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万見
- PDB-6wa3: Solution NMR structure of the myristoylated feline immunodeficien... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wa3
タイトルSolution NMR structure of the myristoylated feline immunodeficiency virus matrix protein
要素Matrix protein
キーワードVIRAL PROTEIN / FIV
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding via host ESCRT complex / viral process / viral capsid / viral nucleocapsid / structural constituent of virion / nucleic acid binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
MYRISTIC ACID / Gag polyprotein / GAG protein
類似検索 - 構成要素
生物種Feline immunodeficiency virus (ネコ免疫不全ウイルス)
手法溶液NMR / na
データ登録者Brown, J.B. / Summers, H.R. / Brown, L.A. / Marchant, J. / Canova, P.N. / O'Hern, C.T. / Abbott, S. / Nyaunu, C. / Maxwell, S. / Johnson, T. ...Brown, J.B. / Summers, H.R. / Brown, L.A. / Marchant, J. / Canova, P.N. / O'Hern, C.T. / Abbott, S. / Nyaunu, C. / Maxwell, S. / Johnson, T. / Moser, M. / Ablan, S.D. / Carter, H. / Freed, E.O. / Summers, M.F.
資金援助 米国, 9件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM066706 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM042561 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)IMSD R25 GM-055036-18 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U54 GM103297 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DGE-1144243 米国
National Science Foundation (NSF, United States)1460653 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R37 AI30917 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural and Mechanistic Studies of the Rare Myristoylation Signal of the Feline Immunodeficiency Virus.
著者: Brown, J.B. / Summers, H.R. / Brown, L.A. / Marchant, J. / Canova, P.N. / O'Hern, C.T. / Abbott, S.T. / Nyaunu, C. / Maxwell, S. / Johnson, T. / Moser, M.B. / Ablan, S.D. / Carter, H. / ...著者: Brown, J.B. / Summers, H.R. / Brown, L.A. / Marchant, J. / Canova, P.N. / O'Hern, C.T. / Abbott, S.T. / Nyaunu, C. / Maxwell, S. / Johnson, T. / Moser, M.B. / Ablan, S.D. / Carter, H. / Freed, E.O. / Summers, M.F.
履歴
登録2020年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02023年5月17日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_seq_id / _entity.formula_weight / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_site_gen.label_seq_id
改定 2.12023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Matrix protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9402
ポリマ－13,7121
非ポリマー2281
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area650 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area7630 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 Matrix protein


分子量: 13711.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Feline immunodeficiency virus (ネコ免疫不全ウイルス)
遺伝子: GAG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q66971, UniProt: P16087*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
315isotropic12D 1H-1H NOESY
221isotropic12D 1H-15N HSQC
234isotropic13D CBCA(CO)NH
244isotropic13D HN(CA)CB
254isotropic13D HNCO
264isotropic13D HN(CA)CO
271isotropic13D 1H-15N NOESY
2114isotropic14D HSQC-NOESY-HMQC
3102isotropic14D HMQC-NOESY-HMQC
392isotropic12D 1H-13C HMQC
383isotropic12D 1H-13C HMQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution150 mM sodium phosphate, 10 mM DTT, 5 mM sodium chloride, 4 g/L glucose, 1 g/L [U-99% 15N] ammonium chloride, 300 uM [U-15N] Feline Immunodeficiency Virus Myristoylated Matrix Protein, 90% H2O/10% D2O1H/15N90% H2O/10% D2O
solution250 mM sodium phosphate, 10 mM [U-98% 2H] DTT, 5 mM sodium chloride, 4 g/L [U-99% 13C] glucose, 1 g/L ammonium chloride, 300 uM [U-13C] Feline Immunodeficiency Virus Myristoylated Matrix Protein, 100% D2O1H/13C_1100% D2O
solution350 mM sodium phosphate, 10 mM [U-98% 2H] DTT, 5 mM sodium chloride, 4 g/L [U-99% 13C] glucose, 1 g/L ammonium chloride, 50 mg/L Myristoyl coenzyme A, 300 uM [U-13C] Feline Immunodeficiency Virus Myristoylated Matrix Protein, 100% D2O1H/13C_2100% D2O
solution450 mM sodium phosphate, 10 mM DTT, 5 mM sodium chloride, 4 g/L [U-99% 13C] glucose, 1 g/L [U-99% 15N] ammonium chloride, 300 uM [U-13C; U-15N] Feline Immunodeficiency Virus Myristoylated Matrix Protein, 90% H2O/10% D2O1H/15N/13C90% H2O/10% D2O
solution550 mM sodium phosphate, 10 mM [U-98% 2H] DTT, 5 mM sodium chloride, 4 g/L glucose, 1 g/L ammonium chloride, 300 uM Feline Immunodeficiency Virus Myristoylated Matrix Protein, 100% D2O1H100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
50 mMsodium phosphatenatural abundance1
10 mMDTTnatural abundance1
5 mMsodium chloridenatural abundance1
4 g/Lglucosenatural abundance1
1 g/Lammonium chloride[U-99% 15N]1
300 uMFeline Immunodeficiency Virus Myristoylated Matrix Protein[U-15N]1
50 mMsodium phosphatenatural abundance2
10 mMDTT[U-98% 2H]2
5 mMsodium chloridenatural abundance2
4 g/Lglucose[U-99% 13C]2
1 g/Lammonium chloridenatural abundance2
300 uMFeline Immunodeficiency Virus Myristoylated Matrix Protein[U-13C]2
50 mMsodium phosphatenatural abundance3
10 mMDTT[U-98% 2H]3
5 mMsodium chloridenatural abundance3
4 g/Lglucose[U-99% 13C]3
1 g/Lammonium chloridenatural abundance3
50 mg/LMyristoyl coenzyme Anatural abundance3
300 uMFeline Immunodeficiency Virus Myristoylated Matrix Protein[U-13C]3
50 mMsodium phosphatenatural abundance4
10 mMDTTnatural abundance4
5 mMsodium chloridenatural abundance4
4 g/Lglucose[U-99% 13C]4
1 g/Lammonium chloride[U-99% 15N]4
300 uMFeline Immunodeficiency Virus Myristoylated Matrix Protein[U-13C; U-15N]4
50 mMsodium phosphatenatural abundance5
10 mMDTT[U-98% 2H]5
5 mMsodium chloridenatural abundance5
4 g/Lglucosenatural abundance5
1 g/Lammonium chloridenatural abundance5
300 uMFeline Immunodeficiency Virus Myristoylated Matrix Proteinnatural abundance5
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
25 mMconditions_181 atm298 K
35 mMconditions_28 pD1 atm298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRFxJohnson, One Moon Scientific解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
TopSpinBruker Biospincollection
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
精密化手法: na / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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