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- PDB-6wao: Crystal structure of Arabidopsis thaliana isochorismoyl-glutamate... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wao
タイトルCrystal structure of Arabidopsis thaliana isochorismoyl-glutamate A pyruvoyl-glutamate lyase in complex with (2-(3-carboxyphenoxy)acetyl)-L-glutamic acid
要素Protein ENHANCED PSEUDOMONAS SUSCEPTIBILITY 1
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / salicylic acid / BAHD acyltransferase / plant defense metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of defense response to bacterium / regulation of defense response to fungus / salicylic acid biosynthetic process / response to jasmonic acid / acyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / response to bacterium / defense response
類似検索 - 分子機能
Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
N-[(3-carboxyphenoxy)acetyl]-L-glutamic acid / Protein ENHANCED PSEUDOMONAS SUSCEPTIBILITY 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Torrens-Spence, M.P. / Weng, J.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1709616 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structural basis of the isochorismoyl-glutamate pyruvoyl-glutamate lyase activity of Arabidopsis EPS1 in salicylic acid biosynthesis
著者: Torrens-Spence, M.P. / Weng, J.K.
履歴
登録2020年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein ENHANCED PSEUDOMONAS SUSCEPTIBILITY 1
B: Protein ENHANCED PSEUDOMONAS SUSCEPTIBILITY 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,0384
ポリマ－97,3872
非ポリマー6512
水13,619756
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1740 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area34710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.136, 75.353, 193.513
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 4 through 8 or resid 10...
21(chain B and (resid 4 through 8 or resid 10...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUILEILE(chain A and (resid 4 through 8 or resid 10...AA4 - 84 - 8
12LYSLYSLEULEU(chain A and (resid 4 through 8 or resid 10...AA10 - 1810 - 18
13SERSERLEULEU(chain A and (resid 4 through 8 or resid 10...AA23 - 6023 - 60
14VALVALALAALA(chain A and (resid 4 through 8 or resid 10...AA62 - 12262 - 122
15GLUGLUVALVAL(chain A and (resid 4 through 8 or resid 10...AA4 - 4344 - 434
16GLUGLUVALVAL(chain A and (resid 4 through 8 or resid 10...AA4 - 4344 - 434
17ALAALALYSLYS(chain A and (resid 4 through 8 or resid 10...AA174 - 181174 - 181
18GLUGLUVALVAL(chain A and (resid 4 through 8 or resid 10...AA4 - 4344 - 434
19GLUGLUVALVAL(chain A and (resid 4 through 8 or resid 10...AA4 - 4344 - 434
110TQGTQGHOHHOH(chain A and (resid 4 through 8 or resid 10...AC - E501 - 601
21GLUGLUILEILE(chain B and (resid 4 through 8 or resid 10...BB4 - 84 - 8
22LYSLYSLEULEU(chain B and (resid 4 through 8 or resid 10...BB10 - 6010 - 60
23VALVALALAALA(chain B and (resid 4 through 8 or resid 10...BB62 - 12262 - 122
24PHEPHEILEILE(chain B and (resid 4 through 8 or resid 10...BB124 - 172124 - 172
25ALAALAVALVAL(chain B and (resid 4 through 8 or resid 10...BB174 - 417174 - 417
26GLUGLUVALVAL(chain B and (resid 4 through 8 or resid 10...BB419 - 434419 - 434
27TQGTQGHOHHOH(chain B and (resid 4 through 8 or resid 10...BD - F501 - 601

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要素

#1: タンパク質 Protein ENHANCED PSEUDOMONAS SUSCEPTIBILITY 1


分子量: 48693.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: EPS1, At5g67160, K21H1.12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9FH97, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-TQG / N-[(3-carboxyphenoxy)acetyl]-L-glutamic acid


分子量: 325.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H15NO8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 756 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.4 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Potassium Sodium Tartrate 20 % (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→59.45 Å / Num. obs: 81189 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.3 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 25.6
反射 シェル解像度: 1.76→9.13 Å / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.596 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 51695 / CC1/2: 0.924 / Rpim(I) all: 0.257 / Rrim(I) all: 0.65 / % possible all: 96.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DD2

