PDB-6w4u: Crystal structure of Triosephosphate isomerase from Stenotrophomo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6w4u

タイトル

Crystal structure of Triosephosphate isomerase from Stenotrophomonas maltophilia K279a

要素

Triosephosphate isomerase

キーワード

ISOMERASE / SSGCID / Stenotrophomonas maltophilia / Triosephosphate isomerase / tpiA / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / gluconeogenesis / glycolytic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of Triosephosphate isomerase from Stenotrophomonas maltophilia K279a
著者: Abendroth, J. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2020年3月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6w4u.cif.gz	253.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6w4u.ent.gz	167.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6w4u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6w4u_validation.pdf.gz	429.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6w4u_full_validation.pdf.gz	430.7 KB	表示
XML形式データ	6w4u_validation.xml.gz	22.6 KB	表示
CIF形式データ	6w4u_validation.cif.gz	33.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/6w4u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/6w4u	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4iotS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4unk-d 2bne-d 5v76-d 3mmg-d 5dxd-d 3vt0-3 3bjr-1 3mux-d 4a7x-2 6xhs-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: StmaA.00317.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Triosephosphate isomerase

B: Triosephosphate isomerase

ヘテロ分子

54.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.500, 46.660, 66.830
Angle α, β, γ (deg.)	71.900, 71.086, 68.356
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	Triosephosphate isomerase / TPI / Triose-phosphate isomerase 分子量: 27247.775 Da / 分子数: 2 / 断片: StmaA.00317.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia (strain K279a) (バクテリア) 株: K279a / 遺伝子: tpiA, Smlt3407 / プラスミド: StmaA.00317.a.B1 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B2FNY1, triose-phosphate isomerase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.5 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: RigakuReagents JCSG+ screen, condition A9: 200mM Ammonium chloride, 20% (w/V) PEG 3350: StmaA.00317.a.B1.PW38736 at 25.5mg/ml + 5mM Glucose-3-phosphate : cryo: 20% EG + 5mM glucose-3- ...詳細: RigakuReagents JCSG+ screen, condition A9: 200mM Ammonium chloride, 20% (w/V) PEG 3350: StmaA.00317.a.B1.PW38736 at 25.5mg/ml + 5mM Glucose-3-phosphate : cryo: 20% EG + 5mM glucose-3-phosphate, tray 313955a9: puck pzy9-10.

結晶

マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.5 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: RigakuReagents JCSG+ screen, condition A9: 200mM Ammonium chloride, 20% (w/V) PEG 3350: StmaA.00317.a.B1.PW38736 at 25.5mg/ml + 5mM Glucose-3-phosphate : cryo: 20% EG + 5mM glucose-3- ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年2月13日

放射

モノクロメーター: C111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 48225 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.898 % / B_iso Wilson estimate: 34.952 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.037 / R_rim(I) all: 0.043 / Χ²: 1.048 / Net I/σ(I): 19.17

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.7-1.74	3.976	0.485	3.3	3573	0.876	0.561	95.6
1.74-1.79	3.982	0.397	4.16	3416	0.915	0.459	96.1
1.79-1.84	3.981	0.281	5.5	3293	0.958	0.325	95.8
1.84-1.9	3.977	0.219	7.04	3296	0.97	0.253	96.1
1.9-1.96	3.969	0.154	9.42	3179	0.986	0.179	96.6
1.96-2.03	3.96	0.111	12.57	3065	0.991	0.129	96.7
2.03-2.11	3.946	0.092	14.66	2954	0.993	0.106	96.7
2.11-2.19	3.92	0.072	18.04	2874	0.995	0.083	97
2.19-2.29	3.895	0.058	20.82	2737	0.996	0.067	97.2
2.29-2.4	3.885	0.049	23.84	2628	0.997	0.057	97.6
2.4-2.53	3.857	0.045	25.91	2518	0.997	0.052	97.9
2.53-2.69	3.837	0.04	28.44	2374	0.998	0.046	97.9
2.69-2.87	3.824	0.037	31.84	2233	0.998	0.042	98
2.87-3.1	3.808	0.034	34.06	2108	0.998	0.039	98.1
3.1-3.4	3.774	0.031	35.67	1902	0.998	0.036	98.5
3.4-3.8	3.776	0.029	37.34	1743	0.998	0.034	98.5
3.8-4.39	3.809	0.028	38.22	1549	0.999	0.032	98.5
4.39-5.38	3.83	0.024	38.75	1296	0.999	0.028	99.4
5.38-7.6	3.788	0.024	38.48	1019	0.999	0.028	98.8
7.6-50	3.274	0.024	35.54	468	0.998	0.028	84.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.18rc1	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
MoRDa		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4iot as per MORDA

