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- PDB-6wbj: High resolution crystal structure of mRECK(CC4) in fusion with en... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wbj
タイトルHigh resolution crystal structure of mRECK(CC4) in fusion with engineered MBP
要素Maltodextrin-binding protein,Reversion-inducing cysteine-rich protein with Kazal motifs fusion
キーワードSIGNALING PROTEIN / Wnt signaling / 4-helix bundle / extracellular domain / vascularization / blood-brain barrier / Maltose-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of establishment of blood-brain barrier / negative regulation of metalloendopeptidase activity / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / blood vessel maturation / metalloendopeptidase inhibitor activity / Wnt-protein binding / embryonic forelimb morphogenesis / Wnt signalosome / sprouting angiogenesis / endopeptidase inhibitor activity ...regulation of establishment of blood-brain barrier / negative regulation of metalloendopeptidase activity / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / blood vessel maturation / metalloendopeptidase inhibitor activity / Wnt-protein binding / embryonic forelimb morphogenesis / Wnt signalosome / sprouting angiogenesis / endopeptidase inhibitor activity / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / maltose binding / carbohydrate transport / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / canonical Wnt signaling pathway / regulation of angiogenesis / coreceptor activity / side of membrane / embryo implantation / extracellular matrix organization / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / negative regulation of cell migration / serine-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / DNA damage response / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Reversion-inducing cysteine-rich protein with Kazal motifs / Reversion-inducing cysteine-rich with Kazal motifs domain / Reversion-inducing cysteine-rich with Kazal motifs, N-terminal / Kazal serine protease inhibitors family signature. / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Kazal type serine protease inhibitors / Kazal domain superfamily / Kazal domain / Kazal domain profile. / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein ...Reversion-inducing cysteine-rich protein with Kazal motifs / Reversion-inducing cysteine-rich with Kazal motifs domain / Reversion-inducing cysteine-rich with Kazal motifs, N-terminal / Kazal serine protease inhibitors family signature. / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Kazal type serine protease inhibitors / Kazal domain superfamily / Kazal domain / Kazal domain profile. / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / Maltodextrin-binding protein / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Reversion-inducing cysteine-rich protein with Kazal motifs
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.651 Å
Model detailsmouse RECK CC domain 4 in fusion with engineered Maltose Binding Protein
データ登録者Chang, T.H. / Hsieh, F.L. / Gabelli, S.B. / Nathans, J.
資金援助 米国, フランス, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)R01EY018637 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
Human Frontier Science Program (HFSP)LT000130/2017-L フランス
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structure of the RECK CC domain, an evolutionary anomaly.
著者: Chang, T.H. / Hsieh, F.L. / Smallwood, P.M. / Gabelli, S.B. / Nathans, J.
履歴
登録2020年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年7月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月18日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.country
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltodextrin-binding protein,Reversion-inducing cysteine-rich protein with Kazal motifs fusion
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7586
ポリマ－49,0961
非ポリマー6615
水9,080504
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.404, 110.221, 57.816
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Maltodextrin-binding protein,Reversion-inducing cysteine-rich protein with Kazal motifs fusion / mRECK


分子量: 49096.473 Da / 分子数: 1
変異: D84A,K85A,E174A,N175A,A217H,K221H,K241A,A314V,I319V,E361A,K364A,D365A
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
遺伝子: malE, DJ492_13065, EPS91_05465, FV295_14110, NCTC8450_00456, Reck
プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SHuffle (DE3)
参照: UniProt: A0A376KDN7, UniProt: Q9Z0J1, UniProt: P0AEX9*PLUS
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 508分子

#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 504 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.86 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 25% PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→64.85 Å / Num. obs: 62274 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 22.8 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.23 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.235 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 1420849 / Scaling rejects: 2972
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.65-1.6917.80.22078027545070.630.5282.2721.999.5
7.38-64.8522.40.101181238090.9970.0220.10312.2100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.32 Å64.96 Å
Translation6.32 Å64.96 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
Aimless0.7.3データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SET

3set


解像度: 1.651→57.816 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1774 3043 5.05 %
Rwork0.1559 59058 -
obs0.157 62202 99.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 163.69 Å2 / Biso mean: 28.4336 Å2 / Biso min: 10.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.651→57.816 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3328 0 65 507 3900
Biso mean--26.39 36.99 -
残基数----432
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.651-1.67670.29411320.272242891
1.6767-1.70420.27591470.2512653100
1.7042-1.73360.23351210.23292630100
1.7336-1.76510.23431420.21392690100
1.7651-1.7990.23281430.19482665100
1.799-1.83580.2121360.17372664100
1.8358-1.87570.21051430.17082666100
1.8757-1.91930.18911460.16372656100
1.9193-1.96730.16571460.15542663100
1.9673-2.02050.18981590.15512651100
2.0205-2.080.18241400.15522688100
2.08-2.14710.20261590.15232657100
2.1471-2.22380.15371410.14012684100
2.2238-2.31290.17551460.14152714100
2.3129-2.41820.17161490.13562675100
2.4182-2.54560.16341270.13852686100
2.5456-2.70510.1511460.13712705100
2.7051-2.9140.19211460.14862720100
2.914-3.20720.17851380.1572733100
3.2072-3.67130.16171440.14942739100
3.6713-4.62510.14691560.13392757100
4.6251-57.8160.18191370.17432934100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.60550.1301-0.11510.5489-0.26740.60010.09660.10060.1772-0.114-0.0650.1342-0.098-0.13540.0080.16210.02980.0150.14080.01890.1876-10.022140.9681-18.994
20.428-0.1031-0.14550.46890.00380.41670.0228-0.0365-0.0654-0.0009-0.0439-0.04890.01750.07460.02380.1020.01260.0120.13410.01810.0968-4.572222.4489-9.8279
30.6221-0.0293-0.38330.71390.13050.88270.04620.0024-0.069-0.005-0.06480.02160.0304-0.02380.0040.07020.02020.00470.07680.00050.0869-10.514614.9951-12.3136
40.66260.1454-0.1310.33860.04480.27760.0554-0.06330.04890.0175-0.0465-0.0638-0.03410.0863-0.00010.120.00530.01460.11430.01410.1113-0.694830.8533-9.7014
50.0083-0.049-0.20560.1132-0.15270.0525-0.05080.12770.011-0.29710.0770.14410.10360.05220.05370.21660.0053-0.01990.2266-0.0260.1444-6.755620.8192-31.8588
60.1998-0.09860.18290.2489-0.17310.29350.0489-0.20520.06090.0781-0.0795-0.018-0.0753-0.058500.1831-0.00870.01510.2486-0.04390.15421.310940.3196-47.7526
72.37051.5863-0.47112.54491.50412.3777-0.4032-1.90562.75773.5850.3836-4.3829-0.23292.65080.030.96610.0055-0.07880.9421-0.17170.86114.53630.8359-46.9195
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 74 )A4 - 74
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 75 through 155 )A75 - 155
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 156 through 247 )A156 - 247
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 248 through 335 )A248 - 335
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 336 through 389 )A336 - 389
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 390 through 434 )A390 - 434
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 435 through 435 )A435

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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