PDB-6wa9: Structure of the Chlamydia pneumoniae CdsV and CdsO protein complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wa9

タイトル

Structure of the Chlamydia pneumoniae CdsV and CdsO protein complex

要素

CdsO
Low calcium response locus protein D

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / Type III secretion / protein secretion / effector secretion

機能・相同性

機能・相同性情報

protein secretion / membrane => GO:0016020 / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Chlamydia pneumoniae (肺炎クラミジア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 4.62 Å

データ登録者

Jensen, J.L. / Spiller, B.W.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2020
タイトル: "The structure of the Type III secretion system export gate with CdsO, an ATPase lever arm".
著者: Jensen, J.L. / Yamini, S. / Rietsch, A. / Spiller, B.W.

履歴

登録	2020年3月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年9月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年10月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wa9.cif.gz	1.5 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wa9.ent.gz	1.3 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wa9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6wa9_validation.pdf.gz	589.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wa9_full_validation.pdf.gz	627.3 KB	表示
XML形式データ	6wa9_validation.xml.gz	120.2 KB	表示
CIF形式データ	6wa9_validation.cif.gz	161.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/6wa9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/6wa9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6wa6SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1miu-2 6f9e-d 6f9c-d 6f9d-d 4av2-d 2750 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Low calcium response locus protein D

B: Low calcium response locus protein D

C: Low calcium response locus protein D

D: Low calcium response locus protein D

E: Low calcium response locus protein D

F: Low calcium response locus protein D

G: Low calcium response locus protein D

H: Low calcium response locus protein D

I: Low calcium response locus protein D

L: CdsO

M: CdsO

N: CdsO

O: CdsO

P: CdsO

Q: CdsO

R: CdsO

S: CdsO

T: CdsO

505 kDa, 18 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	156.410, 206.610, 280.590
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Low calcium response locus protein D / CdsV / Low calcium response D / Type III secretion inner membrane protein SctV 分子量: 43706.141 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlamydia pneumoniae (肺炎クラミジア) 遺伝子: lcrD, CP_0434, CPn_0323, BN1224_CV15_B_02600, BN1224_GiD_A_03360, BN1224_H12_DC_00060, BN1224_MUL2216_E_00600, BN1224_Panola_E_01450, BN1224_PB1_B_03220, BN1224_U1271_C_01630, BN1224_UZG1_ ...遺伝子: lcrD, CP_0434, CPn_0323, BN1224_CV15_B_02600, BN1224_GiD_A_03360, BN1224_H12_DC_00060, BN1224_MUL2216_E_00600, BN1224_Panola_E_01450, BN1224_PB1_B_03220, BN1224_U1271_C_01630, BN1224_UZG1_A_03350, BN1224_Wien2_E_01080, BN1224_YK41_BG_00210, CWL029c_C_01630 プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: Q9Z8L5
#2: タンパク質	CdsO / Uncharacterized protein CPn0706 Homolog 分子量: 12444.210 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlamydia pneumoniae (肺炎クラミジア) 遺伝子: CPn0706 Homolog, CP_0040, CPn_0706, BN1224_CV15_C_01760, BN1224_DC9_BW_00120, BN1224_GiD_A_07350, BN1224_H12_EO_00120, BN1224_MUL2216_F_02570, BN1224_Panola_K_00310, BN1224_PB1_B_07230, ...遺伝子: CPn0706 Homolog, CP_0040, CPn_0706, BN1224_CV15_C_01760, BN1224_DC9_BW_00120, BN1224_GiD_A_07350, BN1224_H12_EO_00120, BN1224_MUL2216_F_02570, BN1224_Panola_K_00310, BN1224_PB1_B_07230, BN1224_U1271_C_05650, BN1224_UZG1_B_00310, BN1224_Wien2_G_03620, BN1224_YK41_BR_01530, CWL029c_E_00300 プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: Q9Z7J9

#1: タンパク質

Low calcium response locus protein D / CdsV / Low calcium response D / Type III secretion inner membrane protein SctV

分子量: 43706.141 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Chlamydia pneumoniae (肺炎クラミジア)
遺伝子: lcrD, CP_0434, CPn_0323, BN1224_CV15_B_02600, BN1224_GiD_A_03360, BN1224_H12_DC_00060, BN1224_MUL2216_E_00600, BN1224_Panola_E_01450, BN1224_PB1_B_03220, BN1224_U1271_C_01630, BN1224_UZG1_ ...
プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: Q9Z8L5