4iot

解像度: 1.7→39.28 Å / SU ML: 0.1921 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 23.6666

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2149	1964	4.07 %	0
R_work	0.1679	-	-	-
obs	0.1697	48219	97.13 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→39.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3684	0	4	348	4036

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0077	3800
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8788	5180
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0561	588
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0057	696
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.2076	1340

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.74	0.2883	129	0.2475	3298	X-RAY DIFFRACTION	95.86
1.74-1.79	0.285	135	0.233	3267	X-RAY DIFFRACTION	95.97
1.79-1.84	0.2617	122	0.2229	3223	X-RAY DIFFRACTION	95.85
1.84-1.9	0.2642	143	0.2122	3310	X-RAY DIFFRACTION	96.4
1.9-1.97	0.2305	146	0.2107	3301	X-RAY DIFFRACTION	96.47
1.97-2.05	0.2396	159	0.1953	3248	X-RAY DIFFRACTION	96.93
2.05-2.14	0.2395	149	0.1903	3295	X-RAY DIFFRACTION	97.07
2.14-2.25	0.2351	137	0.1873	3305	X-RAY DIFFRACTION	97.26
2.25-2.4	0.2429	140	0.1847	3328	X-RAY DIFFRACTION	97.5
2.4-2.58	0.2471	161	0.1838	3319	X-RAY DIFFRACTION	98
2.58-2.84	0.2186	143	0.1803	3323	X-RAY DIFFRACTION	98.21
2.84-3.25	0.2081	161	0.1682	3324	X-RAY DIFFRACTION	98.45
3.25-4.1	0.1873	124	0.1485	3369	X-RAY DIFFRACTION	98.7
4.1-39.28	0.1745	115	0.1311	3345	X-RAY DIFFRACTION	97.14

