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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wb6 | ||||||
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タイトル | 2.05 A resolution structure of transferrin 1 from Manduca sexta | ||||||
要素 | Transferrinトランスフェリン | ||||||
キーワード | METAL TRANSPORT / Transferrin (トランスフェリン) / ferric ion binding / iron-carbonate complex / glycosylated (グリコシル化) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Manduca sexta (タバコスズメガ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å | ||||||
データ登録者 | Lovell, S. / Kashipathy, M.M. / Battaile, K.P. / Weber, J.J. / Gorman, M.J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2021 タイトル: Structural insight into the novel iron-coordination and domain interactions of transferrin-1 from a model insect, Manduca sexta. 著者: Weber, J.J. / Kashipathy, M.M. / Battaile, K.P. / Go, E. / Desaire, H. / Kanost, M.R. / Lovell, S. / Gorman, M.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6wb6.cif.gz | 264.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6wb6.ent.gz | 216.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6wb6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/6wb6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/6wb6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 73535.547 Da / 分子数: 2 / 断片: Full Length / 由来タイプ: 天然 / 詳細: larval hemolymph / 由来: (天然) Manduca sexta (タバコスズメガ) / 組織: larval hemolymph / 参照: UniProt: P22297 #2: 多糖 | |
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-非ポリマー , 4種, 429分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CO3 / #5: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / Mosaicity: 0.23 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 15% (w/v) PEG 20,000, 0.1 M Hepes |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月7日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.05→47.28 Å / Num. obs: 83612 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.162 / Net I/σ(I): 7.6 / Num. measured all: 544369 / Scaling rejects: 2 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 単波長異常分散 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.05→40 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.02 / 位相誤差: 26.24 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 81.48 Å2 / Biso mean: 33.4218 Å2 / Biso min: 10.15 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.05→40 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 29
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