#2: タンパク質

CdsO / Uncharacterized protein CPn0706 Homolog

分子量: 12444.210 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Chlamydia pneumoniae (肺炎クラミジア)
遺伝子: CPn0706 Homolog, CP_0040, CPn_0706, BN1224_CV15_C_01760, BN1224_DC9_BW_00120, BN1224_GiD_A_07350, BN1224_H12_EO_00120, BN1224_MUL2216_F_02570, BN1224_Panola_K_00310, BN1224_PB1_B_07230, ...
プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: Q9Z7J9

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.48 %
結晶化	温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 100mM Bis-Tris pH 6.0, 4% w/v PEG 3350, 200mM ammonium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 4.62→52.27 Å / Num. obs: 50242 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7.5 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 8.1
反射シェル	解像度: 4.62→4.7 Å / Num. unique obs: 4970 / CC_1/2: 0.57

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2-3874-000	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6WA6

6wa6

解像度: 4.62→52.22 Å / SU ML: 0.78 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.27 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2855	2498	4.97 %
R_work	0.2408	-	-
obs	0.243	50239	99.43 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 4.62→52.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	29937	0	0	0	29937

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	30482
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.55	41236
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	42.469	350
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	4779
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	5216

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
4.62-4.71	0.4417	139	0.3675	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
4.71-4.8	0.3879	122	0.3661	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
4.81-4.91	0.3973	149	0.3567	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
4.91-5.02	0.3545	156	0.32	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
5.02-5.15	0.381	133	0.3256	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
5.15-5.29	0.3254	132	0.3187	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
5.29-5.44	0.3949	133	0.3003	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
5.44-5.62	0.3459	162	0.3067	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
5.62-5.82	0.3235	133	0.2867	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
5.82-6.05	0.2933	129	0.273	2613	X-RAY DIFFRACTION	99
6.05-6.33	0.3167	117	0.2678	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
6.33-6.66	0.3689	137	0.2906	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
6.66-7.08	0.3298	126	0.3052	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
7.08-7.62	0.3001	137	0.2773	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
7.62-8.39	0.3145	164	0.2414	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
8.39-9.59	0.228	150	0.1866	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
9.59-12.06	0.1958	138	0.1521	2685	X-RAY DIFFRACTION	98
12.06-52.22	0.2573	141	0.2166	2711	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1183	-3.564	-1.7095	5.3522	4.6774	6.4073	-0.6772	0.5908	-1.107	2.476	0.2886	0.2128	0.8229	-0.8566	-0.0017	3.2821	-0.9865	0.8553	3.0436	-0.2699	3.0886	-16.9844	-36.1466	-30.146
2	4.13	1.3324	5.0682	3.6259	-0.3888	7.4551	-0.8864	-0.5771	-0.4078	-2.0988	0.241	0.2556	1.6342	2.4832	0.0024	4.0081	-0.6763	1.062	2.8956	-0.0029	2.9694	-19.7829	-29.5665	-5.3383
3	8.8765	2.4494	1.1194	4.5716	-2.0564	1.6296	-1.0886	-1.0619	-3.2236	1.1176	-0.0316	-0.7739	0.8111	0.4058	-0.0392	1.6864	0.2758	1.1231	2.9459	0.5553	3.2984	-4.3594	-41.4316	-0.7796
