能・相同性Coronavirus replicase NSP9
機能・相同性情報
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Littler, D.R. / Gully, B.S. / Rossjohn, J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC) オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Identification of a putative peptide-binding site at the dimer interface of the SARS-CoV-2 Nsp9 RNA-replicase.
著者: Littler, D.R. / Gully, B.S. / Colson, R.N. / Riboldi-Tunnicliffe, A. / Rossjohn, J.
履歴
登録2020年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SARS-coV-2 Non-structural protein 9
B: SARS-coV-2 Non-structural protein 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3013
ポリマ－25,2052
非ポリマー961
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2130 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area12310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.670, 88.670, 134.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6

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要素

#1: タンパク質 SARS-coV-2 Non-structural protein 9


分子量: 12602.390 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 2-2.4M AmSO4, 0.1M phosphate citrate pH 4 / PH範囲: 4-4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.541 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2020年3月1日
放射モノクロメーター: Capillary optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.541 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→76.8 Å / Num. obs: 12038 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 16.2 % / Biso Wilson estimate: 52.4 Å2 / Rpim(I) all: 0.018 / Net I/σ(I): 23.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 12.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 1307 / Rpim(I) all: 0.291 / % possible all: 73.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Qz8

1qz8


解像度: 2.4→76.8 Å / SU ML: 0.3205 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 32.1592
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 603 5.04 %
Rwork0.232 --
obs0.2344 11971 93.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→76.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1717 0 0 8 1725
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00571748
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94352373
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.3161275
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0047302
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.6066643
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.640.35591240.31642356X-RAY DIFFRACTION80.03
2.64-3.020.33791400.28592906X-RAY DIFFRACTION97.97
3.02-3.810.29591670.25292951X-RAY DIFFRACTION98.11
3.81-38.610.24861720.20123155X-RAY DIFFRACTION98.69
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 41.4524517318 Å / Origin y: -12.557527235 Å / Origin z: 16.4318149353 Å
111213212223313233
T0.453544412626 Å20.0253586450189 Å20.0915278247565 Å2-0.240355952502 Å20.0318432027579 Å2--0.340311307912 Å2
L4.44199136211 °20.0560362785456 °21.33371801237 °2-1.25488716167 °20.0150618520974 °2--2.32738992852 °2
S-0.0188102029667 Å °0.170963235238 Å °0.278965775966 Å °-0.044503150179 Å °0.0260140169772 Å °0.0718722617812 Å °0.00437993030432 Å °0.0110240594238 Å °-0.00272634637296 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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