6dd2


解像度: 1.76→59.45 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2118 4099 5.05 %
Rwork0.1724 76996 -
obs0.1744 81095 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 127.83 Å2 / Biso mean: 31.6723 Å2 / Biso min: 12.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.76→59.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6624 0 70 756 7450
Biso mean--57.38 37.62 -
残基数----837
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2384X-RAY DIFFRACTION7.806TORSIONAL
12B2384X-RAY DIFFRACTION7.806TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.76-1.780.30181500.25972482263295
1.78-1.80.30921370.233526062743100
1.8-1.820.28961500.233126222772100
1.82-1.850.24081380.209626432781100
1.85-1.870.29541330.189626002733100
1.87-1.90.2051570.186326262783100
1.9-1.930.231170.176626272744100
1.93-1.960.2421510.187126382789100
1.96-1.990.22191360.18326502786100
1.99-2.020.26851260.193526332759100
2.02-2.060.24911210.189626452766100
2.06-2.10.22611260.182326472773100
2.1-2.140.26291290.183726572786100
2.14-2.190.21561430.174226432786100
2.19-2.240.2041480.180426172765100
2.24-2.30.20621400.175126632803100
2.3-2.360.21851260.182226472773100
2.36-2.430.22531580.174726362794100
2.43-2.510.20531430.180826622805100
2.51-2.60.21251500.185426462796100
2.6-2.70.21781520.185326202772100
2.7-2.820.22031220.191626932815100
2.82-2.970.18161540.18326602814100
2.97-3.160.24421250.176827012826100
3.16-3.40.2081590.175726812840100
3.4-3.740.19561460.153127022848100
3.74-4.280.19071480.139127132861100
4.29-5.40.18191370.140327602897100
5.4-59.450.20051770.174328763053100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1533-0.59850.67732.2033-0.37131.12380.07480.1305-0.24030.0424-0.15040.10980.10080.08090.07540.1442-0.04590.00470.16540.00290.19014.5498-28.4266-20.5401
21.0656-0.1852-0.17081.57440.17041.33340.01520.0746-0.0984-0.0067-0.03520.06380.0746-0.06370.01360.1347-0.05-0.00460.1123-0.00690.14885.3252-26.7471-20.4412
31.269-0.62650.45531.93630.16770.6910.1071-0.10560.01370.2277-0.1456-0.01260.00130.20970.07830.147-0.0277-0.03430.1690.00160.147615.8181-7.0812-11.8226
40.95380.39830.50171.11650.56340.6446-0.020.0122-0.0430.06580.0325-0.14760.03710.0785-0.00120.1476-0.0148-0.00630.16830.00380.187518.9325-10.7822-13.9203
51.1043-0.79460.27141.36010.05741.40090.08260.31970.0251-0.0421-0.09320.1172-0.119-0.3172-0.00560.14930.0326-0.00390.26260.02650.1915-12.820813.792-41.8704
61.5602-0.47920.15871.3225-0.11212.16770.16020.30810.0658-0.0887-0.1549-0.014-0.0235-0.14880.0060.13130.0361-0.01010.21330.02070.1236-10.150112.5147-41.1208
71.7189-1.1253-0.63283.1542-0.17062.0516-0.0610.1373-0.18070.00240.09320.67050.056-0.9212-0.14650.29150.0179-0.09360.592-0.02820.3565-30.918416.9316-37.9518
81.9686-0.84640.2661.6083-0.15441.94560.0458-0.15870.04380.2918-0.04570.044-0.13580.1845-0.02730.241-0.0617-0.00830.0956-0.06080.1381-9.835414.8654-14.9701
93.14631.3920.82193.25291.98623.3212-0.01060.02930.19170.02470.1133-0.1557-0.2090.2355-0.12570.1781-0.01910.04160.1544-0.03010.1584-9.190322.9647-12.6676
102.25180.57022.19950.60521.09794.22480.0772-0.06540.08120.0487-0.0660.084-0.0349-0.2992-0.00760.2140.00870.02030.2055-0.02840.2314-21.267420.0362-17.5487
113.4552-2.47620.41851.95620.16952.2458-0.0120.15570.305-0.0797-0.17920.0074-0.4093-0.16510.20090.2436-0.0001-0.00980.2485-0.01240.2156-20.526423.0285-25.6212
122.31391.28810.67873.09342.8415.5380.14730.07480.04280.0071-0.0561-0.21150.0930.0783-0.09330.08480.0318-0.02280.1390.02080.1418-5.47646.9523-31.3039
132.099-0.79430.84152.40920.69314.38450.0743-0.0367-0.05720.26570.2018-0.34960.32840.4276-0.14780.1931-0.014-0.01670.2008-0.05930.1924-1.038913.2964-15.8054
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 52 )A4 - 52
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 53 through 211 )A53 - 211
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 212 through 254 )A212 - 254
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 255 through 434 )A255 - 434
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 4 through 52 )B4 - 52
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 53 through 180 )B53 - 180
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 181 through 208 )B181 - 208
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 209 through 254 )B209 - 254
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 255 through 286 )B255 - 286
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 287 through 333 )B287 - 333
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 334 through 374 )B334 - 374
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 375 through 394 )B375 - 394
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 395 through 434 )B395 - 434

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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