PDB-6w4n: Co-crystal structure of Pd_dinase with probe glycine-propargylgly...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6w4n

タイトル

Co-crystal structure of Pd_dinase with probe glycine-propargylglycine-AOMK

要素

Aminopeptidase

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / Diaminopeptidase

機能・相同性

機能・相同性情報

aminopeptidase activity / cysteine-type endopeptidase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Parabacteroides distasonis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.623 Å

データ登録者

Xu, J.H. / Solania, A. / Wolan, D.W.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Co-crystal structure of Pd_dinase with probe glycine-propargylglycine-AOMK
著者: Xu, J.H. / Solania, A. / Wolan, D.W.

履歴

登録	2020年3月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年3月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6w4n.cif.gz	439.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6w4n.ent.gz	354.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6w4n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/6w4n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/6w4n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3pw3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5wdk-d 3pw3-d 5wdl-d 5wa3-3 3134 5wa4-d 1flo-d 1m6x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Aminopeptidase

B: Aminopeptidase

C: Aminopeptidase

D: Aminopeptidase

E: Aminopeptidase

F: Aminopeptidase

ヘテロ分子

277 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.113, 138.613, 220.130
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 33 through 34 or (resid 35...
2	1	(chain B and (resid 33 through 34 or (resid 35...
3	1	(chain C and (resid 33 through 34 or (resid 35...
4	1	(chain D and (resid 33 through 159 or (resid 160...
5	1	(chain E and (resid 33 through 34 or (resid 35...
6	1	(chain F and (resid 33 through 34 or (resid 35...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	GLY	PHE	PHE	(chain A and (resid 33 through 34 or (resid 35...	A	A	33 - 34	29 - 30
1	2	VAL	VAL	VAL	VAL	(chain A and (resid 33 through 34 or (resid 35...	A	A	35	31
1	3	GLY	GLY	LYS	LYS	(chain A and (resid 33 through 34 or (resid 35...	A	A	33 - 405	29 - 401
1	4	GLY	GLY	LYS	LYS	(chain A and (resid 33 through 34 or (resid 35...	A	A	33 - 405	29 - 401
1	5	GLY	GLY	LYS	LYS	(chain A and (resid 33 through 34 or (resid 35...	A	A	33 - 405	29 - 401
1	6	GLY	GLY	LYS	LYS	(chain A and (resid 33 through 34 or (resid 35...	A	A	33 - 405	29 - 401
2	1	GLY	GLY	PHE	PHE	(chain B and (resid 33 through 34 or (resid 35...	B	B	33 - 34	29 - 30
