PDB-6wag: Crystal Structure of SmcR S76A from Vibrio Vulnificus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wag

タイトル

Crystal Structure of SmcR S76A from Vibrio Vulnificus

要素

LuxR family transcriptional regulator

キーワード

TRANSCRIPTION / quorum-sensing / transcription factor / DNA-binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio vulnificus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.575 Å

データ登録者

Newman, J.D. / Russell, M.M. / Gonzalez-Gutierrez, G. / van Kessel, J.C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: The DNA binding domain of the Vibrio vulnificus SmcR transcription factor is flexible and binds diverse DNA sequences.
著者: Newman, J.D. / Russell, M.M. / Fan, L. / Wang, Y.X. / Gonzalez-Gutierrez, G. / van Kessel, J.C.

履歴

登録	2020年3月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年6月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月30日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wag.cif.gz	341.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wag.ent.gz	279.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wag.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6wag_validation.pdf.gz	488.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wag_full_validation.pdf.gz	510.7 KB	表示
XML形式データ	6wag_validation.xml.gz	31.7 KB	表示
CIF形式データ	6wag_validation.cif.gz	42.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/6wag ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/6wag	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6waeC 6wafC 6wahC 6waiC 3kz9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6wai-1 3kz9-2 6wah-2 5x3r-1 6wae-2 6wah-1 5x3r-2 5wm9-2 6wae-1 6wai-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: LuxR family transcriptional regulator

B: LuxR family transcriptional regulator

C: LuxR family transcriptional regulator

D: LuxR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

104 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: LuxR family transcriptional regulator

B: LuxR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
51.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: LuxR family transcriptional regulator

D: LuxR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.041, 99.039, 129.679
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	LuxR family transcriptional regulator / SmcR / SmcR-like protein / TetR/AcrR family transcriptional regulator / VvpR 分子量: 25901.363 Da / 分子数: 4 / 変異: S76A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) 遺伝子: smcR, vvpR, CRN32_08135, CRN52_17705, D8T54_02235, D8T65_23975, JS86_16400 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9L8G8
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.14 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M of Lithium Sulfate, 0.1 M Imidazole buffer pH 7.6-8 and 6-10% PEG3350 PH範囲: 7.6 - 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2018年8月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.57→64.84 Å / Num. obs: 32493 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.998 / R_pim(I) all: 0.067 / R_rim(I) all: 0.172 / R_sym value: 0.158 / Net I/σ(I): 10.2
反射シェル	解像度: 2.57→2.65 Å / 冗長度: 6.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1598 / CC_1/2: 0.673 / R_pim(I) all: 0.672 / R_rim(I) all: 1.694 / R_sym value: 1.553 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.15_3459: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3kz9

3kz9

解像度: 2.575→55.418 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 34.54

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2986	1674	5.19 %
R_work	0.2446	-	-
obs	0.2474	32243	99.17 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.575→55.418 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6506	0	13	109	6628

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	6646
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.633	9020
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	1.74	3112
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	1023
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1173

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5753-2.6511	0.3924	140	0.3386	2490	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6511-2.7367	0.3508	139	0.3148	2512	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7367-2.8345	0.3576	147	0.2975	2507	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8345-2.9479	0.3396	144	0.2891	2518	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9479-3.0821	0.3627	135	0.2827	2551	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0821-3.2446	0.3183	120	0.2646	2543	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2446-3.4478	0.3284	132	0.2544	2542	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4478-3.714	0.3607	157	0.2824	2434	X-RAY DIFFRACTION	95
3.714-4.0876	0.3002	130	0.2259	2559	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0876-4.6789	0.22	144	0.1894	2568	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6789-5.8938	0.2311	142	0.2224	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8938-55.41	0.2653	144	0.2074	2724	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9715	4.7646	0.0671	5.6467	-0.7349	3.1945	0.1046	-0.4983	0.0457	0.0819	-0.5581	-0.4019	-0.6674	0.6709	0.4052	0.5213	-0.0692	-0.083	0.9833	-0.0494	0.511	34.1362	24.1218	-1.3156
2	3.3197	0.2346	-0.4615	2.485	0.0858	3.4453	-0.0514	-0.0097	0.3118	0.1448	0.0884	0.1502	-0.3059	-0.3856	0.0486	0.2579	0.1192	-0.047	0.7498	-0.0775	0.2861	17.1299	8.5933	-13.0796
3	7.7063	2.9897	1.8558	2.5199	0.2074	3.3741	-0.0284	-0.6116	-0.0339	0.092	-0.1486	-0.1549	-0.0346	0.3216	0.181	0.2837	-0.0275	0.0284	0.8639	-0.0393	0.3949	52.4911	2.027	-19.3289
4	4.6837	0.2407	-0.1132	1.777	-1.1831	4.6611	0.0806	0.4057	-0.074	-0.1765	-0.0875	-0.0012	0.21	0.277	0.0148	0.2509	0.0581	0.0174	0.6015	-0.0691	0.2245	27.4642	-1.8768	-23.6444
5	5.8384	5.0601	2.5429	6.7099	3.259	3.1834	0.3319	-0.2129	-0.1799	0.3472	-0.1851	-0.5781	-0.1319	0.0978	-0.1127	0.4105	-0.0871	-0.0224	0.6842	-0.1321	0.3785	15.9204	-26.8628	0.1389
6	3.605	0.3563	0.4361	3.4149	0.0479	4.3745	-0.1775	-0.1238	0.1148	0.0486	0.0405	-0.0307	-0.2911	0.1338	0.1367	0.2395	-0.0455	0.011	0.5337	-0.0616	0.1748	0.1572	-41.6117	-9.34
7	5.5022	1.0719	2.0576	3.7172	2.055	2.421	0.0888	0.6871	0.8052	-0.1864	-0.0268	0.5783	-0.5215	-0.7987	-0.1341	0.3116	0.1645	-0.0001	1.0101	-0.0237	0.4271	-5.4382	-41.7492	-22.6829
8	4.5894	0.4928	0.3734	4.1121	0.103	3.4101	-0.2824	-1.614	0.1261	-0.0748	0.6213	-0.5193	0.1242	0.4298	-0.3874	0.4204	-0.0537	0.0344	1.4728	-0.1831	0.6728	38.0868	-48.6614	-16.0163
9	5.7485	0.2254	-0.7975	1.3495	-0.5393	3.3561	-0.0055	0.1863	-0.0436	-0.1905	0.0141	-0.1458	0.1662	0.7958	-0.0023	0.2963	0.0437	0.0177	0.6176	-0.0759	0.2394	11.4994	-51.8614	-23.6243

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 82 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 83 through 205 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 2 through 82 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 83 through 203 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 3 through 82 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 83 through 178 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 179 through 205 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 5 through 59 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 60 through 203 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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