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- PDB-6w8c: K2P2.1 (TREK-1):ML335 complex, 1 mM K+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w8c
タイトルK2P2.1 (TREK-1):ML335 complex, 1 mM K+
要素Potassium channel subfamily K member 2
キーワードMETAL TRANSPORT / ion channel / K2P / TREK1 / TREK-1
機能・相同性
機能・相同性情報


TWIK related potassium channel (TREK) / Phase 4 - resting membrane potential / cellular response to arachidonate / mechanosensitive potassium channel activity / positive regulation of cellular response to hypoxia / stabilization of membrane potential / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of touch / chemical synaptic transmission, postsynaptic / cardiac ventricle development / ligand-gated channel activity ...TWIK related potassium channel (TREK) / Phase 4 - resting membrane potential / cellular response to arachidonate / mechanosensitive potassium channel activity / positive regulation of cellular response to hypoxia / stabilization of membrane potential / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of touch / chemical synaptic transmission, postsynaptic / cardiac ventricle development / ligand-gated channel activity / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / potassium ion leak channel activity / negative regulation of DNA biosynthetic process / astrocyte projection / node of Ranvier / outward rectifier potassium channel activity / glutamate secretion / cochlea development / regulation of synaptic transmission, GABAergic / voltage-gated potassium channel activity / response to axon injury / neuronal action potential / voltage-gated potassium channel complex / calyx of Held / chloride transmembrane transport / regulation of membrane potential / postsynaptic density membrane / potassium ion transport / sarcolemma / Schaffer collateral - CA1 synapse / memory / cellular response to hypoxia / G protein-coupled receptor signaling pathway / apical plasma membrane / protein heterodimerization activity / neuronal cell body / dendrite / cell surface / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Two pore domain potassium channel, TREK / Two pore domain potassium channel / Potassium channel domain / Ion channel
類似検索 - ドメイン・相同性
UNDECANOIC ACID / heptyl beta-D-glucopyranoside / : / DODECANE / Chem-IEP / : / PENTANE / N-OCTANE / Chem-Q6F / HEXADECANE ...UNDECANOIC ACID / heptyl beta-D-glucopyranoside / : / DODECANE / Chem-IEP / : / PENTANE / N-OCTANE / Chem-Q6F / HEXADECANE / UNDECANE / Potassium channel subfamily K member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Lolicato, M. / Minor, D.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)NIH-R01-MH093603 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: K 2P channel C-type gating involves asymmetric selectivity filter order-disorder transitions.
著者: Lolicato, M. / Natale, A.M. / Abderemane-Ali, F. / Crottes, D. / Capponi, S. / Duman, R. / Wagner, A. / Rosenberg, J.M. / Grabe, M. / Minor Jr., D.L.
履歴
登録2020年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Potassium channel subfamily K member 2
B: Potassium channel subfamily K member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,98330
ポリマ－68,6082
非ポリマー6,37528
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17170 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area31900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.129, 119.783, 128.872
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 AB

#1: タンパク質 Potassium channel subfamily K member 2 / Outward rectifying potassium channel protein TREK-1 / TREK-1 K(+) channel subunit / Two pore ...Outward rectifying potassium channel protein TREK-1 / TREK-1 K(+) channel subunit / Two pore potassium channel TPKC1


分子量: 34303.938 Da / 分子数: 2
変異: K84R, Q85E, T86K, I88L, A89R, Q90A, A92P, N95S, S96D, T97Q, N119A, S300A, E306A
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kcnk2 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P97438
#5: 糖
ChemComp-B7G / heptyl beta-D-glucopyranoside / HEPTYL-BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE / heptyl beta-D-glucoside / heptyl D-glucoside / heptyl glucoside / ヘプチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 278.342 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H26O6
識別子タイププログラム
heptyl-b-D-GlucopyranosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 11種, 25分子

#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-R16 / HEXADECANE / ヘキサデカン


分子量: 226.441 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34
#4: 化合物 ChemComp-Q6F / N-[(2,4-dichlorophenyl)methyl]-4-[(methylsulfonyl)amino]benzamide


分子量: 373.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H14Cl2N2O3S
#6: 化合物 ChemComp-IEP / [(2~{S})-1-octadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1~{R},2~{R},3~{S},4~{S},5~{S},6~{S})-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propan-2-yl] icosa-5,8,11,14-tetraenoate


分子量: 1047.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H85O19P3
#7: 化合物 ChemComp-11A / UNDECANOIC ACID / ウンデカン酸


分子量: 186.291 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H22O2 / コメント: 抗真菌剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#9: 化合物 ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン


分子量: 114.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18
#10: 化合物 ChemComp-D12 / DODECANE / ドデカン


分子量: 170.335 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26
#11: 化合物 ChemComp-UND / UNDECANE / LIPID FRAGMENT / ウンデカン


分子量: 156.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H24
#12: 化合物 ChemComp-LNK / PENTANE / ペンタン


分子量: 72.149 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12
#13: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.43 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 22-25% PEG400, 100mM HEPES pH=8.0, 1mM CdCl2, 200mM KCl

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
2451N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 23-ID-D11.03321
シンクロトロンDiamond I2322.75
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS 6M1PIXEL2017年3月23日
DECTRIS PILATUS 12M2PIXEL2019年3月4日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-IDモノクロメーター
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2silicon crystal
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.033211
22.751
反射解像度: 2.6→46.49 Å / Num. obs: 32731 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / Num. unique obs: 3898 / CC1/2: 0.192

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3 (6-FEB-2020)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
GDA2.11.4データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6cq6

6cq6


解像度: 2.6→14.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU R Cruickshank DPI: 0.386 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.365 / SU Rfree Blow DPI: 0.252 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.26
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2626 1581 -RANDOM
Rwork0.2512 ---
obs0.2518 32466 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 122.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-21.3513 Å20 Å20 Å2
2---13.5926 Å20 Å2
3----7.7588 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.51 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→14.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4341 0 399 1 4741
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0134828HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.466495HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1701SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes741HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4828HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion651SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3887SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion6.95
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion24.51
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.62 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2184 33 -
Rwork0.2415 --
obs0.2403 650 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.22970.11930.06740.2146-0.24760.2949-0.00040.00680.00040.00680.0031-0.00530.0004-0.0053-0.0027-0.0035-0.0026-0.0023-0.00030.0099-0.00080.6054-20.1158-20.3902
20.08540.0373-0.03070.2714-0.17310.1667-0.0001-0.00060.0021-0.00060.0014-0.00070.0021-0.0007-0.00130.0003-0.00350.0008-0.0030.0071-0.00174.5886-27.0159-33.8259
30.01180.008-0.01550.02890.00240.0081-0.00010.00030.00010.00030-0.00020.0001-0.00020-0.00020.0002-0.0010.00010.0005-0.000210.3433-12.1715-29.9115
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|35 - A|321 }A35 - 321
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|35 - B|316 }B35 - 316
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|410 - A|410 B|414 - B|414 }A410
4X-RAY DIFFRACTION3{ A|410 - A|410 B|414 - B|414 }B414

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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