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- PDB-6w9t: Crystal structure of Neisseria meningitidis ClpP protease complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w9t
タイトルCrystal structure of Neisseria meningitidis ClpP protease complex with small molecule activator ACP1-06
要素ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
キーワードHYDROLASE / Serine protease / proteostasis / activator / complex / antibacterial drugs
機能・相同性
機能・相同性情報


endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / ATPase binding / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ClpP, Ser active site / Endopeptidase Clp serine active site. / ClpP, histidine active site / Endopeptidase Clp histidine active site. / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Clp protease proteolytic subunit /Translocation-enhancing protein TepA / Clp protease / ClpP/crotonase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-KHS / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Mabanglo, M.F. / Houry, W.A.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-148564 カナダ
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2020
タイトル: Development of Antibiotics That Dysregulate the Neisserial ClpP Protease.
著者: Binepal, G. / Mabanglo, M.F. / Goodreid, J.D. / Leung, E. / Barghash, M.M. / Wong, K.S. / Lin, F. / Cossette, M. / Bansagi, J. / Song, B. / Balasco Serrao, V.H. / Pai, E.F. / Batey, R.A. / ...著者: Binepal, G. / Mabanglo, M.F. / Goodreid, J.D. / Leung, E. / Barghash, M.M. / Wong, K.S. / Lin, F. / Cossette, M. / Bansagi, J. / Song, B. / Balasco Serrao, V.H. / Pai, E.F. / Batey, R.A. / Gray-Owen, S.D. / Houry, W.A.
履歴
登録2020年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,68815
ポリマ－154,9477
非ポリマー7418
水12,683704
1
A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
ヘテロ分子

A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)311,37630
ポリマ－309,89514
非ポリマー1,48116
水25214
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545x,-y-1,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.328, 119.150, 127.763
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-485-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 23 through 131 or resid 137 through 200))
21(chain B and (resid 23 through 131 or resid 137 through 200))
31(chain C and (resid 23 through 131 or resid 137 through 200))
41(chain D and (resid 23 through 131 or resid 137 through 200))
51(chain E and (resid 23 through 131 or resid 137 through 200))
61(chain F and resid 23 through 200)
71(chain G and resid 23 through 200)

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPILEILE(chain A and (resid 23 through 131 or resid 137 through 200))AA23 - 13118 - 126
12GLYGLYALAALA(chain A and (resid 23 through 131 or resid 137 through 200))AA137 - 200132 - 195
21ASPASPILEILE(chain B and (resid 23 through 131 or resid 137 through 200))BB23 - 13118 - 126
22GLYGLYALAALA(chain B and (resid 23 through 131 or resid 137 through 200))BB137 - 200132 - 195
31ASPASPILEILE(chain C and (resid 23 through 131 or resid 137 through 200))CC23 - 13118 - 126
32GLYGLYALAALA(chain C and (resid 23 through 131 or resid 137 through 200))CC137 - 200132 - 195
41ASPASPILEILE(chain D and (resid 23 through 131 or resid 137 through 200))DD23 - 13118 - 126
42GLYGLYALAALA(chain D and (resid 23 through 131 or resid 137 through 200))DD137 - 200132 - 195
51ASPASPILEILE(chain E and (resid 23 through 131 or resid 137 through 200))EE23 - 13118 - 126
52GLYGLYALAALA(chain E and (resid 23 through 131 or resid 137 through 200))EE137 - 200132 - 195
61ASPASPALAALA(chain F and resid 23 through 200)FF23 - 20018 - 195
71ASPASPALAALA(chain G and resid 23 through 200)GG23 - 20018 - 195

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要素

#1: タンパク質
ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Endopeptidase Clp


分子量: 22135.324 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
遺伝子: clpP, COI09_01760, ERS514410_00057 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0Y5K536, UniProt: Q9JZ38*PLUS, endopeptidase Clp
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-KHS / N-{2-[(2-chlorophenyl)sulfanyl]ethyl}-2-methyl-2-{[5-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]sulfonyl}propanamide


分子量: 466.925 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H18ClF3N2O3S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 704 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1 M sodium acetate, 40% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX340-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→119.15 Å / Num. obs: 179842 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.16 / Net I/σ(I): 12.1 / Num. measured all: 1012426 / Scaling rejects: 15354
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.64-1.662.10.5651437866910.4650.4260.712175.1
8.96-119.1560.066760812770.9960.0280.0723299.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
Aimless0.5.32データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6NB1

6nb1


解像度: 1.64→97.33 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 32.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2816 2010 1.12 %
Rwork0.2373 177760 -
obs0.2378 179770 98.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 200.83 Å2 / Biso mean: 35.0506 Å2 / Biso min: 6.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.64→97.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9775 0 101 704 10580
Biso mean--65.68 36.68 -
残基数----1249
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0129971
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.28213428
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.4211343
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0621527
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081742
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3661X-RAY DIFFRACTION7.591TORSIONAL
12B3661X-RAY DIFFRACTION7.591TORSIONAL
13C3661X-RAY DIFFRACTION7.591TORSIONAL
14D3661X-RAY DIFFRACTION7.591TORSIONAL
15E3661X-RAY DIFFRACTION7.591TORSIONAL
16F3661X-RAY DIFFRACTION7.591TORSIONAL
17G3661X-RAY DIFFRACTION7.591TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.64-1.680.4081150.3842103671048281
1.68-1.720.38471430.3537122941243796
1.72-1.770.35781370.31791281212949100
1.77-1.830.3351460.30061280712953100
1.83-1.890.33061490.28321281212961100
1.89-1.970.32241420.27741282912971100
1.97-2.060.32081540.27271288813042100
2.06-2.170.30361390.26981284312982100
2.17-2.30.31991480.25581283912987100
2.3-2.480.30041430.24911295313096100
2.48-2.730.25241460.24111291313059100
2.73-3.130.30231450.2267129361308199
3.13-3.940.23771460.2021304813194100
3.94-97.330.23791570.1927134191357699
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -22.681 Å / Origin y: -44.0536 Å / Origin z: 17.2806 Å
111213212223313233
T0.1536 Å2-0.0274 Å2-0.0161 Å2-0.1346 Å2-0.021 Å2--0.0448 Å2
L0.0354 °2-0.114 °2-0.0239 °2-0.6241 °20.0717 °2--0.0525 °2
S0.0089 Å °-0.0057 Å °0.0214 Å °0.3469 Å °-0.0191 Å °0.1299 Å °-0.0769 Å °-0.0314 Å °0.0368 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA7 - 201
2X-RAY DIFFRACTION1allB7 - 200
3X-RAY DIFFRACTION1allC8 - 202
4X-RAY DIFFRACTION1allD8 - 203
5X-RAY DIFFRACTION1allE23 - 200
6X-RAY DIFFRACTION1allF8 - 201
7X-RAY DIFFRACTION1allG23 - 201
8X-RAY DIFFRACTION1allX1
9X-RAY DIFFRACTION1allY1 - 7
10X-RAY DIFFRACTION1allZ1 - 889

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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