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- PDB-6w6n: K106L/A131E mutant of cytochrome P460 from Nitrosomonas sp. AL212 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w6n
タイトルK106L/A131E mutant of cytochrome P460 from Nitrosomonas sp. AL212
要素Cytochrome P460
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Cytochrome c / NH2OH oxidation
機能・相同性
機能・相同性情報


Cytochrome P460 / Cytochrome P460 / Cytochrome P460 superfamily / Cytochrome P460 / Chalcone isomerase / 3-Layer(bba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Cytochrome P460
類似検索 - 構成要素
生物種Nitrosomonas sp. AL212 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Coleman, R.E. / Lancaster, K.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0013997 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: The Heme-Lys Cross-Link in Cytochrome P460 Promotes Catalysis by Enforcing Secondary Coordination Sphere Architecture.
著者: Coleman, R.E. / Vilbert, A.C. / Lancaster, K.M.
履歴
登録2020年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P460
B: Cytochrome P460
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0494
ポリマ－35,8122
非ポリマー1,2372
水77543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5880 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area13670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.373, 80.172, 110.767
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome P460


分子量: 17906.016 Da / 分子数: 2 / 変異: K106L, A131E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nitrosomonas sp. AL212 (バクテリア)
遺伝子: NAL212_0896 / プラスミド: pET22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: F9ZFJ0
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.34 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Protein in 50 mM MOPS pH 8.0 PEG 6000, 0.1 M sodium acetate pH 5.0, and 0.2 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→110.77 Å / Num. obs: 20467 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.1507 / Net I/σ(I): 7.66
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 1.824 / Mean I/σ(I) obs: 0.99 / Num. unique obs: 1756 / CC1/2: 0.518 / % possible all: 86.45

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX1.14_3260位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6amg

6amg


解像度: 2.25→55.383 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.08 / 詳細: Fe atoms were refined anisotropically
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2775 1999 9.85 %
Rwork0.2575 --
obs0.2596 20292 98.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 109.63 Å2 / Biso mean: 63.1606 Å2 / Biso min: 29.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→55.383 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2517 0 86 43 2646
Biso mean--59.27 55.35 -
残基数----318
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2503-2.30660.45331160.4312105582
2.3066-2.3690.45451440.4194131499
2.369-2.43870.37711400.40551288100
2.4387-2.51740.39731440.3738131599
2.5174-2.60740.30771420.35251296100
2.6074-2.71180.35721410.3227129299
2.7118-2.83520.34711430.30471316100
2.8352-2.98460.34791450.29861327100
2.9846-3.17160.34311430.30891318100
3.1716-3.41650.30031450.2823131599
3.4165-3.76020.26481450.2623132199
3.7602-4.30410.22611460.2249134699
4.3041-5.4220.23541480.19521355100
5.422-55.3830.23111570.2032143599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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