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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6w42 | ||||||
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タイトル | HIV Integrase core domain in complex with inhibitor 2-(5-methyl-2-(2-(thiophen-2-yl)ethynyl)-1-benzofuran-3-yl)acetic acid | ||||||
![]() | HIV Integrase catalytic domain | ||||||
![]() | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Inhibitor / HIV Integrase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | IODIDE ION / Chem-SJY![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gorman, M.A. / Parker, M.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: HIV Integrase core domain in complex with inhibitor (5-methyl-1-benzofuran-3-yl)acetic acid 著者: Gorman, M.A. / Parker, M.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 67 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 51.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 712.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 714.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18005.365 Da / 分子数: 1 / 変異: Q53E,C56S,G124S,A125T,W131E,V151I,F185K,Q209E / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-IOD / #4: 化合物 | ChemComp-SJY / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.22 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.2 M ammonium sulfate, 100 mM potassium iodide |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年3月24日 / 詳細: AXCO Capillary optics |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.26→32.76 Å / Num. obs: 7718 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 32.2 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.057 / Χ2: 0.75 / Net I/σ(I): 15.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.26→2.33 Å / Rmerge(I) obs: 0.181 / Mean I/σ(I) obs: 7.1 / Num. unique obs: 698 / CC1/2: 0.987 / Rpim(I) all: 0.1 / Rrim(I) all: 0.207 / Χ2: 1.11 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.888 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.26→32.78 Å
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拘束条件 |
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