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- PDB-6w5h: 1.85 A resolution structure of Norovirus 3CL protease in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w5h
タイトル1.85 A resolution structure of Norovirus 3CL protease in complex with inhibitor 5d
要素3C-LIKE PROTEASE
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE Inhibitor / PROTEASE / Norovirus 3CL protease / Inhhibitors / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


calicivirin / host cell Golgi membrane / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication ...calicivirin / host cell Golgi membrane / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / proteolysis / RNA binding / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Viral polyprotein, Caliciviridae N-terminal / Viral polyprotein N-terminal / Norovirus 3C-like protease (NV 3CLpro) domain profile. / Norovirus peptidase C37 / Southampton virus-type processing peptidase / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain ...Viral polyprotein, Caliciviridae N-terminal / Viral polyprotein N-terminal / Norovirus 3C-like protease (NV 3CLpro) domain profile. / Norovirus peptidase C37 / Southampton virus-type processing peptidase / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
2-(3-chlorophenyl)-2-methylpropyl [(2S)-3-cyclohexyl-1-({(2S)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}amino)-1-oxopropan-2-yl]carbamate / Chem-TKP / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Norwalk virus (ノロウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Lovell, S. / Kashipathy, M.M. / Battaile, K.P. / Rathnayake, A.D. / Kim, Y. / Chang, K.O. / Groutas, W.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI109039 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30 GM110761 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structure-Guided Optimization of Dipeptidyl Inhibitors of Norovirus 3CL Protease.
著者: Rathnayake, A.D. / Kim, Y. / Dampalla, C.S. / Nguyen, H.N. / Jesri, A.M. / Kashipathy, M.M. / Lushington, G.H. / Battaile, K.P. / Lovell, S. / Chang, K.O. / Groutas, W.C.
履歴
登録2020年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月14日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_molecule_features
改定 1.22020年11月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3C-LIKE PROTEASE
B: 3C-LIKE PROTEASE
C: 3C-LIKE PROTEASE
D: 3C-LIKE PROTEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,0688
ポリマ－79,9804
非ポリマー2,0884
水2,648147
1
A: 3C-LIKE PROTEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5172
ポリマ－19,9951
非ポリマー5221
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 3C-LIKE PROTEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5172
ポリマ－19,9951
非ポリマー5221
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: 3C-LIKE PROTEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5172
ポリマ－19,9951
非ポリマー5221
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: 3C-LIKE PROTEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5172
ポリマ－19,9951
非ポリマー5221
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.943, 38.028, 115.241
Angle α, β, γ (deg.)92.310, 98.310, 96.640
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
3C-LIKE PROTEASE


分子量: 19994.934 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal hexahistidine tag
由来: (組換発現) Norwalk virus (strain GI/Human/United States/Norwalk/1968) (ウイルス)
株: GI/Human/United States/Norwalk/1968 / 遺伝子: ORF1 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q83883, calicivirin
#2: 化合物
ChemComp-TKP / 2-(3-chlorophenyl)-2-methylpropyl [(2S)-3-cyclohexyl-1-({(2S)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}amino)-1-oxopropan-2-yl]carbamate


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 522.077 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H40ClN3O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
参照: 2-(3-chlorophenyl)-2-methylpropyl [(2S)-3-cyclohexyl-1-({(2S)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}amino)-1-oxopropan-2-yl]carbamate
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 20% w/v PEG 2000 MME, 0.1 M Tris, 200 mM NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→37.95 Å / Num. obs: 50861 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 178212 / Scaling rejects: 3
反射 シェル解像度: 1.85→1.89 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.759 / Num. measured all: 10940 / Num. unique obs: 3063 / CC1/2: 0.784 / Net I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 95.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.25 Å113.84 Å
Translation3.25 Å113.84 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.3データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PHENIXdev_3342精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3UR9

3ur9


解像度: 1.85→36.433 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.05 / 位相誤差: 27.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2238 2449 4.82 %
Rwork0.1827 48363 -
obs0.1846 50812 96.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 81.9 Å2 / Biso mean: 40.2077 Å2 / Biso min: 20.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→36.433 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4833 0 144 147 5124
Biso mean--40.55 43.4 -
残基数----663
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.85-1.88780.2851350.2352278295
1.8878-1.92880.28861590.2279283096
1.9288-1.97370.28851590.2161275496
1.9737-2.0230.24641430.2016287597
2.023-2.07770.26151480.195284396
2.0777-2.13890.22691460.1816282597
2.1389-2.20790.24721360.1816283897
2.2079-2.28680.22121380.1841287197
2.2868-2.37830.23491380.1887290997
2.3783-2.48650.27321600.1958281997
2.4865-2.61760.26191540.1998285697
2.6176-2.78150.25931160.2052288797
2.7815-2.99620.2451400.1989287197
2.9962-3.29760.23541500.1965284696
3.2976-3.77430.2021590.1752284997
3.7743-4.75360.17251260.1494284596
4.7536-36.4330.2121420.1785286398

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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