4	2.3969	1.0893	-3.034	1.0187	0.2175	8.2385	0.0302	-0.3202	-0.1646	0.4708	-0.5886	0.4885	-0.2949	0.0971	0.0006	2.427	0.0439	0.1238	2.6866	-0.1578	2.5648	-11.5884	1.8938	-25.9803
5	2.2294	0.3403	-0.6335	2.2035	-0.9218	1.4637	-0.0905	2.0728	-0.6699	-0.6623	0.3761	0.4757	0.5144	-1.3033	1.2557	0.2898	-0.2243	0.2198	2.314	0.0346	2.2778	9.1177	-8.6514	-17.2549
6	3.0145	-0.1216	-0.6765	0.0099	-0.2085	3.3028	0.4379	-0.5015	0.2461	0.4296	-0.2425	0.4857	-1.4612	0.4384	-0.0003	2.9129	0.0037	0.2485	2.7715	-0.0792	2.631	-17.1873	34.9144	-12.5241
7	5.6473	2.1035	6.2068	5.1562	2.3443	6.7253	-0.7619	1.2899	0.6537	-1.7221	0.9697	-1.959	-0.4749	0.8565	0.0093	1.4562	-0.4515	0.2877	2.6248	-0.2139	2.2738	6.9321	28.8012	-6.4649
8	1.6959	-0.8708	-0.1893	2.0843	-0.1479	-0.0284	0.3907	0.4415	0.8987	-1.1831	0.4006	-0.4472	-1.0746	-0.1468	-0.0002	3.1545	0.112	0.7811	3.5304	0.1696	2.8131	-34.4802	51.3648	15.2652
9	4.9785	0.3463	0.357	5.6562	3.0972	5.2876	0.491	-0.4004	0.2895	0.2522	-0.4266	0.8629	-1.8102	2.0249	0.0799	1.4082	-1.1668	0.5134	1.8251	0.0874	1.8	-9.7046	52.1004	21.7791
10	2.4169	-2.7792	-0.194	4.1055	2.3707	4.6639	0.3327	0.0871	1.1159	-1.4109	-0.1194	-0.8204	-0.6581	0.3025	-0.0026	2.3166	-0.2598	0.6809	2.6524	0.1069	3.0511	-61.3444	46.873	49.6474
11	7.2403	3.1826	4.6676	8.7398	-3.2203	8.2135	0.6992	-0.0655	0.2722	-0.0744	-0.4448	-2.0375	-0.4386	-0.9216	0.0021	2.2901	-0.1047	0.602	2.5025	0.141	2.9881	-35.8518	39.0086	37.4342
12	7.5026	-5.2667	1.7616	4.8107	0.6561	3.5856	-0.2908	-0.278	0.8228	-0.4333	0.0979	0.5742	-0.8992	-0.5702	-0.0002	1.9227	-0.2827	0.2229	2.3095	-0.3185	1.8931	-30.329	49.4631	54.4841
13	7.5773	-7.8869	-7.9322	8.0932	7.538	9.5151	0.0391	0.612	-0.4191	-1.0739	-0.0598	-1.3464	0.1827	-0.5477	0.0025	2.3279	-0.0167	0.1331	2.342	0.1107	2.3831	-77.4354	10.6551	70.6068
14	5.1455	-0.2608	0.74	2.4703	2.9337	3.6388	-0.5255	-0.0151	-0.2807	0.2242	0.8705	-1.1995	0.8525	1.0093	-0.0001	2.4818	-0.017	0.1432	2.6127	0.1843	2.5091	-52.7524	18.2394	57.5802
15	6.2498	-1.3028	-0.6312	5.318	-6.5293	2.0538	0.2072	-1.1284	2.2786	0.9071	1.1849	0.3798	-1.6217	-2.4167	0.5281	1.5748	-0.4667	-0.3606	2.3393	-0.3816	1.1267	-44.6012	21.9277	77.6748
16	4.6691	0.3079	-3.9948	1.6548	2.4312	7.7109	0.3178	1.1077	1.2318	0.5645	0.2833	-1.1234	-0.3405	-0.8831	-0.0025	2.892	0.0833	0.7035	2.3494	0.1114	3.2804	-70.9794	-31.7967	62.2325
17	9.3431	7.4364	-6.0255	5.9	-4.7829	3.8435	0.1996	-0.8937	-0.5807	0.3453	-0.8915	0.0968	-0.4639	0.7144	0.0015	2.5883	0.1015	0.3341	2.6551	-0.0236	2.6605	-61.7907	-17.6234	63.5177
18	5.9133	-3.1275	-0.646	5.141	-1.6061	5.8597	-0.0537	0.3488	0.5024	1.0148	0.3375	0.8095	-0.3236	-1.08	-0.0002	0.9516	0.1362	-0.0549	1.8619	0.0492	1.8418	-47.2835	-13.7848	77.4511
19	1.022	1.1362	0.7283	4.8667	-1.291	1.3421	-0.7632	0.259	-0.3444	-1.5055	0.6083	-1.4658	0.308	-0.2517	-0.0004	2.4967	0.0821	0.4931	2.6435	-0.0811	2.6963	-51.8936	-52.1234	40.4581
20	6.727	2.9019	2.6938	9.9515	2.1988	3.4347	-0.0786	0.6385	-0.2116	1.7674	0.495	1.0665	0.2365	-0.3183	0.0009	1.2821	0.3963	0.3902	2.2887	0.2556	2.49	-36.5377	-44.6214	60.2885
21	6.6234	5.4962	0.7361	8.281	-1.6778	4.985	0.1491	1.3697	1.1756	0.6685	-0.5946	-0.302	-1.0738	-1.3157	-0.2099	2.4945	-0.1739	1.4298	2.9789	0.1522	2.5989	-33.8568	-56.1283	-1.7211
22	1.3105	-0.5775	0.1093	1.2821	1.913	3.6384	0.1686	0.633	0.6436	-2.1954	-0.1951	-2.1955	-0.8569	-0.5249	-1.8369	1.9951	-0.7346	1.4601	2.8914	-0.3784	2.631	-32.51	-64.9943	8.6117