2	2	VAL	VAL	VAL	VAL	(chain B and (resid 33 through 34 or (resid 35...	B	B	35	31
2	3	GLY	GLY	LYS	LYS	(chain B and (resid 33 through 34 or (resid 35...	B	B	33 - 405	29 - 401
2	4	GLY	GLY	LYS	LYS	(chain B and (resid 33 through 34 or (resid 35...	B	B	33 - 405	29 - 401
2	5	GLY	GLY	LYS	LYS	(chain B and (resid 33 through 34 or (resid 35...	B	B	33 - 405	29 - 401
2	6	GLY	GLY	LYS	LYS	(chain B and (resid 33 through 34 or (resid 35...	B	B	33 - 405	29 - 401
3	1	GLY	GLY	PHE	PHE	(chain C and (resid 33 through 34 or (resid 35...	C	C	33 - 34	29 - 30
3	2	VAL	VAL	VAL	VAL	(chain C and (resid 33 through 34 or (resid 35...	C	C	35	31
3	3	GLY	GLY	ILE	ILE	(chain C and (resid 33 through 34 or (resid 35...	C	C	33 - 404	29 - 400
3	4	GLY	GLY	ILE	ILE	(chain C and (resid 33 through 34 or (resid 35...	C	C	33 - 404	29 - 400
3	5	GLY	GLY	ILE	ILE	(chain C and (resid 33 through 34 or (resid 35...	C	C	33 - 404	29 - 400
3	6	GLY	GLY	ILE	ILE	(chain C and (resid 33 through 34 or (resid 35...	C	C	33 - 404	29 - 400
4	1	GLY	GLY	GLY	GLY	(chain D and (resid 33 through 159 or (resid 160...	D	D	33 - 159	29 - 155
4	2	LYS	LYS	LYS	LYS	(chain D and (resid 33 through 159 or (resid 160...	D	D	160	156
4	3	GLY	GLY	LYS	LYS	(chain D and (resid 33 through 159 or (resid 160...	D	D	33 - 405	29 - 401
4	4	GLY	GLY	LYS	LYS	(chain D and (resid 33 through 159 or (resid 160...	D	D	33 - 405	29 - 401
4	5	GLY	GLY	LYS	LYS	(chain D and (resid 33 through 159 or (resid 160...	D	D	33 - 405	29 - 401
4	6	GLY	GLY	LYS	LYS	(chain D and (resid 33 through 159 or (resid 160...	D	D	33 - 405	29 - 401
5	1	GLY	GLY	PHE	PHE	(chain E and (resid 33 through 34 or (resid 35...	E	E	33 - 34	29 - 30
5	2	VAL	VAL	VAL	VAL	(chain E and (resid 33 through 34 or (resid 35...	E	E	35	31
5	3	GLY	GLY	LYS	LYS	(chain E and (resid 33 through 34 or (resid 35...	E	E	33 - 405	29 - 401
5	4	GLY	GLY	LYS	LYS	(chain E and (resid 33 through 34 or (resid 35...	E	E	33 - 405	29 - 401
5	5	GLY	GLY	LYS	LYS	(chain E and (resid 33 through 34 or (resid 35...	E	E	33 - 405	29 - 401
5	6	GLY	GLY	LYS	LYS	(chain E and (resid 33 through 34 or (resid 35...	E	E	33 - 405	29 - 401
6	1	GLY	GLY	PHE	PHE	(chain F and (resid 33 through 34 or (resid 35...	F	F	33 - 34	29 - 30
6	2	VAL	VAL	VAL	VAL	(chain F and (resid 33 through 34 or (resid 35...	F	F	35	31
6	3	GLY	GLY	LYS	LYS	(chain F and (resid 33 through 34 or (resid 35...	F	F	33 - 405	29 - 401
6	4	GLY	GLY	LYS	LYS	(chain F and (resid 33 through 34 or (resid 35...	F	F	33 - 405	29 - 401
6	5	GLY	GLY	LYS	LYS	(chain F and (resid 33 through 34 or (resid 35...	F	F	33 - 405	29 - 401
6	6	GLY	GLY	LYS	LYS	(chain F and (resid 33 through 34 or (resid 35...	F	F	33 - 405	29 - 401

