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Yorodumi- PDB-6wa9: Structure of the Chlamydia pneumoniae CdsV and CdsO protein complex -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6wa9 | ||||||
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Title | Structure of the Chlamydia pneumoniae CdsV and CdsO protein complex | ||||||
Components |
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Keywords | PROTEIN TRANSPORT / Type III secretion / protein secretion / effector secretion | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Chlamydia pneumoniae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 4.62 Å | ||||||
Authors | Jensen, J.L. / Spiller, B.W. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Plos Pathog. / Year: 2020 Title: "The structure of the Type III secretion system export gate with CdsO, an ATPase lever arm". Authors: Jensen, J.L. / Yamini, S. / Rietsch, A. / Spiller, B.W. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6wa9.cif.gz | 1.5 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6wa9.ent.gz | 1.3 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6wa9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6wa9_validation.pdf.gz | 589.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6wa9_full_validation.pdf.gz | 627.3 KB | Display | |
Data in XML | 6wa9_validation.xml.gz | 120.2 KB | Display | |
Data in CIF | 6wa9_validation.cif.gz | 161.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/6wa9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/6wa9 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6wa6SC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 43706.141 Da / Num. of mol.: 9 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Chlamydia pneumoniae (bacteria) Gene: lcrD, CP_0434, CPn_0323, BN1224_CV15_B_02600, BN1224_GiD_A_03360, BN1224_H12_DC_00060, BN1224_MUL2216_E_00600, BN1224_Panola_E_01450, BN1224_PB1_B_03220, BN1224_U1271_C_01630, BN1224_UZG1_A_ ...Gene: lcrD, CP_0434, CPn_0323, BN1224_CV15_B_02600, BN1224_GiD_A_03360, BN1224_H12_DC_00060, BN1224_MUL2216_E_00600, BN1224_Panola_E_01450, BN1224_PB1_B_03220, BN1224_U1271_C_01630, BN1224_UZG1_A_03350, BN1224_Wien2_E_01080, BN1224_YK41_BG_00210, CWL029c_C_01630 Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Star / References: UniProt: Q9Z8L5 #2: Protein | Mass: 12444.210 Da / Num. of mol.: 9 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Chlamydia pneumoniae (bacteria) Gene: CPn0706 Homolog, CP_0040, CPn_0706, BN1224_CV15_C_01760, BN1224_DC9_BW_00120, BN1224_GiD_A_07350, BN1224_H12_EO_00120, BN1224_MUL2216_F_02570, BN1224_Panola_K_00310, BN1224_PB1_B_07230, BN1224_ ...Gene: CPn0706 Homolog, CP_0040, CPn_0706, BN1224_CV15_C_01760, BN1224_DC9_BW_00120, BN1224_GiD_A_07350, BN1224_H12_EO_00120, BN1224_MUL2216_F_02570, BN1224_Panola_K_00310, BN1224_PB1_B_07230, BN1224_U1271_C_05650, BN1224_UZG1_B_00310, BN1224_Wien2_G_03620, BN1224_YK41_BR_01530, CWL029c_E_00300 Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Star / References: UniProt: Q9Z7J9 |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.47 Å3/Da / Density % sol: 72.48 % |
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Crystal grow | Temperature: 294.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 100mM Bis-Tris pH 6.0, 4% w/v PEG 3350, 200mM ammonium acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-D / Wavelength: 0.9785 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 26, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9785 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 4.62→52.27 Å / Num. obs: 50242 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 7.5 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 8.1 |
Reflection shell | Resolution: 4.62→4.7 Å / Num. unique obs: 4970 / CC1/2: 0.57 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6WA6 Resolution: 4.62→52.22 Å / SU ML: 0.78 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 35.27 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 4.62→52.22 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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