23	6.9114	-7.7505	-1.7414	8.6324	2.0643	5.0584	0.3436	-1.0274	0.2296	-1.6121	-0.9432	-0.94	-0.9187	-0.0025	-0.9468	1.393	0.0302	0.401	2.5298	0.1503	2.4532	-29.3619	-45.1688	28.5582
24	8.994	-0.7622	0.8069	5.5187	-2.6054	6.9475	-0.1165	0.0678	-0.0426	-0.6577	0.2124	0.4845	0.1303	0.8096	0.0011	0.9077	0.4266	0.3918	2.6913	0.1016	2.6843	-14.2302	-57.2253	29.7046
25	9.4604	4.3678	2.5849	2.0209	1.1814	0.6792	-2.1444	-1.5941	7.5677	-0.7165	0.3268	1.07	-0.6625	-0.3592	-0.0378	4.952	0.0595	-0.9929	3.4044	0.2296	5.8726	-13.887	-29.1505	84.5932
26	8.6031	-7.1386	-2.5511	5.9292	2.1155	0.712	-0.4505	-4.2094	6.2865	-0.7699	0.338	-1.3985	-4.0507	-1.1927	0.4015	3.0041	-0.26	0.0203	3.9167	0.2911	2.308	-20.3918	-28.1729	75.4043
27	2.9259	-0.9971	0.94	4.5977	1.635	1.1632	2.8045	-5.7597	2.2076	2.0287	-2.6008	-0.4513	-0.8083	-1.7456	0.0028	3.7719	-1.2166	-0.9106	4.7105	-0.2403	4.1541	-30.1333	2.2181	90.8051
28	3.4136	2.4324	0.853	1.7182	0.6051	0.1902	-2.7539	-2.0176	1.914	-0.9076	0.9511	-1.3444	-0.9388	-0.798	0.0017	2.4834	0.4514	0.3002	3.867	-0.2307	3.6047	-26.6237	1.6967	81.9584
29	1.015	-2.2997	1.6064	5.3577	-3.7079	2.4712	4.7756	-0.1963	3.0152	-1.6361	-3.0847	-0.1403	0.7421	0.4302	0.0835	3.3852	-0.7121	-0.2971	4.385	-0.2687	4.2343	-13.7596	36.0445	79.0837
30	3.1879	3.686	-2.1307	4.789	-2.7925	1.6056	-4.4941	-1.4779	0.4757	-1.4255	1.6146	-0.8993	-1.2488	0.3705	-0.0029	4.2784	0.6393	-0.0465	3.0881	0.0966	3.5319	-13.4263	29.0962	73.9979
31	1.5931	-0.8741	-0.0662	3.6719	3.7828	4.3678	-3.8774	-3.1878	-0.4395	4.3795	1.0038	-1.5779	3.8322	-0.9875	-0.3273	4.789	-0.1879	-0.0873	4.7747	0.319	4.6376	-2.481	54.2491	50.0768
32	8.5332	-7.6542	-1.4048	7.9613	2.6538	1.9083	-3.5022	2.0073	0.9806	-2.9096	1.2488	-1.8138	2.7343	-0.1569	1.3846	7.702	-1.4973	0.4027	4.1362	1.4554	3.8239	-1.6467	44.5709	49.7104
33	2.7431	-2.9426	2.6152	3.424	-2.7214	2.512	0.3651	4.0534	1.6323	3.2196	-1.6082	-3.0051	-1.0782	1.6114	-0.1063	3.6484	-1.0858	-0.2112	5.9599	-0.3522	4.7628	16.0139	41.9335	17.4615
34	0.0651	0.6222	-0.1456	5.2854	-1.3827	0.3533	-3.7815	8.0155	0.734	-3.4861	0.4737	-5.638	-1.544	6.065	-2.24	4.4785	-1.9598	0.106	7.6716	-0.7637	4.8768	11.3792	34.1473	20.4823
35	1.1409	0.5079	1.7243	1.4517	1.3478	2.8345	-2.6251	1.4575	0.8156	-0.695	-2.0285	-4.1738	0.7707	0.3915	0.0038	2.2406	-0.5944	0.3066	4.3637	0.9975	4.5606	27.9878	10.5209	-1.7722
36	2.0081	7.9132	9.0667	5.5092	6.3247	7.2777	5.0823	1.62	-4.9439	0.8577	-1.7062	-1.0189	3.7528	1.9593	3.1845	4.023	-0.8338	0.6829	5.3673	-0.0382	2.7479	22.4619	7.8853	5.757
37	1.2705	-0.7691	0.5099	0.5602	-0.269	0.2073	-2.2842	-2.0286	4.0622	0.6908	0.948	-0.2999	2.7699	-0.4463	0.0011	2.7701	-0.4748	0.1999	5.4002	-0.2899	4.194	22.4161	-25.9809	-6.4673
38	9.0756	8.9613	9.0529	8.8178	8.9182	9.0176	2.077	-2.7978	-1.887	1.8966	-1.4157	-0.04	2.8375	-2.819	-3.8064	1.6288	-0.6499	-0.289	4.0191	-0.8471	2.7532	18.8479	-22.8734	4.2395
39	5.4061	-6.8223	-8.3394	8.6066	2	1.9979	0.5182	1.2038	-2.6996	-1.8902	-3.0133	7.7208	2.7777	-5.4047	-0.7143	5.2392	0.8256	-0.0446	2.39	-0.2136	3.8537	8.8516	-55.0672	15.7755
40	4.5822	-4.7706	2.3882	5.3944	-1.5941	3.093	-1.4549	1.0127	0.6862	1.0964	-0.6674	1.231	0.8849	-2.4561	2.8025	3.3952	-1.8322	-0.6754	3.5453	0.4634	6.0379	-2.0898	-51.0771	14.2018
41	0.1866	0.3403	0.6075	1.0553	1.18	1.8363	1.1899	-0.5831	0.1966	-0.7301	-0.6888	0.6278	2.0494	1.3423	-0.006	3.405	0.1513	-0.1732	5.2781	0.4929	3.6362	-2.4569	-50.8683	59.8992
42	2.4099	0.6551	2.1154	1.7647	-0.5061	2.5183	-0.3882	-3.3241	-0.3516	1.0855	-0.6796	-2.4645	-1.0242	-0.1573	0.0003	2.4623	-0.5132	-0.635	3.7261	0.3344	4.2169	-8.2194	-46.2584	52.6153