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.76167110956	-1.17589898801	0.621252412726	6.11575596087	-2.78044610567	8.51031042828	0.383514706871	-0.680821447709	0.00973163483138	0.49804822696	-0.364744243347	-0.191255698152	0.272078725847	-0.00901568126421	0.04575785042	0.298332345881	-0.063422022466	-0.0863134721528	0.356277361274	-0.0122993510396	0.185076252344	-3.39513405006	23.2253955189	40.5751596274
2	6.33655509083	3.9441941825	-2.32761552666	4.49122086569	-4.2532289579	5.40776515399	0.18764214804	-0.340873155571	1.01157350585	0.0986437490349	0.0547039420115	-0.343814952612	-0.904162754535	-0.0947898216603	-0.154512874211	0.335456775885	0.039309233907	0.0246451047323	0.301929190912	-0.0643104617545	0.448716430703	2.13522744918	35.1192423694	37.1175393244
3	6.98020701374	0.0868223456567	0.463649721851	5.72653512495	0.552072546213	8.45831068022	-0.139728093962	-0.294727680167	0.686273662039	-0.40124139629	0.367786333708	-0.496991014717	-0.684274320671	0.816576603167	-0.169881410392	0.29474428986	-0.0141882740911	0.00534063590373	0.269692364725	-0.0953151930796	0.46309412612	7.90432542837	31.7901723997	27.7238108657
4	2.9477918248	-0.286430304005	0.762879898016	4.30760940178	0.0265007529282	4.81790840815	-0.136778868919	0.650731580957	-0.396383465083	0.0677660556915	0.269132157635	-0.821900700512	0.0568672206073	0.916446976786	-0.0508882521936	0.172259360113	-0.0139599244684	0.021731889747	0.37238763195	-0.0851841257051	0.367491632262	5.0859131469	-1.3821076702	2.52588806029
5	4.22251051333	0.259560515606	1.25220871284	2.11618952706	-0.410079416727	1.44076130353	-0.0446257301266	0.931602306213	-1.00892765263	0.426840555002	0.604534585413	-0.725674147526	0.236815583833	0.339886851002	-0.221633228989	0.306604838498	0.273970528822	-0.434944911638	0.626195040119	-0.339067896502	1.12950258247	15.2999641173	-1.47574018195	12.9702374492
6	5.32137147837	-4.85897981998	-1.68154902534	6.24285840521	3.15886508536	2.87934953797	0.0279245661365	1.47011976193	-0.0916151093469	-0.489496335773	0.712765953765	-1.33408126266	-0.0238876624081	0.708564955727	-0.621662520505	0.26573359215	-0.162127855999	0.157885274244	0.718976541188	-0.292167105289	0.594032468587	11.1949379	-0.333422951659	-0.213758291397
7	1.52847805896	-0.331706894957	0.33195635985	2.9356907904	1.79161614227	3.81350684571	-0.0248492383755	0.0564081357614	0.129128410615	-0.178208619008	0.277717252839	-0.572245186064	-0.381173186747	0.385044639629	-0.201529680563	0.219711644805	-0.0484981267132	0.0499651828435	0.191736084492	0.00170559989639	0.260903050347	3.23896246949	11.7484440238	7.57523434514
8	3.55710260327	0.773362847478	0.729407544847	4.65610143241	2.24712899415	4.20508014717	-0.0270943171156	-0.00893836432345	-0.0703139281923	0.00977296696964	-0.195230645969	0.370497415575	-0.0371297237432	-0.598787549274	0.161795717974	0.168709524077	0.00743496525029	0.0211554304383	0.225699537886	-0.00878036676894	0.152914712531	-11.6622492635	2.96398856977	2.16807119157
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'B' and (resid 195 through 213 )	B	D	195 - 213	197 - 215
2	2	chain 'B' and (resid 214 through 227 )	B	D	214 - 227	216 - 229
3	3	chain 'B' and (resid 228 through 251 )	B	D	228 - 251	230 - 255
4	4	chain 'A' and (resid 0 through 15 )	A	A	0 - 15	1 - 18
5	5	chain 'A' and (resid 16 through 29 )	A	A	16 - 29	19 - 32
6	6	chain 'A' and (resid 30 through 42 )	A	A	30 - 42	33 - 47
7	7	chain 'A' and (resid 43 through 94 )	A	A	43 - 94	48 - 101
8	8	chain 'A' and (resid 95 through 137 )	A	A	95 - 137	102 - 144
9	9	chain 'A' and (resid 138 through 153 )	A	A	138 - 153	145 - 160
10	10	chain 'A' and (resid 154 through 194 )	A	A	154 - 194	161 - 203
11	11	chain 'A' and (resid 195 through 216 )	A	A	195 - 216	204 - 227
12	12	chain 'A' and (resid 217 through 237 )	A	A	217 - 237	228 - 248
13	13	chain 'A' and (resid 238 through 251 )	A	A	238 - 251	249 - 262
14	14	chain 'B' and (resid -1 through 15 )	B	D	-1 - 15	1 - 17
15	15	chain 'B' and (resid 16 through 42 )	B	D	16 - 42	18 - 44
16	16	chain 'B' and (resid 43 through 66 )	B	D	43 - 66	45 - 68
17	17	chain 'B' and (resid 67 through 94 )	B	D	67 - 94	69 - 96
18	18	chain 'B' and (resid 95 through 137 )	B	D	95 - 137	97 - 139
19	19	chain 'B' and (resid 138 through 153 )	B	D	138 - 153	140 - 155
20	20	chain 'B' and (resid 154 through 194 )	B	D	154 - 194	156 - 196

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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