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万見
- PDB-6w9z: De novo designed receptor transmembrane domains enhance CAR-T cyt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w9z
タイトルDe novo designed receptor transmembrane domains enhance CAR-T cytotoxicity and attenuate cytokine release
要素De novo designed receptor transmembrane domain ProMP C2.1
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Transmembrane domain / de novo design
機能・相同性(2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Call, M.J. / Call, M.E. / Chandler, N.J. / Nguyen, J.V. / Trenker, R.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1158249 オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: De novo designed receptor transmembrane domains enhance CAR-T cytotoxicity and attenuate cytokine release
著者: Elazar, A. / Chandler, N.J. / Davey, A.S. / Weinstein, J.Y. / Nguyen, J.V. / Trenker, R. / Jenkins, M. / Call, M.J. / Call, M.E. / Fleishman, S.J.
履歴
登録2020年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年6月16日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / struct_asym / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _struct_site_gen.label_asym_id
改定 2.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: De novo designed receptor transmembrane domain ProMP C2.1
B: De novo designed receptor transmembrane domain ProMP C2.1
C: De novo designed receptor transmembrane domain ProMP C2.1
D: De novo designed receptor transmembrane domain ProMP C2.1
E: De novo designed receptor transmembrane domain ProMP C2.1
F: De novo designed receptor transmembrane domain ProMP C2.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8058
ポリマ－21,0926
非ポリマー7132
水362
1
A: De novo designed receptor transmembrane domain ProMP C2.1
B: De novo designed receptor transmembrane domain ProMP C2.1
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, deep sequencing - ToxCAT - beta-Lactamase assay for oligomerisation in E.coli membrane, native gel electrophoresis, Heat stable oligomers by SDS-PAGE.
  • 7.39 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3873
ポリマ－7,0312
非ポリマー3571
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1120 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area5340 Å2
手法PISA
2
C: De novo designed receptor transmembrane domain ProMP C2.1
D: De novo designed receptor transmembrane domain ProMP C2.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3873
ポリマ－7,0312
非ポリマー3571
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1170 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area5330 Å2
手法PISA
3
E: De novo designed receptor transmembrane domain ProMP C2.1
F: De novo designed receptor transmembrane domain ProMP C2.1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0312
ポリマ－7,0312
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area940 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area5070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.100, 56.205, 91.637
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
De novo designed receptor transmembrane domain ProMP C2.1


分子量: 3515.323 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pMM-TrpLE fusion / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物 ChemComp-OLB / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-O-オレオイル-L-グリセロ-ル


分子量: 356.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.2 % / 解説: Rhomboid Plates
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.7
詳細: 40 mg/ml peptide in LCP 8 v/v 2-methyl-2,4-pentanediol 0.1 M ADA pH 6.7 0.4 M potassium nitrate 0.1 M tripotassium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95366 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95366 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→39.74 Å / Num. obs: 6655 / % possible obs: 96.14 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.07022 / Rpim(I) all: 0.03716 / Rrim(I) all: 0.0798 / Net I/σ(I): 13.26
反射 シェル解像度: 2.7→2.796 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.8554 / Mean I/σ(I) obs: 1.86 / Num. unique obs: 444 / CC1/2: 0.615 / CC star: 0.4492 / Rpim(I) all: 0.4492 / Rrim(I) all: 0.9694 / % possible all: 68.62

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSJan 26, 2018 BUILT=20180319データ削減
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EH6

5eh6


解像度: 2.7→39.738 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 28.78
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2755 642 10.02 %
Rwork0.2189 --
obs0.2244 6409 96.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 102.32 Å2 / Biso mean: 38.0009 Å2 / Biso min: 9.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→39.738 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1427 0 50 2 1479
Biso mean--44.66 38.1 -
残基数----173
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.7-2.90840.30461100.199897083
2.9084-3.2010.28651260.20751156100
3.201-3.66390.25521320.20461183100
3.6639-4.6150.29551330.21691197100
4.615-39.7380.25591410.2414126199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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