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- PDB-6wb6: 2.05 A resolution structure of transferrin 1 from Manduca sexta -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wb6
タイトル2.05 A resolution structure of transferrin 1 from Manduca sexta
要素Transferrin
キーワードMETAL TRANSPORT / Transferrin / ferric ion binding / iron-carbonate complex / glycosylated
機能・相同性
機能・相同性情報


iron ion transport / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Transferrin-like domain signature 2. / Transferrin family, iron binding site / Transferrin-like domain signature 1. / Transferrin-like domain signature 3. / Transferrin / Transferrin-like domain / Transferrin / Transferrin-like domain profile. / Transferrin / Periplasmic binding protein-like II ...Transferrin-like domain signature 2. / Transferrin family, iron binding site / Transferrin-like domain signature 1. / Transferrin-like domain signature 3. / Transferrin / Transferrin-like domain / Transferrin / Transferrin-like domain profile. / Transferrin / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBONATE ION / : / Transferrin
類似検索 - 構成要素
生物種Manduca sexta (蝶・蛾)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Lovell, S. / Kashipathy, M.M. / Battaile, K.P. / Weber, J.J. / Gorman, M.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1656388 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2021
タイトル: Structural insight into the novel iron-coordination and domain interactions of transferrin-1 from a model insect, Manduca sexta.
著者: Weber, J.J. / Kashipathy, M.M. / Battaile, K.P. / Go, E. / Desaire, H. / Kanost, M.R. / Lovell, S. / Gorman, M.J.
履歴
登録2020年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transferrin
B: Transferrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,46611
ポリマ－147,0712
非ポリマー1,3959
水7,602422
1
A: Transferrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,1365
ポリマ－73,5361
非ポリマー6004
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Transferrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,3306
ポリマ－73,5361
非ポリマー7945
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.493, 139.062, 146.696
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Transferrin


分子量: 73535.547 Da / 分子数: 2 / 断片: Full Length / 由来タイプ: 天然 / 詳細: larval hemolymph / 由来: (天然) Manduca sexta (蝶・蛾) / 組織: larval hemolymph / 参照: UniProt: P22297
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 429分子

#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン


分子量: 60.009 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 422 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / Mosaicity: 0.23 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 15% (w/v) PEG 20,000, 0.1 M Hepes

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→47.28 Å / Num. obs: 83612 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.162 / Net I/σ(I): 7.6 / Num. measured all: 544369 / Scaling rejects: 2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Net I/σ(I) obs% possible all
2.05-2.096.60.8273008445810.6972.2100
10.65-47.286.10.08141516850.99515.598.7

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIXdev_3755精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.05→40 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.02 / 位相誤差: 26.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2719 4065 4.87 %
Rwork0.209 79455 -
obs0.212 83520 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 81.48 Å2 / Biso mean: 33.4218 Å2 / Biso min: 10.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9917 0 87 422 10426
Biso mean--37.64 30.94 -
残基数----1306
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.05-2.070.33571590.26927312890100
2.07-2.10.31971510.264226932844100
2.1-2.130.35771600.266726702830100
2.13-2.150.32971500.26526992849100
2.15-2.180.35181380.259826922830100
2.18-2.210.35341340.264127262860100
2.21-2.250.31161490.244426822831100
2.25-2.280.33581190.234327332852100
2.28-2.320.30631340.229927272861100
2.32-2.360.28381500.222827072857100
2.36-2.40.25921200.220627202840100
2.4-2.450.30341560.226526842840100
2.45-2.50.29541440.220327422886100
2.5-2.550.27741310.217227002831100
2.55-2.610.30661420.212627082850100
2.61-2.680.26021330.210527642897100
2.68-2.750.2851280.21527092837100
2.75-2.830.29281460.215627512897100
2.83-2.920.28281510.218727222873100
2.92-3.030.31781290.218927382867100
3.03-3.150.29791240.215327542878100
3.15-3.290.26551120.211527572869100
3.29-3.470.27841270.204627742901100
3.47-3.680.24191400.193927602900100
3.68-3.970.23751450.178427652910100
3.97-4.370.21591330.164127872920100
4.37-50.20741480.168728012949100
5-6.290.23841470.199428142961100
6.29-400.27811650.21962945311099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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