#1: タンパク質	Aminopeptidase / 分子量: 45895.367 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Parabacteroides distasonis (バクテリア) 遺伝子: DW188_02780, DW692_01025, DW700_01025, DW808_17970, DW814_08450, DW867_06285, DW984_01045, DW998_13650, DWW19_04025, DWY54_02375, DWZ58_02465, DXD05_07510 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A395YY96
#2: 化合物	ChemComp-SWJ / 2-azanyl-~{N}-[(3~{S})-2-oxidanylidenehex-5-yn-3-yl]ethanamide 分子量: 168.193 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₂N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 561 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.76 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M K/Na Tartrate, 15% PEG3350, 1 mM ZnCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97946 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.62→50 Å / Num. obs: 96251 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.3 % / B_iso Wilson estimate: 39.96 Å² / R_merge(I) obs: 0.124 / R_pim(I) all: 0.048 / R_rim(I) all: 0.133 / Χ²: 0.906 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 707012

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.62-2.67	7.5	0.764	4728	0.724	0.293	0.82	0.933	99.6
2.67-2.71	7.5	0.667	4773	0.789	0.255	0.715	0.91	99.9
2.71-2.77	7.5	0.569	4782	0.839	0.219	0.611	0.915	99.9
2.77-2.82	7.5	0.528	4771	0.862	0.203	0.566	0.909	99.9
2.82-2.88	7.4	0.451	4779	0.9	0.174	0.484	0.91	99.9
2.88-2.95	7.3	0.39	4802	0.927	0.152	0.419	0.894	99.8
2.95-3.02	7.1	0.348	4758	0.935	0.138	0.375	0.91	99.7
3.02-3.11	6.7	0.272	4712	0.951	0.111	0.295	0.91	97.9
3.11-3.2	7.7	0.242	4798	0.97	0.092	0.26	0.92	99.9
3.2-3.3	7.6	0.191	4806	0.982	0.073	0.205	0.932	99.9
3.3-3.42	7.6	0.157	4792	0.987	0.06	0.169	0.919	99.8
3.42-3.56	7.3	0.128	4832	0.991	0.05	0.138	0.939	99.8
3.56-3.72	7.1	0.11	4792	0.992	0.044	0.119	0.951	99.9
3.72-3.91	7	0.091	4752	0.994	0.036	0.098	0.949	98.1
3.91-4.16	7.6	0.078	4845	0.996	0.03	0.084	0.946	99.6
4.16-4.48	7.5	0.068	4857	0.997	0.026	0.073	0.952	99.8
4.48-4.93	7.1	0.06	4835	0.997	0.024	0.064	0.942	99.1
4.93-5.64	7.5	0.061	4829	0.997	0.024	0.066	0.963	98.4
5.64-7.11	7.3	0.062	4956	0.997	0.024	0.067	0.98	99.9
7.11-50	7	0.04	5052	0.999	0.016	0.043	0.429	97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3pw3

3pw3

解像度: 2.623→49.143 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.85 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2291	4831	5.02 %
R_work	0.2075	91316	-
obs	0.2086	96147	99.31 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 112.37 Å² / B_iso mean: 47.4049 Å² / B_iso min: 14.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.623→49.143 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16733	0	84	561	17378
B_iso mean	-	-	53.53	37.94	-
残基数	-	-	-	-	2124

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	17272
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8	23423
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	2468
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3026
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.165	11328

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	9585	X-RAY DIFFRACTION	11.179	TORSIONAL
1	2	B	9585	X-RAY DIFFRACTION	11.179	TORSIONAL
1	3	C	9585	X-RAY DIFFRACTION	11.179	TORSIONAL
1	4	D	9585	X-RAY DIFFRACTION	11.179	TORSIONAL
1	5	E	9585	X-RAY DIFFRACTION	11.179	TORSIONAL
1	6	F	9585	X-RAY DIFFRACTION	11.179	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.6233-2.6531	0.3278	142	0.2845	2949	98
2.6531-2.6843	0.3361	142	0.2692	3003	99
2.6843-2.7171	0.3063	160	0.2661	3040	100
2.7171-2.7514	0.2907	167	0.2584	3020	100
2.7514-2.7876	0.3019	147	0.2538	3024	100
2.7876-2.8258	0.2644	161	0.2506	3035	100
2.8258-2.8662	0.2909	155	0.2538	3036	100
2.8662-2.909	0.2865	165	0.2559	3020	100
2.909-2.9544	0.269	141	0.2563	3076	100
2.9544-3.0029	0.2682	162	0.2647	3030	100
3.0029-3.0546	0.3378	190	0.2628	2947	98
3.0546-3.1102	0.2554	167	0.2537	2968	98
3.1102-3.17	0.2622	174	0.2402	3038	100
3.17-3.2347	0.2572	186	0.2404	3003	100
3.2347-3.305	0.268	164	0.2321	3050	100
3.305-3.3818	0.2588	139	0.2266	3080	100
3.3818-3.4664	0.2483	158	0.2281	3024	100
3.4664-3.5601	0.2446	164	0.2156	3061	100
3.5601-3.6648	0.2159	155	0.2052	3054	100
3.6648-3.7831	0.2015	160	0.1857	2979	97
3.7831-3.9182	0.2093	182	0.1835	3011	100
3.9182-4.075	0.1958	169	0.1848	3071	100
4.075-4.2604	0.1937	151	0.1666	3068	100
4.2604-4.4849	0.1945	153	0.1681	3088	100
4.4849-4.7656	0.1839	165	0.1617	3088	100
4.7656-5.1332	0.1968	152	0.1639	3003	97
5.1332-5.6491	0.1928	174	0.1758	3080	100
5.6491-6.465	0.2222	171	0.1988	3128	100
6.465-8.1393	0.1794	153	0.1937	3108	98
8.1393-49.143	0.1928	162	0.1899	3234	98

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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