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万見
- PDB-6w45: Crystal structure of HAO1 in complex with biaryl acid inhibitor -... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w45
タイトルCrystal structure of HAO1 in complex with biaryl acid inhibitor - compound 3
要素Hydroxyacid oxidase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / Inhibitor / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


glyoxylate oxidase / glyoxylate oxidase activity / glycolate catabolic process / (S)-2-hydroxy-acid oxidase / (S)-2-hydroxy-acid oxidase activity / fatty acid alpha-oxidation / glycine biosynthetic process / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / peroxisomal matrix / Peroxisomal protein import ...glyoxylate oxidase / glyoxylate oxidase activity / glycolate catabolic process / (S)-2-hydroxy-acid oxidase / (S)-2-hydroxy-acid oxidase activity / fatty acid alpha-oxidation / glycine biosynthetic process / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / peroxisomal matrix / Peroxisomal protein import / FMN binding / response to oxidative stress / intracellular membrane-bounded organelle / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alpha-hydroxy acid dehydrogenase, FMN-dependent / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase, active site / FMN hydroxy acid dehydrogenase domain / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenases active site. / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase domain profile. / FMN-dependent dehydrogenase / FMN-dependent dehydrogenase / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Chem-SLG / 2-Hydroxyacid oxidase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Ferguson, A.D.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Discovery of Novel, Potent Inhibitors of Hydroxy Acid Oxidase 1 (HAO1) Using DNA-Encoded Chemical Library Screening.
著者: Lee, E.C.Y. / McRiner, A.J. / Georgiadis, K.E. / Liu, J. / Wang, Z. / Ferguson, A.D. / Levin, B. / von Rechenberg, M. / Hupp, C.D. / Monteiro, M.I. / Keefe, A.D. / Olszewski, A. / Eyermann, C. ...著者: Lee, E.C.Y. / McRiner, A.J. / Georgiadis, K.E. / Liu, J. / Wang, Z. / Ferguson, A.D. / Levin, B. / von Rechenberg, M. / Hupp, C.D. / Monteiro, M.I. / Keefe, A.D. / Olszewski, A. / Eyermann, C.J. / Centrella, P. / Liu, Y. / Arora, S. / Cuozzo, J.W. / Zhang, Y. / Clark, M.A. / Huguet, C. / Kohlmann, A.
履歴
登録2020年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年6月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydroxyacid oxidase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6623
ポリマ－40,7341
非ポリマー9282
水4,270237
1
A: Hydroxyacid oxidase 1
ヘテロ分子

A: Hydroxyacid oxidase 1
ヘテロ分子

A: Hydroxyacid oxidase 1
ヘテロ分子

A: Hydroxyacid oxidase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,64612
ポリマ－162,9364
非ポリマー3,7118
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area13170 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area44680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.270, 97.270, 80.458
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 Hydroxyacid oxidase 1 / HAOX1 / Glycolate oxidase / GOX


分子量: 40733.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HAO1, GOX1, HAOX1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UJM8, (S)-2-hydroxy-acid oxidase
#2: 化合物 ChemComp-SLG / 2-chloranyl-4-[2-[[(6-chloranyl-1~{H}-indol-2-yl)carbonyl-methyl-amino]methyl]-5-fluoranyl-phenyl]benzoic acid


分子量: 471.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H17Cl2FN2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M TRIS.HCl pH 8.5, 25 %(v/v) PEG 550 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1.03923 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03923 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→38.3 Å / Num. obs: 41345 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 34.9
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.423 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / Num. unique obs: 2044 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6GMB

6gmb


解像度: 1.7→38.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 1.509 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1864 2069 5 %RANDOM
Rwork0.147 ---
obs0.149 39275 99.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 84.09 Å2 / Biso mean: 25.681 Å2 / Biso min: 14.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.55 Å20 Å20 Å2
2---0.55 Å20 Å2
3---1.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→38.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2520 0 63 239 2822
Biso mean--24.49 35.25 -
残基数----326
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0132646
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172552
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7431.6493590
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4831.5965886
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1125328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.52921.339127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.48615464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7631521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2338
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.023070
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02551
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 133 -
Rwork0.193 2883 -
obs--98.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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