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- PDB-6wbe: Crystal structure of coiled coil region of human septin 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wbe
タイトルCrystal structure of coiled coil region of human septin 1
要素Septin-1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Coiled coil / Septin
機能・相同性
機能・相同性情報


meiotic metaphase chromosome alignment / septin complex / septin ring / cytoskeleton-dependent cytokinesis / regulation of exocytosis / spindle assembly involved in female meiosis / meiotic spindle / cell division site / synaptic vesicle / intracellular protein localization ...meiotic metaphase chromosome alignment / septin complex / septin ring / cytoskeleton-dependent cytokinesis / regulation of exocytosis / spindle assembly involved in female meiosis / meiotic spindle / cell division site / synaptic vesicle / intracellular protein localization / microtubule cytoskeleton / midbody / molecular adaptor activity / GTPase activity / centrosome / GTP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Septin-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Septin / Septin-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Septin / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Septin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Cabrejos, D.A.L. / Cavini, I. / Sala, F.A. / Valadares, N.F. / Pereira, H.M. / Brandao-Neto, J. / Nascimento, A.F.Z. / Uson, I. / Araujo, A.P.U. / Garratt, R.C.
資金援助 ブラジル, 4件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2016/04658-9 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2018/19992-7 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2015/00062-1 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2014/15546-1 ブラジル
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: Orientational Ambiguity in Septin Coiled Coils and its Structural Basis.
著者: Leonardo, D.A. / Cavini, I.A. / Sala, F.A. / Mendonca, D.C. / Rosa, H.V.D. / Kumagai, P.S. / Crusca Jr., E. / Valadares, N.F. / Marques, I.A. / Brandao-Neto, J. / Munte, C.E. / Kalbitzer, H.R. ...著者: Leonardo, D.A. / Cavini, I.A. / Sala, F.A. / Mendonca, D.C. / Rosa, H.V.D. / Kumagai, P.S. / Crusca Jr., E. / Valadares, N.F. / Marques, I.A. / Brandao-Neto, J. / Munte, C.E. / Kalbitzer, H.R. / Soler, N. / Uson, I. / Andre, I. / Araujo, A.P.U. / D'Muniz Pereira, H. / Garratt, R.C.
履歴
登録2020年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.journal_volume / _citation_author.name
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Septin-1
B: Septin-1
C: Septin-1
D: Septin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,79016
ポリマ－15,0374
非ポリマー75312
水57632
1
A: Septin-1
ヘテロ分子

C: Septin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,01610
ポリマ－7,5192
非ポリマー4988
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_645-x+1,y-1/2,-z+1/21
Buried area890 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area5370 Å2
手法PISA
2
B: Septin-1
ヘテロ分子

D: Septin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7746
ポリマ－7,5192
非ポリマー2554
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_465x-1/2,-y+3/2,-z1
Buried area950 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area5080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)26.230, 60.450, 81.639
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 2 through 4 and (name N...
21(chain B and ((resid 2 through 4 and (name N...
31(chain C and ((resid 2 through 4 and (name N...
41(chain D and ((resid 2 through 4 and (name N...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and ((resid 2 through 4 and (name N...A2 - 4
121(chain A and ((resid 2 through 4 and (name N...A328 - 356
131(chain A and ((resid 2 through 4 and (name N...A328 - 356
141(chain A and ((resid 2 through 4 and (name N...A328 - 356
151(chain A and ((resid 2 through 4 and (name N...A328 - 356
211(chain B and ((resid 2 through 4 and (name N...B2 - 4
221(chain B and ((resid 2 through 4 and (name N...B329 - 354
231(chain B and ((resid 2 through 4 and (name N...B329 - 354
241(chain B and ((resid 2 through 4 and (name N...B329 - 354
251(chain B and ((resid 2 through 4 and (name N...B329 - 354
311(chain C and ((resid 2 through 4 and (name N...C2 - 4
321(chain C and ((resid 2 through 4 and (name N...C328 - 355
331(chain C and ((resid 2 through 4 and (name N...C328 - 355
341(chain C and ((resid 2 through 4 and (name N...C328 - 355
351(chain C and ((resid 2 through 4 and (name N...C328 - 355
411(chain D and ((resid 2 through 4 and (name N...D2 - 4
421(chain D and ((resid 2 through 4 and (name N...D328 - 355
431(chain D and ((resid 2 through 4 and (name N...D328 - 355
441(chain D and ((resid 2 through 4 and (name N...D328 - 355
451(chain D and ((resid 2 through 4 and (name N...D328 - 355

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Septin-1 / LARP / Peanut-like protein 3 / Serologically defined breast cancer antigen NY-BR-24


分子量: 3759.312 Da / 分子数: 4 / 断片: coiled coil region / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WYJ6
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.85 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M zinc acetate, 12% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.82652 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.82652 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→81.64 Å / Num. obs: 7988 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 31.45 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 16.4 / Num. measured all: 45377 / Scaling rejects: 16
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.1-2.165.90.30637636400.9480.1360.3355.699
8.91-81.644.60.0296061310.9990.0160.0343297.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Arcimboldo位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 2.1→40.82 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 28.15
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2565 388 4.87 %Random selection
Rwork0.208 ---
obs0.2102 7959 98.66 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 108.72 Å2 / Biso mean: 45.6428 Å2 / Biso min: 19.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→40.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数882 0 27 32 941
Biso mean--53.94 45.12 -
残基数----111
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015897
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.471179
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051130
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008161
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.704592
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A458X-RAY DIFFRACTION16.799TORSIONAL
12B458X-RAY DIFFRACTION16.799TORSIONAL
13C458X-RAY DIFFRACTION16.799TORSIONAL
14D458X-RAY DIFFRACTION16.799TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.1003-2.40410.26461320.2089244198
2.4041-3.02880.28621170.2305251699
3.0288-40.820.2451390.1991261499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0593-1.0546-0.16192.27242.31314.6225-0.14940.002-0.00451.52870.0592-0.43830.50660.1255-0.00910.46610.0312-0.02340.23380.04470.339717.09337.381717.4885
26.76260.0052-2.05533.737-3.52726.63990.1974-0.17570.14730.1241-0.08920.1882-0.2573-0.1578-0.13960.21480.0159-0.02170.2786-0.03920.18237.601646.71954.9181
31.72911.7635-0.03234.2482-2.64452.96090.2882-0.04530.28010.5854-0.12881.3129-0.643-0.36850.05910.60930.0157-0.00140.2177-0.04110.37399.457550.283616.6764
46.14272.15560.90223.6182.32226.6203-0.04-0.2371-0.3395-0.04420.2114-0.62630.08340.5418-0.18530.13430.0067-0.00040.2979-0.02810.203416.549244.18565.0746
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 328 through 356 )A1 - 29
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 329 through 354 )B2 - 27
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 328 through 355 )C1 - 28
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 328 through 355 )D1 - 28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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