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- PDB-6w7b: K2P2.1 (TREK-1), 0 mM K+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w7b
タイトルK2P2.1 (TREK-1), 0 mM K+
要素Potassium channel subfamily K member 2
キーワードMETAL TRANSPORT / ion channel / K2P / TREK1 / TREK-1
機能・相同性
機能・相同性情報


TWIK related potassium channel (TREK) / Phase 4 - resting membrane potential / positive regulation of cellular response to hypoxia / chemical synaptic transmission, postsynaptic / cardiac ventricle development / stabilization of membrane potential / potassium ion leak channel activity / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / potassium channel inhibitor activity / astrocyte projection ...TWIK related potassium channel (TREK) / Phase 4 - resting membrane potential / positive regulation of cellular response to hypoxia / chemical synaptic transmission, postsynaptic / cardiac ventricle development / stabilization of membrane potential / potassium ion leak channel activity / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / potassium channel inhibitor activity / astrocyte projection / negative regulation of DNA biosynthetic process / outward rectifier potassium channel activity / cochlea development / calyx of Held / voltage-gated potassium channel activity / response to axon injury / response to mechanical stimulus / voltage-gated potassium channel complex / axon terminus / potassium ion transmembrane transport / regulation of membrane potential / potassium ion transport / Schaffer collateral - CA1 synapse / memory / cellular response to hypoxia / postsynapse / G protein-coupled receptor signaling pathway / apical plasma membrane / axon / neuronal cell body / cell surface / endoplasmic reticulum / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Two pore domain potassium channel, TREK / Two pore domain potassium channel / Potassium channel domain / Ion channel
類似検索 - ドメイン・相同性
heptyl beta-D-glucopyranoside / : / DECANE / DODECANE / : / N-OCTANE / Potassium channel subfamily K member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.88 Å
データ登録者Lolicato, M. / Minor, D.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)NIH-R01-MH093603 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: K 2P channel C-type gating involves asymmetric selectivity filter order-disorder transitions.
著者: Lolicato, M. / Natale, A.M. / Abderemane-Ali, F. / Crottes, D. / Capponi, S. / Duman, R. / Wagner, A. / Rosenberg, J.M. / Grabe, M. / Minor Jr., D.L.
履歴
登録2020年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Potassium channel subfamily K member 2
B: Potassium channel subfamily K member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,07113
ポリマ－68,6082
非ポリマー1,46311
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13180 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area31410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.906, 122.597, 125.576
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AB

#1: タンパク質 Potassium channel subfamily K member 2 / Outward rectifying potassium channel protein TREK-1 / TREK-1 K(+) channel subunit / Two pore ...Outward rectifying potassium channel protein TREK-1 / TREK-1 K(+) channel subunit / Two pore potassium channel TPKC1


分子量: 34303.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kcnk2 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P97438
#5: 糖 ChemComp-B7G / heptyl beta-D-glucopyranoside / HEPTYL-BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE / heptyl beta-D-glucoside / heptyl D-glucoside / heptyl glucoside / ヘプチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 278.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H26O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
heptyl-b-D-GlucopyranosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 5種, 10分子

#2: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物 ChemComp-D12 / DODECANE / ドデカン


分子量: 170.335 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26
#4: 化合物 ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン


分子量: 114.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 化合物 ChemComp-D10 / DECANE / デカン


分子量: 142.282 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.23 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 22-25% PEG400, 100mM HEPES pH=8.0, 1mM CdCl2, 200mM KCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.88→45.8 Å / Num. obs: 10002 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.196 / Net I/σ(I): 2.95
反射 シェル解像度: 3.88→4 Å / Num. unique obs: 2771 / CC1/2: 0.264

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3 (6-FEB-2020)精密化
Cootモデル構築
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
Aimlessデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6CQ6

6cq6


解像度: 3.88→14.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU Rfree Blow DPI: 0.76
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3087 490 -RANDOM
Rwork0.2747 ---
obs0.2764 9774 99.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 248.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--55.7923 Å20 Å20 Å2
2--32.0708 Å20 Å2
3---23.7215 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 1.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.88→14.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4083 0 85 0 4168
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0064250HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.845747HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1419SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes671HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4175HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion589SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4039SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion7.51
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion12.55
LS精密化 シェル解像度: 3.88→3.93 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2594 15 -
Rwork0.2808 --
obs0.28 408 98.31 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9707-0.35880.11220.5730.28851.818-0.00380.03150.00740.03150.025-0.06580.0074-0.0658-0.02120.03230.0219-0.0107-0.00010.00080.0021-0.8537-23.6583-21.2663
21.0157-0.51851.27832.1241.27832.750.00380.01020.04770.01020.0125-0.00020.0477-0.0002-0.01630.04420.0137-0.01290.01230.00250.00554.904-27.4613-33.8469
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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