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 364 through 497 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 498 through 560 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 561 through 700 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 362 through 594 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 595 through 709 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 362 through 603 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 604 through 708 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 363 through 604 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 605 through 708 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'E' and (resid 362 through 532 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'E' and (resid 533 through 612 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'E' and (resid 613 through 708 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'F' and (resid 364 through 497 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'F' and (resid 498 through 612 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'F' and (resid 613 through 709 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'G' and (resid 362 through 461 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'G' and (resid 462 through 579 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'G' and (resid 580 through 710 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'H' and (resid 362 through 579 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'H' and (resid 580 through 705 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'I' and (resid 362 through 451 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'I' and (resid 452 through 532 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'I' and (resid 533 through 616 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'I' and (resid 617 through 708 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'L' and (resid 23 through 65 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'L' and (resid 66 through 105 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'M' and (resid 36 through 68 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'M' and (resid 69 through 100 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'N' and (resid 25 through 68 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'N' and (resid 69 through 110 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'O' and (resid 33 through 68 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'O' and (resid 69 through 106 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'P' and (resid 36 through 68 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'P' and (resid 69 through 100 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'Q' and (resid 34 through 68 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'Q' and (resid 69 through 104 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'R' and (resid 42 through 68 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'R' and (resid 69 through 100 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'S' and (resid 45 through 65 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'S' and (resid 66 through 84 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'T' and (resid 28 through 65 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'T' and (resid 66 through 102 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)