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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6w8a | ||||||
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タイトル | K2P2.1 (TREK-1):ML335 complex, 10 mM K+ | ||||||
要素 | Potassium channel subfamily K member 2 | ||||||
キーワード | METAL TRANSPORT / ion channel (イオンチャネル) / K2P / TREK1 / TREK-1 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 TWIK related potassium channel (TREK) / Phase 4 - resting membrane potential / positive regulation of cellular response to hypoxia / cardiac ventricle development / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / stabilization of membrane potential / potassium ion leak channel activity / astrocyte projection / potassium channel inhibitor activity / negative regulation of DNA biosynthetic process ...TWIK related potassium channel (TREK) / Phase 4 - resting membrane potential / positive regulation of cellular response to hypoxia / cardiac ventricle development / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / stabilization of membrane potential / potassium ion leak channel activity / astrocyte projection / potassium channel inhibitor activity / negative regulation of DNA biosynthetic process / outward rectifier potassium channel activity / cochlea development / voltage-gated potassium channel activity / ヘルト萼状シナプス / response to axon injury / axon terminus / response to mechanical stimulus / potassium ion transmembrane transport / voltage-gated potassium channel complex / regulation of membrane potential / potassium ion transport / 記憶 / cellular response to hypoxia / apical plasma membrane / G protein-coupled receptor signaling pathway / 神経繊維 / neuronal cell body / 細胞膜 / 小胞体 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.002 Å | ||||||
データ登録者 | Lolicato, M. / Minor, D.L. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020 タイトル: K 2P channel C-type gating involves asymmetric selectivity filter order-disorder transitions. 著者: Lolicato, M. / Natale, A.M. / Abderemane-Ali, F. / Crottes, D. / Capponi, S. / Duman, R. / Wagner, A. / Rosenberg, J.M. / Grabe, M. / Minor Jr., D.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6w8a.cif.gz | 249.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6w8a.ent.gz | 200.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6w8a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/6w8a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/6w8a | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6w7bC 6w7cC 6w7dC 6w7eC 6w82C 6w83C 6w84C 6w85C 6w86C 6w87C 6w88C 6w8cC 6w8fC 6cq6S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 34303.938 Da / 分子数: 2 変異: K84R, Q85E, T86K, I88L, A89R, Q90A, A92P, N95S, S96D, T97Q, N119A, S300A, E306A 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kcnk2 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P97438 |
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-非ポリマー , 7種, 23分子
#2: 化合物 | ChemComp-K / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-16C / | #5: 化合物 | ChemComp-R16 / #6: 化合物 | ChemComp-CD / #7: 化合物 | ChemComp-LNK / | #8: 化合物 | ChemComp-D12 / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.44 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 22-25% PEG400, 100mM HEPES pH=8.0, 1mM CdCl2, 200mM KCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→46.47 Å / Num. obs: 21415 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.169 / Net I/σ(I): 5.8 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.18 Å / Num. unique obs: 3357 / CC1/2: 0.108 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6cq6 解像度: 3.002→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU R Cruickshank DPI: 0.939 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.838 / SU Rfree Blow DPI: 0.355 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.367
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原子変位パラメータ | Biso mean: 150.1 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.62 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.002→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.002→3.02 Å
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精密化 TLS | Origin x: 2.5515 Å / Origin y: -23.4454 Å / Origin z: -27.2576 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: { *|* } |